Tutte le stagioni di X-Files

Nel primo caso che affrontano insieme, gli agenti speciali Mulder e Scully investigano su svariati decessi avvenuti in circostanze misteriose. Ex allievi del liceo vengono ritrovati morti nel bosco senza nessuna causa apparente. Durante le indagini gli agenti dell'F.B.I. si troveranno alle prese con fenomeni temporali e un cadavere che ha ben poco di umano....

Mulder e Scully vengono contattati da una donna che denuncia il rapimento del marito, pilota di aerei sperimentali, a opera delle forze militari. Mulder viene diffidato dal seguire il caso da un individuo che si dichiara pronto a svelargli la verità, ma solo alle sue condizioni. Mulder decide di investigare ugualmente, convinto che questo rapimento sia la chiave per svelare un segreto nascosto da 50 anni....

Scully viene contattata da un suo ex collega per investigare su un caso di organi asportati e parzialmente divorati, ma sulla scena del crimine c'è già Mulder che dimostra che questo è un x-files. Le prove portano sulle tracce di un uomo, Eugene Tooms, che vanta la capacità di entrare anche nei luoghi più inaccessibili e purtroppo la sua furia omicida lo porta alla finestra dell'agente Scully...

Una ragazza scompare vicino alla sponda del lago Okobogee, la madre e il fratellino erano con lei ma non sanno spiegare cosa è accaduto. Mulder decide di seguire il caso perchè il lago è una zona "calda" di avvistamenti U.F.O, ma soprattutto perchè si sente emotivamente coinvolto a causa della sua sorellina, Samantha, sparita anch'ella in circostanze misteriose e mai più ritrovata.

La scoperta di un corpo divorato in un Parco Statale del New Jersey, porta Mulder e Scully fino ad Atlantic City, dove la polizia locale sembra non voler approfondire le indagini. Mentre Mulder persiste e trova indizi che indicano l'esistenza di un anello mancante nell'evoluzione umana, Scully riflette sulla propria vita e si chiede se forse non stia mancando delle occasioni per colpa del lavoro

Quando vengono ritrovati due corpi in condizioni alquanto singolari, gli agenti speciali Mulder e Scully vengono chiamati a investigare. Le tracce conducono ad una segretaria che sembra avere un angelo custode che la protegge in ogni situazione, a volte fino alle estreme conseguenze.

L'ex partner di Mulder si fa vivo per una consulenza su un caso di elettrocuzione non accidentale. I sospetti cadono sul programmatore del sistema operativo che dirige e organizza la sorveglianza nell'edificio della Compagnia della vittima. L'informatore misterioso, Gola profonda, ritorna a fornire indizi per la cattura dell'assassino, che "deve essere fermato".

Nel seminterrato degli X-Files arriva una video cassetta di una strage collettiva, un omicido-suicidio di massa avvenuto in un laboratorio artico. Scully e Mulder si recano tra i ghiacci per risolvere il mistero ma scoprono che i pericoli che li attendono non arrivano solo dall'esterno ma da anche dagli abissi dell'animo umano.

Un lancio spaziale termina in un disastro e prove di un sabotaggio anomalo allo shuttle richiedono la presenza di Mulder e Scully. Nel frattempo, l'austronauta a capo della missione è ossessionato da una "presenza" che l'ha seguito sulla Terra dopo una passeggiata nello spazio....

Qualcosa è precipitato nei boschi del Wisconsin e i tentativi di copertura del governo non fanno che aumentare la determinazione di Mulder a scoprire la verità. Gola Profonda continua a sostenere il suo ruolo di prezioso informatore, ma Fox non è l'unico a caccia dell'U.F.O. Mentre tenta di smascherare i complotti del governo ombra, s'imbatterà in Max Fenning. Chi è Max? Un bugiardo patologico o la vittima di ripetuti rapimenti alieni come sostiene di essere?

Gli agenti speciali Scully e Mulder stanno investigando su un caso di omicidio e scoprono che esiste un'altra vittima, sulla costa opposta del Paese, che è stata uccisa nello stesso identico modo, nello stesso momento. Investigando sul secondo caso, scoprono che le due vittime avevano due figlie pressochè identiche. Innocenti orfanelle o clonazioni aliene? Forse la verità è ancora più inquietante...

Una vecchia fiamma di Mulder usa il suo ascendente e chiede il suo aiuto per proteggere la vita di un parlamentare inglese minacciato da un piromane. Scully mette in guardia il collega contro le bruciature, sia fisiche che sentimentali, ma forse la gelosia offusca un po' il suo giudizio professionale. Mulder si ritroverà a combattere contro la fobia del fuoco e contro i ricordi brucianti della sua gioventù.

Durante il caso di un omicidio e il rapimento di due ragazzi, Mulder e Scully ricevono l'offerta di aiuto di un galeotto nel braccio della morte. Il prigioniero dichiara di avere facoltà psichiche che lo mettono in contatto con il rapitore. I ruoli si invertono e stavolta è Mulder ad essere scettico, mentre Scully crede che esista la possibilità che il condannato riesca davvero a mettersi in contatto con l'aldilà.

Una serie di omicidi a sfondo sessuale sfociano in un x-files quando non si riesce a determinare se l'assassino è un uomo o una donna. Mulder e Scully seguono le tracce di questo killer singolare fino ad una piccola comunità Amish in Massachussets, dove le stranezze non fanno che aumentare.

Durante una trappola concepita per catturare un rapinatore di banche, un agente dell'E.B.I., amico di Scully, viene ferito a morte dal rapinatore che a sua volta è colpito da Scully. I paramedici riescono a salvare l'agente, ma sembra che a tornare in vita non sia l'amico di Dana ma il criminale da lei ucciso...

Un criminale catturato da Mulder quando era una giovane recluta dell'accademia, mette in atto la sua vendetta contro l'agente speciale degli X-Files. Mulder non è più un novellino ormai, ma riuscirà a difendersi dalla minaccia di quest'ombra del passato?

Un U.F.O. si schianta nello spazio aereo Iracheno, il suo pilota viene introdotto negli Stati Uniti. Mentre si trova a bordo di un camion nel Tennesse, viene assalito, provocando altri avvistamenti di U.F.O. Risucchiati dagli eventi Mulder e Scully si mettono sulle tracce del camion grazie all'aiuto e alla guida di Gola Profonda.

Un ragazzo possiede poteri miracolosi con i quali è in grado di curare anche i casi più disperati. Tuttavia quando le guarigioni cominciano a degenerare in omicidi Mulder e Scully si trovano a investigare sul presunto killer e sulle sue facoltà. Il novello messia si proclama innocente, ma gli ultimi avvenimenti hanno minato la sua fede. E' davvero in grado di fare miracoli o è solo frutto di un'abile montatura?

Gli agenti speciali Mulder e Scully si ritrovano sulle tracce del primo X-File, caso aperto e non risolto da J. Edgar Hoover. Le indagini li portano in una riserva di Nativi Americani dove un ragazzo è stato ucciso per difesa personale, la persona che ha sparato dichiara però che quando ha premuto il grilletto non era il ragazzo a minacciarlo ma un'animale inferocito...

Mulder riesce a farsi assegnare il caso della scomparsa di trenta taglialegna avvenuto in un bosco. I sospetti ricadono su un'organizzazione ambientalista per la salvaguardia degli alberi secolari. Avventurandosi con Scully nella foresta dove sono avvenute le sparizioni, trova il corpo di un uomo completamente disseccato in un bozzolo di tela. A questo punto gli agenti devono considerare l'idea che ci sia qualcos'altro là fuori oltre che non è umano...

Eugene Tooms, il mutante che divora fegati umani per sopravvivere, è stato rilasciato in base ad una valutazione psichiatrica e all'insufficenza di prove. La testimonianaza di Mulder non riesce ad impedire che il mostro torni in libertà a caccia della sua prossima vittima. Mulder non si arrende e sorveglia Tooms 24 ore al giorno mentre Scully cerca in ogni modo di trovare delle prove per imprigionare di nuovo Tooms, stavolta per sempre.

Due poliziotti di Buffalo vengono assassinati in circostanze anomale, circostanze legate alla presenza di una bimba di otto anni. Il caso finisce agli X-Files, dove Mulder e Scully scoprono che la bambina sembra avere un legame con un agente di polizia morto otto anni prima, agente che conosceva bene e lavorava con i poliziotti uccisi.

Mulder e Scully lavorano al caso di due scenziati brutalmente uccisi in un laboratorio di ricerche, il principale indiziato sembra essere un custode mentalmente ritardato. Tuttavia sulla scena del crimine vengono trovate delle equazioni di matematica avanzata, prova che scagionerebbe il custode almeno in apparenza....

Gola Profonda mette gli agenti Mulder e Scully sulle tracce di un caso di annegamento irrisolto. Le prove e gli indizi non indicano la presenza di un X-Files, ma il misterioso informatore insiste che gli agenti proseguano nelle indagini. Ben presto scopriranno che il presunto annegamento non era accidentale e nascondeva ben altre verità... Riusciranno ad ottenere le prove per smascherare il complotto del governo ombra? Tutto il futuro degli X-Files dipende da questo, ma ora più che mai i nostri eroi non possono fidarsi di nessuno.

Fox e Dana indagano su un video che ritrae l'autopsia di un alieno. Ma l'autore del video è stato ucciso. Scully fa la conoscenza di un gruppo di donne, vittime di rapimenti alieni, che dichiarano di conoscerla. Mulder rintraccia un vagone ferroviario, lo stesso forse dell'autopsia.

Scully trova un centro dove Ishimori avrebbe condotto i suoi esperimenti, ma è già stata fatta pulizia: sono stati freddati degli strani individui deformi. Ishimori è inseguito da Mulder e da un killer, il quale rivela che nel vagone ferroviario c'è una bomba pronta ad esplodere.

In tre anni sono stati uccisi 11 predicatori in Ohio. Ad un bambino iniziano a sanguinare inspiegabilmente le mani. Gli agenti scoprono che il padre anni prima si era barricato in casa col figlio per proteggerlo dal Male.

Mulder segue lo sceriffo di una località dove si sono verificati degli assalti mortali ad opera di alcuni scarafaggi. L'agente si introduce in un centro di ricerche sugli insetti dove viene messo a parte sulla natura particolare degli esperimenti condotti per produrre metano da residui organici.

Tre giovani liceali sono morti per mano, forse, di un gruppo di satanisti. Mulder si convince che gli avvenimenti hanno a che fare con l'imminente congiunzione astrale di Urano, Marte e Mercurio. Ma Scully decide di indagare da sola

Un modello che aveva appena posato per un artista è morto. L'artista è stato arrestato e confessa a Mulder che un demone si era impossessato di lui ed ora si serve di qualcun'altro per soddisfare la sua brama di sangue.

Un mercantile francese localizza un relitto della Seconda Guerra Mondiale. All'interno del velivolo è intrappolato un uomo ancora vivo, vittima di una contaminazione ad opera di un misterioso olio nero. Mulder indaga fino a Hong Kong dove ritrova Krycek ed il misterioso nastro.

Mulder è convinto che nel relitto ci fosse un alieno capace di spostarsi da un corpo all'altro per mezzo dell'olio nero. Un uomo del Sindacato Ombra racconta ad un incredulo Mulder la storia di un UFO caduto durante la guerra. Ma il Fumatore impedisce agli agenti di trovare il velivolo.

Modell viene arrestato all'interno di un supermercato. In seguito riesce a controllare l'autista della macchina nella quale è prigioniero ordinandogli di andare a sbattere contro un grosso camion. Mulder e Scully indagano.

Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di un ricercatore del Museo di Storia Naturale di Boston. Secondo l'opinione del suo superiore, l'uomo sarebbe caduto vittima della minaccia dei Secona, una tribù dell'Ecuador, che vuole riavere indietro un teschio sacro.

I due agenti indagano a Chinatown sul decesso di un ragazzo cinese. All'inizio Mulder pensa a dei fantasmi, ma ben presto viene alla luce l'esistenza di una terribile lotteria degli organi. Molti indigenti vendono parti del loro corpo a clienti facoltosi.

Lo scrittore Josè Chung sta scrivendo un libro verità sugli UFO ed interroga Mulder e Scully sulla vicenda di due innamorati, Harold e Chrissy, i quali si sono ritrovati coinvolti in una sequenza di eventi improbabili.

Skinner viene accusato dell'omicidio di una prostituta. Mulder e Scully aiutano il loro superiore e scoprono che costui è in procinto di divorziare. Skinner rivela di soffrire da tempo di disturbi del sonno.

Mulder e Scully indagano sulla sparizione di un biologo avvenuta nei pressi di un lago, dove si dice dimori uno stretto parente del mostro di Loch Ness: Big Blue.

Mulder indaga sul caso di un uomo che ha ucciso per ben 5 volte credendo di trovarsi di fronte sempre la stessa persona. Scully pensa ad una eccessiva esposizione televisiva, mentre Mulder segue la pista della manomissione dei cavi dell'energia elettrica.

Alcuni testimoni di uno scontro a fuoco affermano di aver assistito alla guarigione miracolosa di alcuni feriti per mano di un individuo. La madre di Mulder ha un malore dopo un violento alterco col Fumatore. Il guaritore di nome Jeremiah Smith è inseguito dal cacciatore di taglie alieno.

Smith accompagna Mulder in una piantagione dove lavorano una quantità impressionante di bambini-cloni. Le ragazzine assomigliano a Samantha. Scully trova l'ennesima prova di una nuova schedatura della popolazione.

Mulder e Scully indagano sul ritrovamento del corpo senza vita di un neonato. I due agenti si convincono che i responsabili dell'omicidio siano i Peacock, i cui componenti della famiglia, tre giovani orfani, sono degli individui deformi ed a quanto pare impossibilitati a continuare la specie.

I due agenti dell'FBI indagano sulla scomparsa di quattro ragazzi di colore, la quale potrebbe essere spiegata dal contemporaneo insorgere di una nuova malattia. Una delle vittime infatti aveva la pelle completamente bianca.

Il rapimento di una ragazza attira l'attenzione di Fox Mulder. Prima di essere catturata la giovane si era fermata in una drogheria per procurarsi alcune foto, dalla quale era emersa completamente stravolta e contornata da alcuni strani esseri ululanti.

Una squadra dell'FBI fa irruzione nel ranch sede del Tempio delle Sette Stelle ed arresta tutti gli adepti, tranne il capo. Una delle sei mogli del santone manifesta uno sdoppiamento della personalità ed addita Mulder come il suo fidanzato.

Fox e Dana indagano su un decesso avvenuto nel reparto di chirurgia estetica di un ospedale di Chicago durante un intervento di liposuzione. Scully si convince che il responsabile della morte sia il chirurgo, ma un nuovo decesso cambia lo scenario dell'indagine.

Frohike racconta a Mulder e Scully la storia del Fumatore, mentre questi ascolta il resoconto tramite un microfono direzionale, appostato di fronte alla sede del gruppo conosciuto come il "Pistolero Solitario".

A Honolulu un agente della dogana viene attaccato dal virus del cancro nero. Fox ritrova Krycek. I due si recano in Russia e trovano un gulag dove alcuni scienziati stanno conducendo un nuovo e misterioso esperimento.

Mulder è stato contaminato dal cancro nero, prodotto dalla roccia che i prigionieri del gulag stanno estraendo. Una nuova guerra fredda contrappone il Sindacato Ombra ad alcuni scienziati russi. Mulder riesce a fuggire e torna negli USA per fermare un killer mandato dai russi.

Seguendo le indicazioni di un suo incubo, Mulder trova lo scheletro di una bambina che egli ritiene possa essere stata uccisa da un killer anni prima. La faccenda si complica quando nasce il sospetto che l'uomo abbia fatto visita anche alla famiglia Mulder.

L'omicidio di una giovane messicana nei pressi di una baraccopoli induce Mulder a sospettare di Eladio, ritenendolo il chupacabra. Scully scopre l'esistenza di un enzima che catalizza la proliferazione di alcuni funghi, che Mulder pensa essere alieni.

Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di un corpo. Del cadavere rimane ora la testa che Dana scopre essere completamente in metastasi. Ma l'uomo decapitato, Leonard Betts, riemerge da una vasca con la testa completamente rigenerata.

Ed Jerse, un neodivorziato, si è appena fatto fare un tatuaggio che però inizia a tormentarlo con una voce femminile. Ed uccide una ragazza del suo stesso palazzo, poi la sua strada si incrocia con quella di una Scully in crisi.

Dana scopre di avere un tumore alla base del naso. Durante un'indagine Scully scopre che le donne rapite sono tutte morte dopo la rimozione del chip. Skinner decide di scendere a patti con il Fumatore per salvare la vita di Scully.

La morte di tre giovani neonazisti induce Mulder e Scully ad ipotizzare che a commettere le tre aggressioni sia stato Isaac Lauria, un uomo che è appena stato sepolto. Fox ipotizza l'esistenza di un golem, un essere di fango che si muove spinto dalla sua sete di vendetta.

Mulder e Scully investigano sulla morte di un generale dell'esercito. Responsabili del decesso sembrano essere alcuni esponenti di una formazione paramilitare nota come la Mano Destra, ma ben presto viene individuato un marine che possiederebbe la capacità di rendersi invisibile.

Mulder e Scully indagano su un disastro aereo nel quale ha perso la vita Max Fenning. Fox è convinto che Max sia stato rapito dagli alieni. Uno degli addetti alla torre di controllo viene ucciso, l'altro cerca rifugio presso Dana e Fox. Mulder trova un nuovo relitto con un alieno a bordo.

Mulder è convinto che l'aereo civile sia entrato in collisione con un UFO. Un oggetto diviso in tre parti proverebbe la teoria di Mulder che s'imbarca su un aereo seguito da un killer che ha appena ucciso l'Agente Pendrell, uno spasimante di Dana.

Al MIT due ricercatori vengono interrotti da un anziano che predice la morte imminente di uno dei due. Il fatto accade, così Mulder si convince che l'anziano uomo possa aver viaggiato indietro nel tempo.

La nascita di un bimbo provvisto di coda permette a Mulder e Scully di conoscere Eddie Van Blundt, un individuo che possiede un'anomalia genetica che gli permette di modificare i propri tratti somatici.

Alcune api assassine uccidono una donna e Skinner fa sparire tutte le prove. compreso il cadavere. Mulder indaga e così il vicedirettore usa il proprio potere per depistare l'agente dell'FBI. Skinner è costretto ad ubbidire agli ordini del Fumatore.

Il ritrovamento di un cadavere in un bowling, la scomparsa dello stesso ed una scritta sul luogo dell'omicidio conducono Mulder e Scully in un ospedale psichiatrico dove una persona afferma di aver udito le ultime parole della ragazza che è stata uccisa nel locale.

Scully aiuta Mulder in una indagine personale. L'agente dell'FBI si è risvegliato in un motel, ma non ricorda assolutamente nulla degli ultimi giorni.

Sul Monte Elias, in Canada, viene ritrovato il cadavere congelato di un alieno. Un uomo del Dipartimento della Difesa rivela a Mulder che le sue indagini hanno sempre riguardato un'abile montatura del Governo. In seguito Scully riconosce il cadavere di un suicida: è quello di Mulder.

Scully è a conoscenza del fatto che Mulder ha inscenato il proprio suicidio per indagare su quanto asserito da Kritschgau. Inoltre Dana inizia a diffidare di Skinner. Mulder entra nel Pentagono e trova una fialetta che potrebbe contenere la cura per la malattia di Scully.

Scully ha una nuova crisi e Mulder ha uno scontro con il fratello di lei, Bill. Mulder si incontra col Fumatore che, allo scopo di instaurare un buon rapporto col rivale, gli fa incontrare Samantha. In seguito il Fumatore viene colpito da un sicario. Scully si riprende.

1989. Mulder indaga sull'esplosione di un laboratorio dell'FBI e la morte di quattro persone. Per la prima volta la sua strada incrocia quella di tre bizzarri individui, che diverranno poi membri di "Pistolero Solitario".

Mulder e Scully indagano sulla morte di due topografi assaliti ed uccisi e sulla scomparsa di un uomo. Durante la notte "qualcosa" si introduce nell'abitazione del cacciatore scomparso, spaventando la moglie ed il figlio.

Una donna viene aggredita in casa da un individuo deforme. Mulder e Scully indagano e scoprono che 18 anni prima un'altra donna era stata aggredita ed in seguito al tragico evento era rimasta incinta.

Scully riceve una telefonata da "Melissa" e si reca in una casa dove una madre si è appena tolta la vita. La donna incontra Emily, la figlia della donna suicida, e non può fare a meno di notare la somiglianza tra la piccola e Melissa. In seguito Dana scopre che la piccola Emily è sua figlia.

Scully scopre che Emily era stata adottata e che è tuttora coinvolta in un programma sperimentale finanziato da una industria farmaceutica. Il padre di Emily confessa l'omicidio della moglie. Emily sta male, mentre Mulder scopre un nuovo laboratorio segreto. Emily peggiora e muore.

Modell evade ed inizia a vendicarsi di tutti quelli che lo hanno fatto condannare nel 1996. L'uomo inoltre ha un tumore al cervello che sta degenerando. Mulder scopre l'esistenza di una sorella gemella di Modell.

Dopo un litigio di famiglia un ragazzo vede il proprio padre sparire nelle viscere della terra. Il giovane è subito accusato dell'omicidio e solo Mulder è convinto della sua innocenza ed indaga su una psicologa che ha in cura alcuni giovani del posto.

La tranquillità di una famiglia del New England è sconvolta dalla presenza di una bambola che esorta la sua piccola proprietaria a compiere le più atroci nefandezze solo per il gusto del divertimento. NOTA: l'episodio è stato scritto dallo scrittore horror Stephen King.

Una sparatoria in un locale di Washington porta Mulder e Scully a scoprire un sistema di intelligenza artificiale che ora sta manovrando un satellite della difesa. Per Mulder inizia una vera e propria odissea artificiale.

Mulder uccide un uomo conficcandogli un paletto nel cuore. E' la fine di un rapporto che i due agenti hanno consegnato a Skinner. Ma le versioni dei due agenti differiscono tranne che per la natura dell'omicida inseguito da Mulder: un assassino-pizzaiolo-vampiro.

Cassandra, una donna rapita molte volte, si dice convinta di una prossima chiamata da parte degli alieni. Anche Scully sente di essere attirata in un luogo preciso. Mulder ha idee diverse, mentre Krycek torna negli USA per consegnare al Sindacato un giovane sovietico.

Il Fumatore è ancora vivo e detta legge da una casa sperduta fra le montagne. Scully è scampata ad un attacco di una nuova fazione aliena. Jeffrey Spender, figlio di Cassandra ed agente dell'FBI riceve una misteriosa lettera dal Fumatore. Mulder insegue un camion che trasporta un alieno.

1990. Dales, ex-agente dell'FBI, racconta a Mulder di alcuni eventi accaduti negli Anni 50 quando egli era impegnato nella caccia alle spie naziste e si era invece trovato coinvolto in un complotto governativo.

Mulder e Scully indagano su un omicidio che sembra essere stato commesso da una donna cieca, ma Fox non è convinto che le cose siano proprio andate in questo modo.

La morte di una giovane handicappata porta Scully ad incontrare un prete che le chiede aiuto. Ma l'agente federale scopre la verità sconcertante su di un angelo caduto che sta cercando la donna con la quale ha messo al mondo un figlio.

Durante l'indagine su alcuni paramilitari dediti al terrorismo, Scully comincia a temere per lo strano comportamento del suo collega. Nel frattempo il gruppo si prepara a scatenare una guerra biologica.

Mulder e Scully assistono impotenti ai vaneggiamenti di un uomo che sostiene che il suo datore di lavoro è un mostro ed è pronto a fare qualsiasi cosa per sostenere questa sua tesi.

Gibson Praise, un bimbo prodigio, sfugge ad un attentato. Mulder e Scully scoprono che il piccolo è dotato di capacità telepatiche. Krycek ed il Sindacato vogliono il piccolo. Nel frattempo Fox e Dana collaborano con Diana Fowley. Ma l'indagine si rivela un fiasco.

Dopo la distruzione di tutti gli X-Files a opera di un incendio doloso, Mulder e Scully vengono separati e riassegnati a differenti mansioni. A peggiorare le cose le indagini sugli X-files vengono affidate all'agente Spender e all'agente Fowley. Gibson Praise ricompare per chiedere aiuto a Mulder e Scully i quali cercano di continuare la loro inchiesta nonostante le enormi difficoltà che si trovano ad affrontare.

Mulder è intrappolato in un'auto con un uomo che soffre di un grave disturbo all'orecchio che riesce a lenire soltanto guidando molto velocemente in direzione ovest. Mentre Scully cerca disperatamente di trovare una cura, Mulder e il suo rapitore si avvicinano sempre di più all'oceano.

Mulder si reca nel Triangolo del Bermuda quando viene a sapere che la Queen Anne, una nave Britannica scomparsa durante la Seconda Guerra Mondiale, è riapparsa nel bel mezzo del Mar dei Sargassi. La barca di Mulder incorre in una tempesta e lui è costretto a gettarsi in mare; è recuperato dai marinai della Queen Anne che è caduta sotto il controllo dei nazisti. I tedeschi sono in cerca dell'uomo che nel futuro costruirà la bomba atomica. Mulder cerca di convincere l'equipaggio che sono approdati nel futuro, ma in realtà è lui che è tornato indietro nel passato. Anche in quest'epoca distante nel tempo, Mulder si trova circondato da nemici, ma per fortuna troverà anche una persona amica di cui fidarsi.

Mentre è tenuto in stato di fermo nei pressi dell'Area 51, Mulder scambia il suo corpo con quello di un Man in Black che lavora all'interno dell'Area. Il fenomeno sembra essere stato generato da un velivolo che ha sorvolato il deserto creando una strana onda d'urto. Mentre il Man in Black è compiaciuto e approfitta della situazione per sfuggire alla monotonia della sua vita, Mulder invece si trova ad affrontare le difficoltà familiari e non dell'individuo di cui ha adottato l'identità. Mulder contatta Scully per spiegarle cosa è successo e cerca di incontrarla per farle avere la scatola nera del velivolo, ma il suo alter ego usa i contatti dell'FBI per farlo arrestare.

Mulder viene sbattuto in cella nell'Area 51, ma è rilasciato non appena si scopre che la scatola nera in suo possesso era fasulla. Scully finalmente realizza che il Mulder che ha sotto gli occhi non è il suo partner e torna nel Nevada con l'impostore come prigioniero. Nel frattempo il meccanismo che ha causato tutto il fenomeno sta tornando indietro come una sorta di elastico. Forse questa è l'unica occasione per rimettere le cose nel giusto ordine.

Mulder convince Scully a esaminare una casa "infestata" che ogni anno, alla vigilia di Natale, manifesta le sue entità. All'interno della casa i due vengono separati da ogni sorta di trabocchetti e intrappolati dai fantasmi dei due amanti che in origine stipularono un patto d'amore suicida. I due vecchi spettri cercano di convincere Mulder e Scully a uccidersi a vicenda.

Una coppia scopre che il feto del loro bambino ha delle strane protusioni sul cranio, di notte la donna si sveglia in preda a un orribile incubo in cui un demone infuocato le "ruba" il bambino, solo per ritrovarsi in una realtà ancora più terrificante. L'agente Spender non prende neanche in considerazione l'ipotesi di occuparsi del caso, mentre Mulder decide di indagare per scoprire la verità.

Degli strani fenomeni metereologici si abbattono su una piccola cittadina destando l'interesse di Mulder. L'agente speciale crede che dietro i bizzarri avvenimenti ci sia un uomo che si occupa delle previsioni del tempo, innamorato segretamente di una sua collega. I suoi sentimenti si riflettono sulle condizioni climatiche e quando la donna fa gli occhi dolci all'agente Mulder la cittadina deve fronteggiare la minaccia di un tornado.

Skinner si sente male dopo un allenamento. In ospedale riceve una telefonata che gli annuncia di avere un solo giorno di vita. A tramare nell'ombra c'è Krycek che si assicura la lealtà del vicedirettore, mentre Mulder scopre un intrigo politico.

Scully investiga su un fotografo free lance della scientifica. i cui soggetti sembrano essere stati ritratti prima dell'arrivo della Polizia. Mulder scopre che il fotografo incriminato è nato 150 anni fa e sembra essere ossessionato dalla ricerca della morte.

Spender chiede a Mulder di collaborare ad una indagine. Fox scopre che il Fumatore è il padre di Jeffrey e l'ex-marito di Cassandra. La donna ha appena fatto ritorno dal suo misterioso "viaggio".

Il Fumatore rivela a Mulder la verità circa il patto siglato con gli alieni e dei tentativi da parte del Sindacato di evitare la colonizzazione attraverso la creazione di ibridi umano-alieni. Jeffrey tradisce il padre e questi lo uccide. La colonizzazione è vicina!

Arthur Dales convince Mulder ad occuparsi del caso in Florida riguardante alcune dicerie su un mostro marino che colpirebbe in una zona che al momento è sotto gli effetti devastanti di una violenta tempesta.

I due agenti dell'FBI sono coinvolti in una rapina in banca, quando Mulder capisce di essere rimasto intrappolato in una sorta di anello temporale che continua a ripetere gli eventi fino a quando questi non prenderanno la giusta piega.

In una piccola ed esclusiva comunità di perfetti si sono verificate alcune misteriose sparizioni. Responsabile di queste ultime sembra essere una creatura che vive nelle viscere della terra.

Nel porto di San Pedro in California un cane comincia ad uccidere ed a cibarsi di persone umane. Mulder decide di chiedere aiuto ad una esperta conosciuta via Internet.

Un condannato riesce a fuggire miracolosamente da una prigione durante un tornado. Mulder e Scully scoprono il segreto del malvivente: costui, durante l'evento atmosferico, avrebbe sviluppato la capacità di attraversare i muri.

I due agenti dell'FBI indagano su due strani omicidi: in entrambi i casi le vittime sono state private del loro cuore. Mentre viene ritrovata una terza vittima si fa vivo uno scrittore, vicino di casa di Mulder, che dice di poter descrivere in dettaglio tutti i delitti.

Mulder incontra il fratello di Arthur Dales che gli racconta una singolare storia avvenuta a Roswell negli Anni 40. Incaricato di proteggere un giocatore di baseball di colore, Dales aveva scoperto che questi era in realtà un alieno.

I tre di Pistolero Solitario coinvolgono Scully in una indagine su un nuovo prodotto chimico chiamato "l'assassino". La situazione si complica quando Byers ritrova Susanne Modeski.

Il ritrovamento di due scheletri abbracciati in una zona rurale innesca una nuova indagine. Mulder è convinto dell'azione degli alieni, mentre Scully indaga su una sostanza ritrovata sugli scheletri. Poi Mulder sparisce e viene rinvenuto uno scheletro che risulta essere il suo.

Un manufatto trovato in Costa d'Avorio arriva negli USA, ma lo studioso che lo aveva trasportato viene ucciso. Sul manufatto vi è una incisione che Scully pensa essere Navajo. Alcuni disturbi mentali conducono Mulder letteralmente alla pazzia, mentre Scully individua i resti di un UFO.

L'attività cerebrale di Mulder sta subendo un'accelerazione inspiegabile ed i medici sono impotenti. Lo studio di Scully sullo scafo dell'UFO fa emergere una verità: si tratta di una mappa genetica. Skinner contatta Michael Kritschgau, il quale inietta a Mulder una sostanza.

Scully aggredisce verbalmente Skinner e costui dichiara di essersi compromesso. Il Fumatore rapisce Mulder, con l'aiuto di Fowley. Kritschgau è convinto che la malattia di Fox sia il risultato della precedente esposizione al virus del cancro nero. Krycek aggredisce Skinner.

I due agenti si occupano di un efferato omicidio avvenuto in un fast food. Alla vittima è stato asportato il cervello. Mulder si convince della colpevolezza di Rob, che è in realtà un mutante predatore, tormentato da una insaziabile fame di cervelli umani.

La scomparsa di un cadavere appena sepolto conduce i due agenti dell'FBI sulle tracce di un negromante, il quale vuole far avverare una profezia inerente la fine del mondo. E sulle tracce del disciolto Gruppo Millennium.

Mulder e Scully indagano sull'omicidio di un agente di Polizia. L'unico sospettato del crimine ha raccontato una strana storia: il vero omicida avrebbe agito in pochi secondi, così velocemente da non poter essere individuato dall'occhio umano.

Un uomo cade dal 30° piano senza riportare alcuna ferita, così Mulder si convince che costui è letteralmente perseguitato dalla fortuna. L'uomo infatti riesce infatti a sfuggire ad un attentato grazie ad una serie fortuita di circostanze davvero improbabili.

Il Reverendo Orison è un prelato che svolge l'incarico di cappellano in un carcere, dal quale un giorno evade Donnie Pfaster, un detenuto arrestato 5 anni prima da Mulder e Scully. Il criminale è deciso a riprendere la catena di delitti che lo aveva portato in prigione.

Mulder e Scully indagano sulla morte di Maleeni, un mago che aveva fatto, in presenza di molti testimoni, il trucco della testa che compie un giro completo su sé stessa. I due detective incontrano La Fange, un altro prestigiatore.

Un giovane è morto dopo essere stato aggredito da più di un centinaio di serpenti. Mulder e Scully sono convinti che dietro l'omicidio ci sia O'Connor, il leader di una chiesa che propugna l'esperienza del tocco dei serpenti per stabilire la virtuosità o meno dei suoi fedeli.

Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di una bambina. La madre ha vergato su un foglio una strana richiesta che termina con un riferimento a Babbo Natale. Mulder decide di occuparsi del caso, poiché gli ricorda quello della sorella.

Mulder e Scully vengono avvicinati da un sensitivo che afferma di essere sicuro che Samantha e Amber siano vive. I due agenti scoprono che Samantha fu rapita dal Fumatore che la tenne prigioniera in una base militare. Alla fine Fox ha una visione inerente alcuni bambini, tra cui la sorella morta.

Mentre indagano su un omicidio, Mulder e Scully sono costretti a seguire i poliziotti del turno di notte, i quali a loro volta sono costantemente seguiti dalle telecamere dello show televisivo "Cops".

Un uomo è stato ucciso durante una battaglia virtuale con un videogame. L'assassino è una bellissima donna che non sarebbe dovuta comparire nel gioco. Mulder e Scully si occupano del caso insieme ai tre di Pistolero Solitario.

Mulder e Scully indagano sull'omicidio di un medico. Sul luogo del delitto, accanto al cadavere compare una scritta vergata col sangue: theef. I due agenti dell'FBI si mettono sulle tracce di un uomo che starebbe agendo per vendetta servendosi di alcuni vecchi riti magici.

Dopo che un bambino di 11 anni è miracolosamente guarito dal cancro, Scully viene contattata dal Fumatore che la convince a seguirlo in un viaggio alla fine del quale l'uomo entrerà in possesso di una cura per tutte le malattie umane.

Mulder indaga sulla morte di due donne diverse. In entrambi gli scenari del crimine erano presenti dei corvi ed una strana creatura provvista di affilatissimi artigli. Le due donne avevano una relazione con lo sceriffo locale, così Fox sospetta della moglie di questi.

Una serie di circostanze casuali porta Scully a confrontarsi con l'ipotesi di una mente superiore che regola tutte le cose. Il ritorno di un uomo del passato e l'incontro con una studiosa di filosofie orientali l'aiuteranno ad osservare i fatti che le stanno sconvolgendo la vita.

La Morley ha avviato delle ricerche per migliorare geneticamente il tabacco in modo da ottenere sigarette innocue per la salute, ma tre volontari sono morti in seguito alla formazione nei loro polmoni di un numero spropositato di larve di insetti.

Sta per essere realizzato un film su Mulder e Scully, così lo sceneggiatore segue i due agenti dell'FBI mentre questi indagano sull'omicidio avvenuto dentro la cripta di una chiesa.

Due donne di Kansas City provocano, ogni volta che si incontrano, strani movimenti atmosferici ed aggressività. Mulder e Scully scoprono che si tratta di due donne nate per inseminazione artificiale da donne diverse ma dallo stesso sperma. Ed ora sono per giunta rivali in amore.

Mulder e Scully ricevono la visita di un uomo che sembrerebbe caduto vittima di un incantesimo. Autore della magia è un genio nato nel 16° secolo, il quale offre a Mulder l'opportunità di vedere esauditi tre dei suoi desideri.

Mulder e Scully tornano a Bellefleur, che fu teatro della loro prima indagine, dove si stanno verificando nuove e misteriose sparizioni. Billy Miles è convinto che tutto sia collegato agli eventi di 7 anni prima. Krycek e Covarrubias uccidono il Fumatore, mentre Mulder viene rapito da un'astronave.

Scully indaga sulla scomparsa di Mulder, nonostante la gravidanza. Ma si deve confrontare con un nuovo collega: John Doggett. La prima pista conduce in Arizona, dove potrebbe nascondersi la chiave per ritrovare Fox: il piccolo Gibson Praise.

Doggett è riluttante ad accettare spiegazioni che hanno a che fare con il paranormale. Scully soccorre Gibson, ma il piccolo è seguito dal cacciatore di taglie che è deciso ad eliminarlo. In ospedale Scully riesce a uccidere l'alieno. Doggett viene distaccato con Scully agli "X-Files".

Scully e Doggett indagano su alcuni raccapriccianti omicidi nei quali sarebbe coinvolta una creatura simile ad un pipistrello. E Scully deve affrontare ancora una volta lo scetticismo del suo nuovo collega.

Durante una indagine Scully scopre una piccola comunità che è diventata la sede di un culto paranormale. La donna viene rapita e costretta a diventare l'incubatrice di una creatura simile ad una lumaca gigante. L'unica speranza di salvezza è Doggett, il quale è in pensiero per la collega.

Dopo essere stato rapito e trattenuto per 10 anni, un giovane ragazzo riappare misteriosamente, però sembra che per lui il tempo non sia trascorso. Scully e Doggett indagano, quando si verificano degli strani episodi che farebbero supporre che il piccolo può spostarsi rapidamente dovunque.

Dopo la morte della moglie, un avvocato tenta di discolparsi del crimine, ma per lui il tempo inizia incredibilmente a scorrere al contrario. E lentamente l'uomo inizia a capire il motivo del cambiamento.

Doggett e Skinner provano a rintracciare l'assassino del capo di un culto religioso basato sull'uso di sostanze stupefacenti. L'uomo sembra aver agito manifestandosi nei sogni dei suoi adepti e facendo leva sulle loro paure più inconsce, il cosiddetto lato oscuro.

Un tiratore scelto che possiede la vista a raggi X sta uccidendo alcune persone. Negli omicidi sarebbero coinvolti anche due disinfestatori ed alcuni spacciatori di droga.

Un uomo fatto completamente di metallo a seguito di una contaminazione cerca la sua vendetta sulle persone che l'hanno ridotto in quello stato. Così ha inizio una catena di delitti, sulla quale indagano Doggett e Scully.

Un religioso indiano plagia due intere famiglie di Washington. Così si verificano degli omicidi caratterizzati da enormi perdite di sangue. Scully si convince che l'uomo si annidi dentro il corpo delle vittime e poi ne esca causando la morte delle stesse. E nessun adulto ha la percezione dell'omicida.

Doggett indaga su un caso del quale si era occupato Mulder poco prima di scomparire: l'agente dell'FBI aveva investigato nei pressi di una riserva indiana in merito ad una creatura capace di poter guarire. Doggett è convinto che Fox volesse servirsene per curare il suo disturbo al cervello.

Scully e Doggett indagano su una serie di omicidi che hanno avuto come teatro il tunnel della metropolitana di Boston. Sembra che i decessi siano dovuti ad un contagio ad opera di organismi, simili a meduse, infiltratisi attraverso l'acqua marina.

Viene alla luce la complicata vicenda che ha portato al concepimento del figlio di Scully. Nel frattempo, con Doggett, la donna indaga su una nuova cospirazione governativa che rapisce giovani donne incinte con tutta probabilità con feti di origine extraterrestre.

L'agente Reyes si unisce alla squadra che sta cercando Fox. Questa è convinta del coinvolgimento di una setta. Le indagini conducono ad un gruppo di persone, che fanno capo a Jeremiah Smith. Nel campo della setta, la task force ritrova Mulder, ma l'agente dell'FBI è morto.

Billy Miles si risveglia dal sonno della morte dopo essere stato ripescato in pieno oceano, così Skinner pensa alla possibilità che anche Mulder possa tornare a vivere. Questi ha contratto un virus, così Skinner tratta con Krycek per avere un antidoto. Mulder si riprende.

Un uomo è stato freddato di fronte alla Casa Bianca. Mulder decide di occuparsi del caso, ma è convinto che Doggett voglia ostacolarlo. John viene a conoscenza di una chiave d'accesso ad un centro di statistica dove sono stati prelevati i dati per individuare i soggetti da rapire.

Reyes chiede aiuto a Mulder per investigare sul caso irrisolto della morte del figlio di Doggett. Il fatto sembra essere collegato ad un recente fatto di sangue avvenuto in un ufficio, dove Reyes ha ricevuto una visione.

Mulder e Doggett collaborano per indagare su alcune morti sospette avvenute a bordo di una piattaforma petrolifera. Mulder è convinto che la piattaforma stia estraendo olio nero ed alcuni particolari indicano forse che tutti gli operai del complesso potrebbero essere già stati infettati.

Con Scully in maternità, Doggett ed una nuova partner indagano sulla misteriosa scomparsa di due uomini. Quando anche Doggett scompare, Mulder decide di ritrovarlo e si fissa su uno studioso dei rettili, il quale è mutato e si comporta proprio come un serpente.

Un'indagine di Mulder e Doggett rivela nuovi segreti sulla natura della gravidanza di Scully. La Zeus Genetics viene distrutta da Billy Miles, che ora è una furia inarrestabile ed è deciso a trovare Scully per impedirle di mettere al mondo suo figlio. Krycek rivela che il figlio di Scully è temuto da una fazione aliena.

Doggett sospetta del suo informatore, anch'egli uno dei replicanti, in combutta con Krycek. Skinner, dopo essersi ripreso dallo scontro con Billy, uccide Krycek. Miles si dirige in una località segreta dove Scully mette al mondo suo figlio, davanti ad una piccola folla di replicanti umano-alieni.

Doggett indaga sulla morte di un ufficiale, la cui auto è stata scaraventata giù da un ponte dopo che questi aveva offerto un passaggio ad una donna. Doggett chiede aiuto a Scully. Nel frattempo Reyes deve vedersela con un nuovo vicedirettore, mentre Mulder è letteralmente scomparso.

Il bimbo di Scully dimostra alcuni segni poco umani. Doggett viene minacciato e poi salvato da Shannon mentre con Reyes indaga sui segreti relativi ad una contaminazione delle acque strettamente collegata ad un laboratorio clandestino a bordo di una nave. I due continuano la loro battaglia dentro l'FBI.

Doggett e Reyes indagano sull'omicidio di una coppia avvenuto in West Virginia. Il fatto di sangue ha tutti i segni di un rituale satanico di morte. Le indagini conducono poi i due agenti in una clinica psichiatrica.

Un assassino minaccia la vita di Doggett e Reyes. Sembra essere un passo avanti a tutti. Dopo una serie di eventi che hanno condotto Reyes a fare fuoco su Doggett, diviene chiaro che l'omicida possiede l'abilità di saltare da una dimensione all'altra ed alterare gli eventi di ognuna.

Doggett e Reyes investigano sulla morte di un ragazzo avvenuta durante una stupida prova di coraggio. Ma quando i due agenti, insieme a Dana Scully, esaminano il cadavere scoprono che questi è stato letteralmente invaso dalle mosche.

Scully viene avvicinata da una coppia che dichiara di poter mettere l'agente dell'FBI in contatto con un uomo che possiede informazioni su William e sul programma di super soldati. Ma quest'ultimo riferirà solo a Fox Mulder. Così viene deciso l'immediato ritorno del collega, ma Doggett non si fida.

Scully e Reyes collaborano per ritrovare Doggett il quale è scomparso. L'uomo si è risvegliato in una prigione messicana in preda ad amnesia. Subito diviene amico di un criminale locale che si occupa di spedire immigrati clandestini oltre il confine USA.

Reyes indaga su un uomo che è stato trovato scuoiato vivo dopo aver avuto delle visioni di altre persone decedute nello stesso modo. Reyes si rivolge a Scully, la quale trova subito un collegamento con un caso avvenuto nel 1960.

Quando alcuni pezzi dell'astronave aliena rinvenuta da Scully sulla spiaggia africana improvvisamente riemergono, la cospirazione all'interno dell'FBI tenta di insabbiare la storia. Doggett e Reyes temono per l'incolumità di Scully e William, e Scully è costretta così a prendere drastiche misure.

Scully viene a sapere che Mulder potrebbe essere morto. L'FBI continua a collaborare alle indagini, mentre William viene rapito dai membri del culto alieno. Con l'aiuto di Pistolero Solitario, Scully scopre le terrificanti verità che si nascondono dietro i rapitori di suo figlio e suo figlio stesso.

Dopo un terribile incidente stradale, Reyes versa tra la vita e la morte. Doggett non crede alla diagnosi dei dottori, mentre Reyes combatte per rimanere in vita in una sorta di limbo sospeso tra la vita stessa e la morte.

Scully, Doggett e Reyes indagano su un vecchio caso di Doggett, quello del "Killer del Cacciavite", del quale egli si era occupato quando faceva il poliziotto a Brooklyn. Il gruppo deve stabilire se l'uomo che è stato condannato ed ora appena rilasciato dalla prigione è il vero responsabile degli omicidi.

Con la partecipazione di Burt Reynolds. Un serial killer è guidato, nel compiere i suoi delitti, dalla numerologia. Occasionalmente costui si confronta con un tizio, il quale è conosciuto per i suoi consigli confusi. L'uomo aiuta Scully e Reyes nelle indagini le quali si rivelano più bizzarre del previsto.

L'Agente Harrison discute con Doggett e Reyes sul caso di un ragazzo, il quale sostiene che alcuni mostri hanno ucciso la madre. I tre agenti si recano a visitare la casa dove il padre si è ritirato con il piccolo e scoprono la verità che si cela dietro i mostri menzionati dal piccolo.

Gli agenti chiedono aiuto ai tre di Pistolero Solitario per ritrovare la loro vecchia amica Yves Adele Harlow, dopo che Morris Fletcher ha dichiarato che la ragazza è una dei "super soldati".

Doggett sorprende in ufficio un uomo sfigurato che stava cercando di impadronirsi di alcuni documenti inerenti la sorella di Mulder. L'uomo conosce molti fatti sulla storia degli X-Files e Doggett si convince che si tratta di Mulder. A William viene inoculata una misteriosa sostanza.

Un cadetto dell'FBI avvicinato da Doggett, Reyes e Scully dichiara che il responsabile di una serie di omicidi è anche l'assassino del figlio di Doggett. Gli agenti indagano al fine di stabilire se si tratta di un'ossessione oppure se il cadetto a sua volta ha qualcosa da nascondere.

Doggett e Reyes indagano su un omicidio. Un testimone asserisce che l'interno della casa nella quale è avvenuto il delitto è uguale in tutto e per tutto al set della serie televisiva "La Famiglia Brady". Doggett si convince che l'uomo ucciso sia stato sparato dal soffitto della casa.

Fox Mulder e Dana Scully verranno rintracciati da Tad O’Malley, un teorico convinto di aver scoperto una significativa cospirazione governativa, il quale, richiesto aiuto ai due ex agenti dell’FBI, li metterà in contatto con Sveta. La donna, che è convinta di essere stata rapita dagli alieni, rivela a Mulder e Scully scioccanti informazioni che porteranno l’ex agente Mulder a doversi richiedere su tutto ciò che ha sempre creduto riguardo l’esistenza degli alieni e il ruolo che il governo ha nella loro copertura.

in seguito all’improvviso suicidio di un importante scienziato, Fox Mulder e Dana Scully iniziano ad indagare sull’accaduto, nel tentativo di capire quale forza invisibile abbia spinto l’uomo a compiere questo gesto. I due ex agenti dell’FBI scoprono quindi l’esistenza di un laboratorio nel quale la sperimentazione genetica estrema è riuscita a dar vita a soggetti con inaspettati e pericolosi poteri.

Fox Mulder e Dana Scully dovranno indagare su un nuovo caso riguardante quello che sembra apparentemente un ‘attacco animale’. Infatti, in seguito al ritrovamento di un cadavere in mezzo ai boschi, Mulder e Scully vengono chiamati per appurare quale sia stata la causa che ha portato all’uccisione della vittima: sarà stato un animale, un serial killer o forse una strana creatura come dicono di aver visto i testimoni dell’aggressione? Nel frattempo Mulder si trova nuovamente a doversi confrontare con alcuni dei suoi demoni più oscuri.

Fox Mulder e Dana Scully dovranno indagare su un nuovo caso riguardante l’omicidio di un funzionario della città, un crimine che nessun essere umano sembra essere stato in grado di commettere. Nel frattempo, Scully continua a soffrire ripensando al bambino che, anni prima, ha dato in adozione.

Scully viene ricoverata in ospedale dopo un attacco causato da una visione del futuro che coinvolge William, il figlio avuto qualche anno prima insieme a Mulder. Mulder si propone di investigare, incrociando inavvertitamente percorsi con ex membri del Consorzio, il signor Y e Erika Price, la cui missione è colonizzare l'universo. Walter Skinner viene avvicinato da Monica Reyes e dall'uomo che fuma, che gli offre protezione contro il virus alieno in suo possesso, ma Skinner sembra interessato solo ad aiutare Mulder e Scully. L'uomo che fuma rivela di aver generato William abbinando il suo DNA a quello alieno, e ingravidando Scully.

Mulder e Scully vengono contattati, attraverso lo smartphone di Mulder, dalla coscienza virtuale di Richard Langly, che fa parte di una simulazione dell'NSA progettata per prendere vita quando i partecipanti muoiono. Langly chiede ai suoi amici di porre termine al programma di simulazione, perché al suo interno le entità sono diventate dei veri e propri schiavi digitali al servizio dell'NSA. Mulder scopre che la responsabile del progetto è Erika Price. Mulder cerca di guadagnare un po 'di tempo con le guardie che sono a protezione del progetto, in modo da permettere a Scully di spegnere i server della simulazione. In seguito i due agenti tornano sul luogo accompagnati da una squadra dell'FBI incaricata di svolgere delle indagini sulla questione, ma non troveranno che delle stanze vuote e nessuna traccia delle apparecchiature. Nel finale, i 2 agenti sono nuovamente contattati dalla coscienza di Langly che li prega di eliminare il backup del programma che l' NSA è riuscito a fare prima che Scully spegnesse i server.

Indagando su una serie di omicidi, che sembrano essere stati compiuti dai sosia delle vittime, Mulder e Scully fanno conoscenza di due fratelli: uno (Chucky Poundstone) è il secondino del carcere dove si è consumato l'ultimo omicidio, l'altra (Judy) è una donna ricoverata in un ospedale psichiatrico. Questi giocano telepaticamente a l'impiccato coi nomi delle vittime che, da quel momento, cominciano ad essere perseguitati dai loro sosia (in realtà proiezioni psichiche generate dalle superiori capacità mentali dei fratelli) finché, una volta completato il nome, vengono uccise. Messi alle strette, i due fratelli giocano coi nomi di Scully e Mulder, ma finiscono per litigare così cominciano a giocare coi loro stessi nomi, uccidendosi a vicenda.

Nel parcheggio dell FBI Mulder e Scully vengono avvicinati da Reggie Something, un loro collega che li informa di alcuni esperimenti di oblio collettivo indotto, iniziati negli anni 70 da parte del governo USA e condotti dal Dr. Lui (They in lingua originale). Questi avrebbero lo scopo di eliminare, dalla mente di grandi masse di persone, episodi che il governo riteneva imbarazzanti o, comunque, segreti. Fra questi, il ritrovamento di un alieno su Grenada immediatamente prima dell'operazione Urgent Fury del 1983. Lo stesso Reggie dice di aver collaborato da sempre con Mulder e Scully ma, a causa di questo oblio indotto, i due non si ricorderebbero niente. Mulder viene contattato dal Dr. Lui che nega tutto, nonostante ammetta di aver da sempre lavorato su progetti simili. Reggie viene scoperto essere un dipendente del governo recentemente ricoverato per esaurimento nervoso, per cui viene creduto pazzo e portato via da un'ambulanza. Alla vista dei dottori che portano via il paziente Skinner chiede a Mulder e Scully dove stiano portando Reggie, lasciandoli, quindi, con nuovi dubbi riguardo le sue dichiarazioni.

Due ragazzine si feriscono a morte credendo di combattere contro un mostro; interrogate da Mulder e Scully raccontano di essere arrivate a quel punto, dopo aver fatto uno strano sogno: lo stesso che sta facendo ricorrentemente Dana. Le 2 ragazze non hanno niente in comune, se non il fidanzato, Jackson Van de Kamp. Arrivati a casa del ragazzo per interrogarlo, Dana e Fox, lo trovano suicida dopo che, sembrerebbe, aver sparato ai genitori. Dana teme che il ragazzo sia la fonte dello strano sogno e, dopo aver eseguito il test del DNA, scopre che si tratta di William, il figlio che aveva dato in adozione 15 anni prima. Andando a dargli l'estremo saluto, scopre che il corpo è sparito. In realtà il ragazzo è capace di proiettare visioni che distolgono la realtà. Questo è braccato da degli agenti della National security (si scopre che questi agenti hanno ucciso i genitori del ragazzo, mentre questo si è finto morto). Il ragazzo riesce a fuggire, rimettendosi in contatto telepatico con la madre, che quindi, deve continuare a cercarlo.

Dana e Fox sono convocati dal vice-direttore Kersh in merito alla sparizione di Skinner. Indagando i 2 (che temono che il loro superiore si sia alleato con l'uomo che fuma) arrivano in una sperduta cittadina dove vivono alcuni ex commilitoni di Walter ai tempi della guerra del Vietnam. Uno di questi, Kitten, era stato esposto ad un gas sperimentale, diventando un sanguinario soldato. Dopo tremendi esperimenti all'esposizione al gas, continuati anche dopo il congedo, muore in un ospedale psichiatrico. Il figlio, Davei James è deciso a vendicare il padre, attirando in trappole vietcong disseminate nel bosco, tutti quelli che crede responsabili della pazzia del padre, fra cui Skinner. Mulder e Scully salvano Skinner, che gli conferma la sua lealtà nei confronti delle loro indagini (causa che non gli ha permesso di fare carriera all'interno dell' FBI).

Nel Connecticut un bambino muore, inseguendo, nel bosco, una persona travestita da personaggio dei cartoni animati. Sebbene sembri un omicidio da parte di un maniaco, l'autopsia rivela che le cause della morte sembrano dovute all'attacco di un lupo. Indagando Mulder scopre che il bosco fu teatro di una brutale caccia alle streghe nel XVI secolo, e che gli spiriti maligni che ancora aleggiano nella zona, sono stati richiamati da una strega moderna (compreso il Cerbero che si crede abbia ucciso il bambino). I morti cominciano ad aumentare, Mulder e Scully trovano la strega proprio mentre sta spontaneamente bruciando, mettendo fine all'ondata di violenza.

Indagando su un traffico d'organi, Mulder & Scully si imbattono in una setta al cui comando c'è Barbara Beaumont, attrice di 85 anni che però ne dimostra 30. L'attrice si mantiene giovane bevendo sangue e mangiando organi che, gli adepti della sua setta, gli offrono. A questo si aggiunge un parente di una adepta che cerca vendetta per il rapimento della sorella.

L'episodio si apre ripercorrendo la storia di Jackson Van De Kamp aka William, il figlio di Scully, nato da un esperimento portato avanti dall'uomo che fuma: questo, oltre a tutta una serie di super poteri, possiede la capacità di salvare l'umanità dalla pandemia aliena, di cui Scully ha avuto avvisaglie in sogno. Kersh intima a Skinner di radiare Mulder e Scully, a causa di alcune dichiarazioni rilasciate a Tad O'Malley circa l'epidemia. I 2, in realtà, sono alla ricerca del figlio: sviato da Monica, Mulder arriva ad una base militare in cui è tenuta una navicella aliena. A capo della base vi è Mr. Y, che viene ucciso da Mulder. Rintracciato nuovamente William, Mulder assiste anche all'esplosione dei corpi di Erika Price e dei suoi uomini da parte di William. Skinner e Scully raggiungono Mulder in una fabbrica dove sta inseguendo William che, per non essere raggiunto, si trasforma in Mulder. Skinner uccide Reyes, ma è investito dall'Uomo che fuma rimanendo, apparentemente, anche lui ucciso. L'Uomo che fuma spara a Mulder (William in realtà) che cade in acqua, ma il vero Mulder sopraggiunge e spara a l'Uomo che fuma, uccidendolo. Distrutto per il fatto di aver perso suo figlio, Scully dichiara a Mulder di essere nuovamente incinta, questa volta veramente di Mulder. Nella scena finale si vede William che riappare vivo dalle acque.