Tutte le stagioni di Scrubs - Medici ai primi ferri

Il dottor Jonathan Michael "J.D." Dorian inizia il suo primo giorno da specializzando all'ospedale Sacro Cuore. Anche per Chris Turk (detto semplicemente Turk), specializzando in chirurgia, è il primo giorno. J.D. e Turk sono migliori amici, hanno legato fin dal college. I due conoscono la dottoressa Elliot Reid, anche lei specializzanda in medicina, l'infermiera Carla Espinosa, il sarcastico medico Percival "Perry" Cox e il primario dell'ospedale, Robert "Bob" Kelso. Fin dal primo giorno, l'ospedale spaventa il giovane J.D. che si trova ad affrontare una realtà che finora aveva solo mitizzato.

Dopo due settimane dall'inizio del tirocinio J.D. sta cominciando a prendere il ritmo giusto sul lavoro e a fare amicizia con i suoi colleghi, arrivando perfino ad ospitare Elliot a casa sua. Turk pensa subito che l'intenzione di J.D. sia quella di provarci con la bella dottoressa, ma J.D. smentisce la cosa, anche se con un po' di incertezza. Nel frattempo continua l'antipatia tra Elliot e l'infermiera Carla. Elliot ha infatti fatto la spia con il primario Kelso sul fatto che Carla si sia dimenticata di prendere le consegne di un paziente, attirandosi l'astio di Carla e delle altre infermiere. J.D. prende in cura un paziente di 31 anni, Will Forte, affetto da polmonite multilobare, una situazione grave per una persona della sua età. La malattia è provocata dal vizio del fumo di Will, che in una giornata arriva a fumare due o tre pacchetti di sigarette. I medici fanno al paziente una tac ad alta risoluzione per cercare un eventuale cancro ai polmoni. Poco dopo Turk fa notare a Carla i suoi interessi verso di lei, anche se questi non sono corrisposti. Elliot cerca di far finta che il litigio con Carla non abbia mai avuto luogo, ma le infermiere la trattano male e la dottoressa prova a difendersi chiedendo l'aiuto del dottor Kelso. Lui non è però intenzionato a prendere le sue difese e anzi le dice che, anche se ha apprezzato il fatto che lei abbia fatto la spia, dovrà pagarne da sola le conseguenze. Tuttavia poco dopo Elliot, su consiglio di J.D., chiede scusa a Carla e le due si riappacificano. Dopo, il dottor Kelso elogia Elliot per una diagnosi, ma lei passa il merito a Carla, dichiarandogli che è stata lei ad avere l'intuizione.

J.D. crede che Turk abbia commesso un errore nell'operare un paziente che è poi passato sotto le sue cure. Dopo aver notato i continui peggioramenti del paziente, pensa subito ad una possibile infezione causata dall'intervento chirurgico del suo amico. Intanto un tentativo di bacio con Elliot andato male lo spinge a cercare di fare tutto il possibile per non rischiare di essere relegato nella friend zone. Elliot invece ha una discussione con il dottor Kelso per via dell'appellativo che lui usa verso le giovani dottoresse e che la infastidisce. J.D., distratto da Elliot e convinto dell'errore di Turk, si renderà conto solo grazie a Carla che in realtà l'errore è stato suo e che il paziente è salvo proprio grazie all'attenzione del suo amico Turk.

J.D. prende in cura un'anziana donna con un'insufficienza renale, Turk segue un ragazzo che deve farsi togliere un'ernia ed Elliot ha in cura una donna affetta da lupus che è arrivata in ospedale dopo un attacco d'asma. Tutti e tre finiscono per legare con i propri pazienti. J.D., quando la donna esce dall'ospedale per andare al compleanno della nipote al parco, va a cercarla e resta con lei e con la sua famiglia per poi farla tornare in ospedale. Turk per la prima volta fa amicizia con un suo paziente, guarda insieme a lui una partita in TV e gioca con lui per i corridoi dell'ospedale. Elliot si fa aiutare da Carla a comunicare con la paziente e spiegarle come sta procedendo la sua malattia, poiché la paziente parla solo lo spagnolo. Le condizioni di tutti e tre i pazienti però peggiorano e i medici sono costretti a dar loro brutte notizie: l'anziana signora deve iniziare la dialisi, durante l'operazione per la rimozione dell'ernia del ragazzo i chirurghi scoprono un linfoma e la paziente di Elliot peggiora. I tre medici sono sconvolti quando i tre pazienti vengono a mancare. L'anziana signora rinuncia alla dialisi, decidendo di andarsene in maniera naturale. Gli altri due pazienti si spengono in seguito a complicazioni. Tutti e tre si sentono in colpa e pensano di aver sbagliato qualcosa, ma i loro superiori li rassicurano dicendo loro che hanno svolto correttamente tutto il loro dovere.

Elliot ha in cura un ragazzino tredicenne che non è affatto entusiasta del fatto che il padre gli abbia organizzato una visita di The Rock, al contrario desidererebbe vedere i seni di una bella ragazza. J.D. si accorge che è stato prescritto un cateterismo a un paziente ormai deceduto e lo riferisce al dottor Kelso. Poco dopo scopre dal dottor Cox che in realtà quel cateterismo doveva essere eseguito ad un signora senza assicurazione sanitaria e che in questo modo le spese avrebbero potuto essere coperte. Elliot intanto esaudisce il desiderio del ragazzino, che si riprende improvvisamente e viene dimesso, e comincia così a pensare che i suoi seni abbiano un effetto curativo. Turk regala una penna a Carla presa da quella che crede essere la cassetta degli oggetti smarriti, per poi scoprire di averla presa dalla cassetta degli oggetti sfilati dal sedere dei pazienti. Il dottor Kelso invita J.D. a giocare a golf e lui accetta. Sul campo scopre che anche Cox gioca con Kelso ogni settimana, nonostante dica di odiarlo. J.D. si ritrova a dover decidere da che parte stare: da quella di Cox, aiutando i pazienti anche a rischio di andare contro il regolamento, o da quella di Kelso, che pensa solo al lato economico per portare avanti l'ospedale. Decide infine di stare con il dottor Cox, che viene tuttavia sospeso da Kelso, venuto a sapere che il cateterismo alla paziente è stato eseguito nonostante l'assenza di copertura assicurativa.

Kelso affida a J.D. per delle analisi una paziente, Jordan Sullivan, che è un importante membro del consiglio d'amministrazione dell'ospedale. J.D. ci finisce a letto per poi scoprire che lei è l'ex moglie del dottor Cox. Nel frattempo Turk è alle prese con la madre di Carla, che si infuria dopo aver scoperto che lui e la figlia hanno passato la notte assieme a casa di lei, che non vuole lasciare sola la madre di salute cagionevole. Quando invece Turk e Carla dormono da lui, la madre di Carla si rompe una gamba e Carla si arrabbia con Turk ritenendolo il responsabile. Elliot invece ha un paziente analista che non può parlare e si sfoga con lui parlandogli dei suoi problemi. Cox si rifiuta di chiedere l'aiuto di Jordan nella riunione che deciderà della sua sospensione e così è J.D. a farlo al posto suo. Sebbene in un primo momento Jordan sembri rifiutare, alla fine decide di aiutare l'ex marito, che riesce a mantenere il posto di lavoro.

J.D. inizia a prendere confidenza con il mestiere, riesce a rispondere sempre prontamente a tutte le domande del dottor Kelso durante il giro visite e si sente il re. Un altro specializzando, Nick Murdoch, buono, gentile e molto capace, inizia tuttavia a rubargli la scena: il dottor Cox lo sceglie come suo assistente per una relazione, Elliot lo invita a uscire e il dottor Kelso ha per lui attenzioni particolari. J.D. soffre moltissimo per la situazione, ma quando finalmente riconosce la superiorità di Nick le cose iniziano a mettersi male per quest'ultimo. Le condizioni di salute di un paziente di sette anni in cura a Nick non migliorano e, quando lui si rende conto che il bambino è destinato a morire, non riesce a sopportare il senso di oppressione e decide di lasciare l'ospedale. Intanto Turk è soggetto ad un blocco psicologico che gli impedisce di operare i pazienti. Carla si lamenta con Cox perché il suo ragazzo non è in grado di aprirsi con lei e di parlarle dei suoi problemi. Cox convince però Carla ad aiutare il suo ragazzo e Turk risolve il suo problema grazie al suo sostegno.

J.D. e Turk salvano un operatore televisivo che ha un malore improvviso di fronte alle telecamere e ottengono una notevole pubblicità. Kelso convince J.D. a dargli l'autorizzazione per usare la loro immagine per fare pubblicità all'ospedale. Sfrutta poi la situazione per promuovere l'ospedale puntando sulla solidarietà razziale. Turk tuttavia si sente offeso dalla campagna, si arrabbia con J.D. e minaccia Kelso di denunciarlo. Durante una chiacchierata tra Carla ed Elliott, J.D. suggerisce a Carla di invitare anche Elliot all'uscita che aveva in programma con un'amica. Carla non è per nulla contenta, così mente ad Elliot dicendole di avere un impegno e finge che la serata sia rimandata. La stessa sera però le due si incontrano in un locale ed Elliot rimane molto offesa. Carla chiede poi scusa ad Elliot e le due si riappacificano, così come J.D. e Turk. Kelso invece fa ritirare tutti i manifesti pubblicitari per evitare la denuncia di Turk, dopo che l'avvocato Ted, consulente dell'ospedale, lo informa dei rischi.

È la settimana del Giorno del ringraziamento e J.D. ha un forte dolore dalle parti della milza. Si trova quindi in ospedale, questa volta come paziente, dove gli viene prescritta un'appendicectomia. J.D. ha così l'occasione di vedere per un giorno cosa si prova a essere un paziente invece che un medico. Elliot lo visita e J.D. si lamenta delle sue maniere. Lei si offende e si fa dire la verità da tutti gli altri suoi pazienti, che la ritengono brava ma molto manesca. J.D. inoltre scopre che deve essere Turk ad operarlo, ma non vuole che sia lui. Quella notte J.D. si sveglia di soprassalto con la febbre alta e così i medici decidono di operarlo subito. Il chirurgo di turno che effettua l'operazione è Turk. Al mattino dopo J.D. si sveglia e capisce di aver sbagliato quando pensava di non voler essere operato da Turk. Elliot intanto ha imparato che deve essere più delicata e gentile con i pazienti.

Kelso ha un'abitudine: ogni giorno alle 12.30 va a sedersi sulla panchina di fronte all'ospedale e si rilassa mentre mangia il suo pranzo. Questa routine che va avanti da anni viene interrotta da Turk che, casualmente, scopre che la panchina ha un effetto rilassante. Kelso cerca allora di intimidirlo per avere la panchina tutta per sé, ma senza riuscirci. J.D. intanto subisce una ramanzina dal dottor Cox. Carla allora lo difende e per questo il dottor Cox lo mette in ridicolo di fronte agli altri perché non sa difendersi da solo. Così quando Carla lo chiama Bambi, il solito soprannome che lei utilizza, J.D. si arrabbia con lei e le dice di non chiamarlo più con quel soprannome e di trattarlo come un dottore. Intanto l'Inserviente sta cercando di inventare un soprannome per far irritare J.D. e comincia a chiamarlo Golosino. Turk non demorde e riesce a far capire a Kelso che non mollerà facilmente. J.D., più tardi, va a scusarsi con Carla per quello che le ha detto, lei sembra capire e accettare le scuse, ma poi si capisce che non è così e che è invece profondamente offesa. J.D. pensa che alla fine il suo soprannome rimarrà per sempre Bambi, ma proprio in quel momento il dottor Cox arriva e lo saluta chiamandolo Golosino. Lì vicino J.D. vede l'Inserviente esultare per la vittoria ottenuta.

È arrivato il Natale e l'ospedale del Sacro Cuore è tutto addobbato a festa. Il dottor Cox affida a J.D. il compito di registrare su una videocassetta il parto di una coppia di suoi amici. J.D. lo riprende con una videocamera, per poi accorgersi di non aver registrato nulla sulla videocassetta. Cox, dapprima arrabbiato, accetta poi di mentire sul fatto della registrazione ai neo genitori. Elliot intanto ha in cura una giovane ragazza incinta, che è però scappata dall'ospedale. Turk è l'unico ad essere speranzoso sul Natale, dato che è credente e ha sempre avuto una grande fede, che tuttavia viene ben presto fatta vacillare. In ospedale vede molta gente che soffre, così comincia a sentirsi scoraggiato e a dubitare della propria fede. Venuto al corrente della scomparsa della paziente di Elliot, Turk ha però un'illuminazione su dove possa essere fuggita, si dirige quindi sotto l'albero di Natale nel parco della città e riesce a trovarla. Anche J.D., Carla ed Elliot giungono lì assieme ai soccorsi e il bambino della ragazza nasce sul posto.

Alex, un'assistente sociale, scivola sul pavimento bagnato dell'ospedale e batte la testa, viene quindi ricoverata per una commozione cerebrale e le viene fatta una TAC. Kelso affida a J.D. il compito di assisterla. Mentre lei è all'interno della macchina però questa si guasta e lei non può più uscire finché non sarà riparata. J.D. inizia quindi a fare la sua conoscenza, senza poterla vedere. Elliot intanto è preoccupata e arrabbiata con il dottor Cox perché la prende sempre in giro e non le dà fiducia. Turk invece non parla con Carla. Turk ed Elliot vanno a chiedere aiuto a J.D., che dice al primo di andare a parlare con Carla e alla seconda di non aver paura di affrontare il dottor Cox. Turk e Carla parlano e si chiariscono. Elliot cerca assieme a Cox di rianimare un paziente in arresto cardiaco, che però muore. Allora Cox, che nel frattempo ha cominciato a darle fiducia, le dice che non sempre si può vincere. Alla fine della giornata J.D. rientra nella stanza della TAC dove è rimasta Alex. Il macchinario è stato riparato, ma lui lo blocca e prima di riuscire a vederla in volto le chiede di uscire con lui a cena. Lei accetta.

Alex esce dalla TAC dov'era rimasta bloccata e vede J.D. per la prima volta. Lei non è affatto brutta come lui temeva e i due escono assieme a cena fuori. Il dottor Kelso ordina al dottor Cox di fare il giro visite con gli specializzandi al posto suo. A differenza di Kelso lui non rimprovera gli specializzandi quando non riescono a rispondere alle domande e confida loro che Kelso non può punirli se sono impreparati. Intanto Turk e Carla, dopo essersi confidati il loro amore, hanno un rapporto ma non riescono a concluderlo. J.D. ha un paziente con degli strani sintomi a cui non riesce associare nessuna malattia. Passa l'intera giornata a cercare sui libri e salta persino l'appuntamento con Alex per occuparsene, così lei lo lascia. Gli specializzandi invece ora non hanno più paura di Kelso, questo affida quindi i giri visite a Cox, che però fa in modo che le cose tornino presto alla normalità. Carla e Turk riescono poi a risolvere il loro problema, mentre J.D. riesce a riconquistare Alex.

All'ospedale viene ricoverato il signor Burns, un ex-tossicodipendente, e i medici decidono di non somministrargli farmaci che potrebbero farlo ricadere nella dipendenza. Nel frattempo Carla perde l'autobus e ottiene un passaggio verso l'ospedale dal dottor Kelso. L'infermiera, trascorrendo del tempo con lui, inizia a scoprire il suo lato più gentile. Intanto Turk, su ordine di Carla, cerca di socializzare con il dottor Cox e continua a incontrarlo al gabinetto. Poco dopo all'ospedale spariscono dei narcotici e tutti sospettano di Burns dati i suoi precedenti, eccetto Alex che lo difende dai sospetti di Elliot. Anche J.D. prende le sue difese, soprattutto per fare buona figura con Alex come suggerito da Turk, ma Elliot si offende con lui per avere preferito la sua nuova ragazza. Il giorno dopo Turk capisce che Cox è ancora innamorato di Carla ma decide di non dirle niente. Tornati a casa, J.D. sta per andare a letto con Alex ma scopre nella sua borsa i narcotici rubati. I due ne parlano, ma da quel giorno non si sentiranno più. J.D. decide poi di scusarsi con Elliot e lei gli dichiara il suo amore.

Elliot e J.D., dopo aver passato insieme la notte, sono imbarazzati ma poi passano insieme l'intera giornata a letto. I due decidono di non dire nulla circa la loro relazione ai colleghi ma tutti se ne accorgono. Lo staff dell'ospedale parla con uno psicologo, e così si conoscono le ragioni di alcuni comportamenti dei protagonisti. Alla fine J.D. e Elliot capiscono di non essere adatti come coppia e si lasciano. Alla fine dell'episodio si vede un dialogo avvenuto dopo il loro primo giorno di coppia, in cui J.D. si dice sicuro del fatto che la loro relazione andrà bene.

J.D. e Elliot, avendo appena rotto, non vogliono passare del tempo insieme, perciò Turk chiede a quest'ultima di aiutarlo in una ricerca. Elliot però si arrabbia quando le viene riferito da Todd che in realtà tutti i chirurghi hanno scelto un secchione di medicina che facesse i loro progetti. Nel frattempo il Dr. Cox sembra essere uscito fuori di testa: distrugge un laboratorio, e nessuno sembra riuscire a compatirlo, tranne J.D. Una sera il Dottore lo prende alla sprovvista e lo porta con lui in un bar, ubriacandosi, fino alle 2 di notte. Il giorno dopo sembra però che egli faccia come se non fosse successo nulla, e J.D. lo rimprovera del fatto che lui non "gestisce i problemi come farebbe una persona normale". Ma il Dr. Cox lo fa riflettere sul fatto che lui riesce a esprimere le proprie emozioni, al contrario dell'assistente. Nel frattempo Carla deve assistere un paziente in coma, e cerca di rispettare le sue volontà: ascoltare una canzone dei Poison ogni giorno. Kelso, però, è contrario a ciò. Inoltre al suo diretto parente non interessa altro se non i soldi. Nonostante tutto, però, Carla si farà aiutare da Ted (che nel frattempo si infatua di lei per la gentilezza nei suoi confronti) per riuscire a compiere le sue volontà. Alla fine, Turk confessa ad Elliot che le ha chiesto aiuto per la ricerca solamente per far migliorare i rapporti tra lei ed il suo migliore amico. Alla fine i due si riappacificano, e il giorno dopo, insieme a Turk e Carla, buttano cose dal tetto, come Letterman.

J.D., Turk ed Elliot arrivano al punto in cui anche loro saranno degli insegnanti per i nuovi arrivati. A J.D tocca Josh, un ragazzo strambo con cui il ragazzo non si trova a suo agio; a Elliot un maschilista e arrogante ragazzo di nome Philipp il cui padre è il proprietario dell'ospedale, e a Turk Christine, una ragazza bella e dal carattere forte. Cox si infatua di Christine e Turk lo aiuta a conquistarla, ma lui le rivela che la usa solo per dimenticare Carla. Christina però accetta comunque di andare a letto con lui. J.D si sfoga con il suo studente, dicendogli che non è portato per fare il medico, ma vedendo che il giorno dopo se ne sta per andare, lo convince a restare e a continuare a credere di potercela fare. Kelso parla con Elliot per dirle che deve farsi rispettare da Philipp, nonostante il lavoro di suo padre.

J.D. si deve occupare di un paziente scorbutico e senza rispetto per i medici; Cox inizia ad uscire con Christina mentre Elliot insieme a Turk scopre da un paziente che Kelso componeva canzoni romantiche con la chitarra e la ragazza ne rimane colpita. Il paziente di J.D. muore per arresto respiratorio e Carla gli parla del fatto che aveva un cancro metastatico al colon. Cox rivela a Jordan, la sua ex moglie con cui va ancora a letto, che deve decidere tra due donne (Carla e Christina). Il giorno dopo J.D. deve partecipare a un'assemblea per spiegare le ragioni della morte del suo paziente, poiché si sospetta che sia dovuta a una sua negligenza. Cox vede in ospedale Christina e Jordan che parlano amichevolmente e lui non è d'accordo. Ma arriva Carla e così Christina scopre che era per aiutarla che le ha dato buca, lui cerca di difendersi ma rivela involontariamente di andare a letto con Jordan. Kelso sgrida Elliot per aver pensato che potesse essere un musicista, ma a fine puntata si vede lui che suona la chitarra. Cox continua ad andare a letto con Jordan.

Turk ed Elliot hanno finito la loro relazione sulle arteriopatie periferiche, e adesso devono solo esporla in pubblico, e sono molto turbati poiché dovranno arrivare i loro genitori. Ironicamente, quando J.D. telefona a suo padre e gli comunica che arriveranno i genitori dei suoi amici per assistere alla loro esposizione, decide anch'egli di andare a trovare suo figlio. Si viene a sapere che i genitori di J.D. si sono separati quando aveva 7 anni, e che con suo padre ha un rapporto "particolare". Successivamente arrivano anche i genitori di Elliot e di Turk: il padre di Elliot è il primario di un ospedale, ed è per questo che quando il Dr. Kelso lo viene a sapere, si creeranno delle ostilità, che si ripercuoteranno su Elliot: e nonostante egli la punti come obiettivo per farla sbagliare su domande riguardanti il campo medico, lei risponde sempre correttamente, rendendo fiero suo padre. Successivamente si chiederà se è diventata medico per sua scelta o per volere dei suoi genitori, ma arriverà la conferma della prima ipotesi, quando un paziente le vomiterà addosso e, nonostante l'accaduto, lei continua ad avere sorriso.

Turk è molto competitivo, e per ogni cosa realizza una sfida con J.D. e in ognuna il chirurgo vince. All'ospedale, Turk convince (anche con l'aiuto dell'inserviente) un paziente di Dorian a sottoporsi ad un intervento chirurgico al posto di farsi curare con le cure prescritte da J.D. Questo gesto fa arrabbiare quest'ultimo che, sta volta, è veramente intenzionato a non farlo vincere. J.D. chiede aiuto a a Cox, senza risultati. Inoltre Turk convince altri pazienti a sottoporsi a interventi chirurgici. Questo fa molto arrabbiare J.D. Alla fine l'amico ammette di essere competitivo, ma dice anche alle volte è positivo esserlo, perché bisogna credere in propri stessi. Turk e Dorian si rappacificano. Nel frattempo Cox si arrabbia con Kelso perché ha licenziato due valide infermiere, e per questo motivo quest'ultimo ne licenzia un'altra. Affinché facesse tornare l'ultima infermiera licenziata senza motivo, il Dr. Cox è costretto a chiedere scusa a Kelso davanti a molti assistenti. Successivamente Kelso si prenderà il merito di aver riassunto l'infermiera, ma nonostante ciò Cox è comunque felice di aver fatto la cosa giusta.

Durante un prelievo di sangue ad un paziente con Epatite B, per sbaglio la siringa vola e va a finire nel braccio di J.D. Quest'ultimo è spaventato, e quattro pazienti (che per professione sono medici) lo fanno spaventare ancora di più. Successivamente dovrà occuparsi di un paziente con Meningococco, ed è intimorito dal contagio. Ma successivamente affronterà questa paura. Turk sembra aver messo su qualche chilo, e Dorian e Carla lo prendono un po' in giro per questo fatto. Allora lui decide di farsi aiutare dal Dr. Cox, che sembra essere sempre in forma. Turk si allenerà sempre con lui (seguito a ruota da Todd), ma Carla si sentirà trascurata. Turk capisce allora che Cox è sempre in forma poiché non ha nessuno con cui passare del tempo, e piuttosto che allenarsi per ritornare in forma, decide di trascorrere più tempo con la sua ragazza. Elliot intanto esce con Sean, ed ogni giorno è molto stanca al lavoro, poiché esce fino a sera tarda ed ha rapporti sessuali. Qualche giorno dopo, di sera, mentre lui la aspetta all'uscita dell'ospedale, lei arriva, e per sbaglio gli accenna al fatto che non è pronta ad impegnarsi. Lei dovrà fare tardi in ospedale, ma lui cerca comunque di aspettarla Quando esce alla fine del suo turno, egli se n'è andato. Finisce così la storia tra Elliot e Sean.

Dopo essersi bucato la mano con una sparachiodi arriva all'ospedale Ben, fratello di Jordan e grande amico di Perry. Intanto, mentre sia Elliot che Turk commettono degli errori dovuti a degli scambi fortuiti di cartelle, la mano di Ben non smette di sanguinare e degli esami consigliati da J.D. rivelano che la causa della continua emorragia è la leucemia.

Ben, fratello di Jordan, si sottopone alla chemioterapia per combattere la leucemia ma Cox non assiste alla prima seduta poiché ha paura per la sorte del suo amico. Fortunatamente il tumore di Ben regredisce ma J.D., che ha sempre visto Cox come un eroe, lo vede per la prima volta come una persona vera anche se per lui resterà sempre il "suo eroe".

Dopo aver passato un anno all'ospedale Jd, Turk e Elliot capiscono di non essere più emozionati dal loro lavoro e decidono quindi di curare un loro paziente in modo rischioso. Intanto, dopo che Cox la aveva criticata per la sua prevedibilità, Jordan rivela a tutti i protagonisti dei segreti imbarazzanti che si tenevano nascosti l'un l'altro.

È il primo giorno di un nuovo anno al Sacro Cuore, e dopo la sfuriata di Jordan, i rapporti sono molto tesi tra tutti. JD cerca quindi di far tornare le cose come prima. Carla è arrabbiata con Turk perché lui non le ha detto ciò che il dr. Cox provava per lei, ma non è solo quello il motivo e vuole che Turk capisca davvero perché lei è arrabbiata: fino ad allora non ha intenzione di perdonarlo. JD teme la reazione del dr. Cox dopo che Jordan gli ha detto che lei e JD quando si sono conosciuti hanno fatto sesso, e si stupisce quando Cox gli dice che lo perdona. Capisce poi che il Dr. Cox l'ha perdonato solo perché non gli interessa più niente di lui. Elliot passa il tempo a nascondersi da JD, poiché ora questo sa del fatto che lei ne è ancora innamorata. JD le propone di copulare insieme per scoprire dove portano questi sentimenti rimasti in sospeso. Così JD riunisce Carla, Turk e il dr. Cox per parlare delle loro liti, ma la cosa non ha successo. Preso dal cercare di risolvere i problemi, questo si è dimenticato del suo paziente, che sembrava un mistero diagnostico: si scopre però che la febbre del paziente era dovuta ai continui spostamenti da un reparto all'altro e i troppi farmaci. JD capisce così che a volte le cose si sistemano da sole, e infatti così accade, visto che alla fine della puntata Carla perdona Turk e il dr. Cox torna a trattare male JD come prima.

J.D., Elliot e Turk si lamentano continuamente in quanto non vengono mai affidati loro compiti importanti, ma all'improvviso il loro desiderio si realizza: si trovano per la prima volta da soli a gestire l'intero ospedale senza la supervisione di nessuno. I tre però scoprono ben presto quanto sia difficile prendere delle decisioni circa la salute dei pazienti. Fortunatamente c'è Carla ad aiutarli e a rasserenarli nelle loro insicurezze. Nel frattempo, il Dr. Cox pur di dimostrare a Jordan di essere cambiato (convincendola così a tornare insieme) accetta di fare un discorso d'elogio al Dr. Kelso nel corso di una premiazione ma manderà tutto a rotoli.

Altro giorno altri casi da curare al Sacred Heart Hospital, specialmente se questi casi sono “particolari”: chi infatti fornirà il caso più strano al dottor Kelso potrà partecipare ad un convegno a Reno. Non tutte le ciambelle però riescono col buco, e anche se J.D si ritrova fra le mani il caso più interessante di tutto l'ospedale dovrà decidere di non abbassarsi a compromessi per far carriera o fare i conti col giudizio del dottor Cox. E sempre a proposito del dottor Kelso, nell'ospedale fervono i preparativi per il giorno del suo anniversario di matrimonio: proprio in questa occasione, una volta all'anno, il dottore diventa tanto affabile da esaudire tutte le richieste del personale senza protestare. Per finire il quadro della situazione Carla ed Elliot si accorgono che la loro amicizia non è tanto solida, ma anzi fin troppe differenze le dividono. Per tutti si impongono delle scelte e come dice J.D “la vita è condizionata dalle scelte che si fanno man mano che si avanti… L'importante è credere nelle proprie convinzioni e restare sempre con i piedi per terra”. Infine, J.D. accetterà il viaggio a Reno, facendo presente al dottor Cox che cercare di mettersi in luce è fondamentale. Così Cox chiederà di mettere una buona parola a una sua paziente influente che ha un'infatuazione per lui.

JD si accorge di conoscere poco della vita di Carla, quindi la spinge a confidarsi con lui in un momento di debolezza. Quando però scopre che JD ha rivelato a Turk il suo segreto s'infuria e promette di non dirgli più nulla sulla sua vita privata in futuro. JD si scusa e alla fine Carla si confida ancora con lui dandogli un'altra possibilità. Turk nel frattempo è invidioso della sua collega più abile di lui in sala operatoria e si esalta quando Kelso lo sceglie per accompagnarlo in Messico. Scopre poi che è stato scelto solamente perché Kelso non vuole la compagnia di una donna a causa dei suoi pregiudizi sessisti, quindi va dalla collega offrendole il suo posto. Questa rifiuta e alla fine sarà Todd ad andare in Messico. Elliot ha i soliti problemi di autostima e cerca disperatamente l'attenzione del Dr. Cox, che approfitta della sua disponibilità affidandole i compiti più ingrati. Alla fine, impietosito, Cox le consiglia di smettere di preoccuparsi di quello che pensa la gente di lei.

JD, divenuto assistente di ruolo, decide di mettere il camice bianco convinto che non ripeterà più gli stessi errori di quando era un assistente, ma il Dr. Cox non lo apprezza. Turk è costretto a lavorare con il Dr. Amato, che, a causa della sua piccola statura, costringe Turk a lavorare piegato, causandogli il mal di schiena. Elliot conosce un chirurgo dell'ospedale e, dopo una notte di sesso con lui, viene bersagliata dai pettegolezzi di tutto l'ospedale. JD, per via del suo nuovo camice, si sente troppo sicuro di sé e finisce per provocare la perdita dell'olfatto ad un paziente, che per sfogarsi, attacca JD, sotto gli occhi del Dr. Cox che ironicamente gli dice "Non fai più gli stessi errori schiocchi, complimenti". Intanto anche Turk inizia a spettegolare su Elliot, ma lei lo scopre mentre sta raccontando ai suoi colleghi dei piccanti particolari su di lei. JD, convinto che la perdita dell'olfatto del suo paziente non sia dovuta ad un suo errore, va in cerca di conferme; conferme che Ted gli dà. Deciso ad affrontare il Dr. Cox, JD gli fa notare che era lui ad avere ragione, ma Cox già lo sapeva e gli dice che se precedentemente lo aveva attaccato era perché il paziente aveva bisogno di sfogarsi e prendersela con qualcuno. Dopodiché JD decide di levarsi il camice bianco. Alla fine Elliot perdona Turk e inizia ad andare fiera dei pettegolezzi sconci che girano sul suo conto.

Dan, il fratello di JD, gli fa una sorpresa e lo va a trovare in ospedale. Dan inizia a interessarsi a Elliot, ma JD gli fa notare che loro due hanno avuto una relazione, così decide di tirarsi indietro. Turk, con una scusa, rifiuta un invito al funerale di un suo paziente deceduto, ma il Dr. Cox, dopo una scommessa vinta da Turk, lo fa sentire in colpa e così decide di andarci. Intanto Elliot chiede a JD di poter pranzare con lui e Dan, ma JD, ingelosito, cerca invano di non farla venire. Durante il pranzo Elliot fa delle domande a Dan sulla sua vita, e quando gli chiede dove abita e che lavoro fa, JD cerca di giustificare il fatto che Dan abiti ancora con la madre e che alla sua età faccia ancora il barman, così si rende conto che in realtà non è geloso, ma si vergogna del fratello. Turk arriva al funerale ma viene subito attaccato dai parenti del defunto perché non si ricorda neanche il suo nome. Il Dr. Cox prima si diverte nel vederlo disperato, ma poi gli fa capire quando è il momento di scherzare sui pazienti e quando non lo è. Infine JD si sfoga e dice al fratello che è arrivato il momento di crescere e che secondo lui non ha intenzione di farlo perché ha paura di fallire, così Dan, deluso, lo saluta e se ne va.

Arriva in ospedale l'affascinante rappresentate farmaceutica July (Heather Locklear). Tutti sembrano subire il suo fascino eccetto il dottor Cox che ostenta disgusto verso di lei pur essendone attratto. Intanto Turk regala a Carla un corso di specializzazione, visto che lei continua a lamentarsi di dover sempre chiedere ai medici il permesso di ogni cosa. Carla inizialmente si arrabbia con Turk ma poi si rende conto che non è pienamente felice della sua posizione attuale. JD ed Elliot discutono su una paziente ed Elliot alla fine la fa operare, ma questa muore sotto i ferri facendo cadere Elliot in depressione. JD gongola sostendendo di essere un sostenitore della teoria "Chi vivrà vedrà". Kelso però alla conferenza di immorbilità e mortalità, elogia la scelta coraggiosa di Elliot e bacchetta JD per la sua mancanza di coraggio. Kelso incarica Cox di organizzare la serata promozionale per il PLOMOX, il nuovo farmaco di July. Alla conclusione della serata Turk sta male per la troppa carne mangiata e viene portato in ospedale. Intanto July dice a Cox che prova qualcosa per lui, ma lui se ne va senza risponderle. Carla confessa a Cox che la vera ragione per cui non va al corso di specializzazione è perché vuole stare accanto a Turk e non trascurare il loro rapporto. Cox raggiunge July al bar e JD, grazie ad Elliot, capisce che nella vita come nel lavoro, ogni tanto bisogna rischiare, così i due vanno a fare bungee jumping.

JD e Turk hanno l'abitudine di rubare alcuni oggetti dall'ospedale per risparmiare e saldare così i debiti contratti per frequentare l'università. Turk offre a JD un lavoro nell'ambulatorio pubblico ma decide di tenersi 100 dei 300 dollari di paga. JD lo scopre e per vendetta racconta ai medici in ambulatorio che Turk fa uso di marijuana. Turk quindi non viene più contattato e perde il suo impiego serale. JD si sente in colpa perché ha costretto Turk ad un lavoro su un'ambulanza. Appena capito che il suo tiro mancino danneggiava anche Carla, JD va a fa re le sue scuse a Turk sull'ambulanza. Nel frattempo Cox ufficializza la storia con July, la bella rappresentante farmaceutica, e ciò modifica il suo carattere e lo fa diventare meno arrabbiato e scontroso. Poi però scopre che July è andato a letto con molte persone all'interno dell'ospedale, e ciò lo fa tornare il solito dottor Cox. Mentre July è a casa di Cox, arriva Jordan, la ex moglie di lui incinta, che rivuole Cox al suo fianco per crescere il bambino. Inizia così una guerra senza esclusione di colpi tra le due donne per il dottor Cox, che alla fine sceglie Jordan. Le cosiddette Ginecologirl, ovvero i medici che hanno preso la specializzazione in ginecologia, che sono tutte donne, chiedono ad Elliot di unirsi a loro. Elliot rifiuta. Il padre di Elliot fa visita alla figlia e le rivela che è stato lui a chiedere alla ginecologa Gerson di convincerla a scegliere ginecologia. Elliot dice al padre che non vuole specializzarsi in ginecologia e il padre le ricorda di averle pagato gli studi. Elliot risponde che è abbastanza grande per scegliere da sé. Mr Reid taglia i fondi alla figlia, che è costretta a traslocare dalla bella casa in cui viveva e cambiare radicalmente il suo stile di vita.

JD e Cox hanno una discussione su una diagnosi: secondo il dr. Cox è una malattia comune, secondo JD una patologia molto rara. Le analisi confermano la tesi di JD, che si monta la testa, risponde a tono a Cox e diventa arrogante. Cox allora lo sfida in una contesa medica: due pazienti perfettamente uguali, stessi sintomi, stessa età, stesso sesso, stessa etnia, uno per JD, uno per Cox. JD somministra gli stessi farmaci di Cox, ma il suo paziente muore, quello di Cox no. Persa la sfida, cerca di capire dove ha sbagliato. Il Dottor Cox gli spiega che la cosa di cui non ha tenuto conto è che il caso è sempre più forte di tutto. Elliot intanto affronta la mancanza di soldi, dopo che il padre le ha negato i fondi. In ospedale un paziente a cui aveva dato pochi mesi di vita ma che invece era completamente guarito le fa causa. Carla nel frattempo vuole parlare con Cox della storia con Jordan, che a lei pare una scelta sbagliata. Jordan si infuria con lei. Carla capisce di essere una persona che dice sempre agli altri ciò che devono fare e promette e Turk che proverà in tutti i modi a cambiare.

J.D. va al lavoro insieme a Turk, Carla ed Elliot. Il giorno però non si prospetta affatto bene: tra pazienti in fin di vita e continue complicazioni, J.D. immagina che il Sacred Heart Hospital sia come un "mostro" che risucchia le forze a medici e pazienti. Elliot intanto si è trasferita da Turk e J.D., con cui va a letto nuovamente, in quanto suo padre e sua madre l'hanno sfrattata di casa.

JD ed Elliot si risvegliano dopo aver fatto sesso. Entrambi non vogliono ricominciare una relazione seria, dopo la disastrosa fine dell'altra e quindi decidono di essere "Compagni di sesso". Elliot usa il sesso con JD per eliminare le tensioni e la depressione che la opprimono. Elliot è sempre più pressappochista nel suo lavoro e Turk, che l'aiuta, ne paga le conseguenze, venendo accusato delle negligenze della ragazza. Turk allora decide di dare ad Elliot una tregua per farla riflettere sulla sua vita convincendo i pazienti di Elliot a chiedere un altro medico. Elliot lo scopre e inizialmente di infuria, poi quando si rende conto che sta davvero peggiorando come medico, capisce che Turk ha fatto la cosa giusta, per il bene dei pazienti oltre che per il suo. JD intanto si rende conto di non riuscire a dividere il sesso dai sentimenti e si riscopre innamorato di Elliot nuovamente, ma Elliot tronca il loro rapporto per riordinare la sua vita. Carla nel frattempo ha un problema con un paziente anziano: gli ha detto che può essere dimesso per andare al matrimonio del figlio, ma Kelso sostiene che ha ancora bisogno di ossigeno. Manda JD da Kelso a sostenere che dimettere il paziente è la scelta giusta. Kelso va a parlare con lei e le dà la possibilità di decidere: dimetterlo e correre il rischio, o stare sul sicuro e farsi odiare da un paziente.

Elliot vuole essere solo amica di JD, che si finge d'accordo pur essendone ancora innamorato. Elliot non fa che ostentare la loro nuova "amicizia" così JD per farla ingelosire esce nuovamente con la ragazza dello spaccio, piantando Elliot in asso nel momento del bisogno (le avevano rubato il furgone con dentro tutto ciò che possedeva). JD chiede scusa e le cose sembrano sistemarsi, ma alla fine capisce che Elliot per non sembrare vulnerabile stava portandosi dietro un pesante fardello. Allora non va all'appuntamento con la ragazza dello spaccio ma va a trovare Elliot, come amico (anche se a malincuore). Nel frattempo Cox e Carla si occupano del signor Corman, un uomo che si presenta molto frequentemente all'ospedale convinto di avere malattie esotiche e rarissime. Cox decide di strapazzarlo un po' con inutili controlli molto dolorosi, ma questo lo porta a scoprire che il paziente ha un rara forma di cancro. Cox chiede a Carla perché gli avesse impedito di fare le analisi inutili a Corman, dato che lei è l'unica che riesce a rimettere in riga il dottor Cox. Entrambi scoprono che la loro amicizia non è più affiatata e trovano un po' di tempo da dedicarsi. Intanto Turk e Kelso si occupano di un'anziana signora appena operata al cervello a cui Turk deve far ritirare la patente. Lui non lo fa, disobbedendo a Kelso, ma la sua paziente perde il controllo della macchina e per un pelo non investe Turk e Kelso, andando poi a schiantarsi contro la macchina del primario, da lui molto amata. Kelso allora impartisce una lezione a Turk: tutti i pazienti mentono.

In ospedale è tornata Elaine, in lista per il trapianto di cuore da molto tempo, tanto che lei e JD sono diventati amici. JD si occupa con il Dr. Cox anche di una donna incinta con un problema di cuore dovuto alla gravidanza. Quando il marito dovrà scegliere se far nascere pericolosamente presto il bambino per salvare la moglie, JD lo aiuterà nella scelta. Intanto Turk è deciso a chiedere a Carla di sposarlo. Ma la stessa sera Carla riceve la telefonata di sua madre, che le dice che è morta sua zia. Carla deve partire per 5 giorni per Chicago e Turk non trova il modo di fargli la grande proposta (anche perché l'anello viene mangiato da un bambino dell'ospedale, Ralphie). Prima che parta, senza anello, Turk glielo chiede lo stesso. Carla risponde che lo ama ma che ci deve riflettere. Nel frattempo Elliot combatte contro Kelso per avere due spogliatoi separati invece di uno misto. Grazie ai consigli legali di Ted ed al sostegno di tutte le donne dell'ospedale, Kelso cede. Alla fine la filosofia di JD (in ospedale per ogni persona che muore una continua a vivere, mantenendo l'equilibrio) si dimostra esatta: madre e figlio sopravvivono, ma Elaine va in arresto cardiaco e muore.

Carla sta tenendo Turk sulle spine riguardo alla richiesta di matrimonio perché è molto in dubbio sulla serietà della proposta e la maturità di Turk. Intanto arriva Kevin (D.L. Hughley), il fratello di Turk a passare un paio di giorni con lui. Kevin è stato lasciato dalla moglie e, anche se non lo fa trasparire, soffre molto per questo. Turk fa di tutto per tirarlo su e alla fine i due finiscono in un bar dove si ubriacano. Al loro rientro Carla vede Turk e Kevin sbronzi fradici con Roudie e una ragazza incontrata al bar. E questa fa nascere nuovi dubbi. Intanto arriva all'ospedale l'antitesi di Kelso, il dottor Doug Townshend (Dick Van Dyke), adorato da tutti, Cox, Kelso ed Inserviente compresi. Egli segue un caso con JD, ma gli fa utilizzare tecniche antiquate ed obsolete che presentano rischi inutili e che fanno aggravare il paziente. JD lo denuncia a Kelso che a malincuore è costretto ad impedirgli di esercitare la professione. Nel frattempo Cox e Jordan litigano perché Cox vuole sapere il sesso del bambino, Jordan no. Per una coincidenza Elliot viene a sapere di che sesso è il bambino mentre i genitori ne sono all'oscuro. Cox cerca di estorcerle l'informazione ma Elliot lo ricatta e poi dà una busta con su scritto il sesso a Jordan. Jordan dopo una discussione la consegna a Cox lasciando a lui la scelta. A malincuore alla fine Cox la straccia senza aprirla.

Turk continua a chiedere a Carla di sposarlo, ma questa continua a dirgli di aspettare perché deve decidere. JD e Turk inoltre fanno a gara per vedere chi preferisce tra loro due la cameriera del bar vicino all'ospedale. Elliot incontra un ragazzo al bar che si scopre poi essere un infermiere all'ospedale, ma lei è talmente preoccupata da ciò che pensano gli altri da piantarlo. Alla fine dell'episodio si pentirà e gli chiederà di nuovo di uscire. Il Dr. Cox va dal suo psichiatra, un tipo irascibile e poco amichevole. Questo però riesce a far ragionare il Dr. Cox su ciò che è e sui suoi rapporti con le altre persone pressoché inesistenti. Difatti questo invita diversi suoi colleghi a casa sua per vedere una partita, ma nessuno si presenta. L'unico a venire è JD che non era stato invitato e che viene sbattuto fuori di casa dal Dr. Cox. J.D. chiede un altro supervisore per stargli lontano. Alla fine la cameriera preferisce Turk e i due stanno quasi per andare via insieme quando Carla lo chiama per dirgli che ha preso una decisione e che lo sposerà. Turk va subito a trovarla ed abbracciarla. JD intanto è in ospedale e poco prima di uscire incontra il Dr. Cox che gli dà una pacca sulla spalla in segno di amicizia. JD alla fine va da Turk con dei fuochi d'artificio da far esplodere e tutti sono in allegria. A differenza delle altre puntate, il narratore è Cox.

JD e Turk sono sul tetto a giocare a golf e una loro pallina rompe il vetro di una macchina che causa un incidente stradale. Jordan è in ospedale per partorire e il Dr. Cox le spiega che le ha fatto assegnare la sala da parto migliore dell'ospedale, sfortunatamente quella sala è occupata e di conseguenza le viene assegnata la stanza peggiore, ma Cox rimedia chiedendo un favore al Dr. Kelso. In seguito Jordan, furiosa per il precedente fatto e per via dell'imminente parto, caccia Cox dalla stanza. In ospedale si presenta un paziente che dice di essere stato colpito da una palla da golf mentre guidava, ma JD e Turk, impauriti, fanno finta di niente. Intanto Elliot prosegue la sua relazione con Paul, ma inizia a non riuscire più a nascondergli la sua "pazzia". JD e Turk, convinti che la causa di tutte le disgrazie che gli stanno capitando sia il cattivo Karma, decidono di confessare al paziente che sono stati loro a colpire la sua macchina, ma scoprono che non è stato colpito dalla loro palla e tirano un sospiro di sollievo. Paul intuisce che Elliot nasconde qualcosa e le chiede spiegazioni, così lei in preda al panico non resiste più e gli espone tutte le sue pazzie, ma Paul reagisce bene. Il Dr. Cox chiede a JD di dare ogni tanto un'occhiata a Jordan e mentre i due sono soli nella stanza, lei gli confida che il figlio che porta in grembo il realtà è di Cox.

JD è indeciso se dire o no al Dr. Cox che il figlio di Jordan è suo e inizia a chiedersi quale sia il motivo per cui lui e lei abbiano divorziato. In ospedale si presenta una paziente con un medico privato di nome Peter che Cox scarica a JD. Elliot, Carla, JD e Turk si divertono con un paziente narcolettico, narcolessia dovuta all'eccitazione sessuale. Elliot lo fa svenire mentre Carla non ci riesce, così da farle dubitare del suo fascino. Intanto il Dr. Kelso parcheggia la macchina sotto il canestro, non permettendo così a Turk di giocare a Basket, che a sua volta per vendetta taglia la spina al videogioco di Pac Man, videogioco di cui Kelso è dipendente. Si viene a sapere che Cox e il medico privato Pet erano amici e quest'ultimo svela a JD i segreti per contrastare le sfuriate di Cox. I 3 si ritrovano in una stanza e da una discussione JD scopre che Jordan tradì Cox con Pet, svelando così il motivo per cui i due si separarono.

In ospedale si presenta una ragazza di nome Jamie che viene a trovare il marito che è in coma ormai da 2 anni, ma questo, dopo alcuni tentennamenti, non impedisce a JD di uscire con lei, nonostante il parere contrario di Carla. Ralphie, il bambino che ingoiò l'anello di matrimonio di Turk, confessa a Carla l'accaduto, mandandola su tutte le furie. Turk le assicura che l'anello è pulitissimo e per dimostrarlo se lo mette in bocca, ingoiandolo accidentalmente. Cox, JD, Turk, Carla ed Elliot si ritrovano nella mensa aziendale a discutere della volontà di JD di uscire con Jamie, e dopo un batti e ribatti, quest'ultimo va su tutte le furie facendogli notare che gli ultimi a poterlo giudicare sono loro, visto che per stupidi motivi non fanno altro che lamentarsi dei loro rapporti sentimentali.

Inizia il tirocinio in chirurgia e JD diventa l'assistente di Turk, ma non riesce ad ambientarsi e viene preso di mira dagli altri chirurghi. Paul, in seguito ad un equivoco, crede che Elliot gli abbia detto "ti amo", così il rapporto subisce una rapida accelerazione da parte dell'infermiere che porta Elliot a distaccarsi. Intanto JD, stufo degli scherzi subiti dai chirurghi, inizia a svelare imbarazzanti segreti su Turk rendendolo lo zimbello del gruppo. Intanto Kelso è impegnato in un convegno e Cox decide di fargli uno scherzo, facendolo credere morto, ma lo scherzo gli sfugge di mano, arrivando addirittura a svuotare il suo ufficio in un attimo. Elliot e Paul discutono della loro relazione fino a quando lei non lo scarica.

JD va al funerale dell'ex marito della donna con cui sta uscendo e, mentre urina in un cespuglio, vede da una finestra l'inserviente che si fa la doccia e nota un melanoma sul pene di quest'ultimo, tumore che poi si rivelerà benigno, nel frattempo è arrivato in ospedale un paziente tedesco che non parla inglese e quindi l'unico tramite è il fratello del paziente che parla sia inglese che tedesco, nascono problemi poiché quest'ultimo non vuole rivelare al fratello le precarie condizioni diagnosticagli. Il Dr. Cox ha dei problemi con la sua ex moglie poiché lui non si vuole occupare del bambino che pensa sia di un altro uomo, nel frattempo Turk ha fatto un sogno erotico con protagonista Elliot, Carla lo viene a scoprire ma non accade quello che pensava, la donna infatti si rivela piuttosto tranquilla riguardo a quella situazione, giustificando il comportamento del fidanzato.

JD si frequenta con la Bella Sposina del Coma, ma hanno dei problemi perché tra di loro sembra non esserci più pepe, svanito l'effetto eccitante della relazione proibita. Durante l'episodio JD cerca in tutti i modi di mantenere la B.S.C. interessata a lui, e riesce alla fine a stabilizzare la propria relazione. Nel frattempo Carla e Turk stanno cercando di organizzare il loro matrimonio e Carla desidera che sia il matrimonio dei suoi sogni, ma all'infermiera arriva la notizia del decesso della madre, per cui decide di volersi sposare il prima possibile. Il matrimonio non verrà celebrato però perché Turk si accorgerà che non è quello che Carla vuole realmente.

Spence (Ryan Reynolds), un amico di JD e Turk, è in visita per il matrimonio di un vecchio compagno di college dei tre. In seguito a un imprevisto il Dr. Cox scopre di essere il padre del bambino di Jordan, sua ex moglie con la quale sta cercando di riallacciare i rapporti, all'inizio ne rimane colpito e deluso ma poi capisce e i due fanno pace. Il Dr. Kelso è arrabbiato con Elliot in seguito a un incidente e la bistratta in continuazione. L'inserviente e JD hanno un battibecco poiché il primo guadagna più dell'altro.Infine JD fa notare a Cox come egli possa essere un ottimo padre, così Cox interviene nella discussione tra Elliot e il Dr.Kelso dando un pugno in pieno volto al primario, augurando una buona giornata a tutti e tornando a casa da Jordan e suo figlio.

Inizia il terzo anno: Elliot continua ad avere problemi di autostima e la vita in ospedale non l'aiuta a migliorare. J.D. deve curare una paziente, la signora Farr, e chiede aiuto a Turk e Carla, ignorando Elliot. La ragazza riesce finalmente a reagire: cambia look e modo di fare, arrivando a imporsi con il radiologo, il quale non voleva collaborare con J.D., Turk e Carla. Dopo il pugno in faccia ricevuto da Cox, Kelso sibila quando respira: questo suono "avverte" il personale dell'ospedale del suo arrivo, il che permette loro di fingere di lavorare. Per ripicca, Kelso manda Cox a fare la visita annuale al penitenziario. Alla fine, Cox riaggiusterà il naso di Kelso.

Elliot ha ritrovato il suo ex, Sean, con cui vuole ricominciare una storia, ma purtroppo la ragazza deve dare ancora precedenza alla vita in ospedale. Lui accetterà di essere messo in secondo piano. Carla trova un barattolo di urina senza etichetta e si farà aiutare dall'Inserviente per identificarlo. Turk e Carla hanno deciso la data delle nozze, così J.D. vuole passare una serata con l'amico, ricordando i vecchi tempi, ma lui porta anche il Todd. J.D. Si offende, ma più avanti Turk, dopo aver parlato con un paziente omosessuale, spiegherà di avere sempre avuto problemi ad aprirsi con gli uomini, anche se con lui, ci riuscirà.

J.D., Turk e Elliot sono alle prese con un gruppo di specializzandi. Elliot cerca di difenderne uno dagli stessi soprusi che il dott. Kelso riservava a lei tre anni prima. Sean capisce che J.D. è ancora innamorato di Elliot, ma non lo considera una vera minaccia e non se la prende. Il dottor Cox ingaggia una battaglia con un pediatra del suo stesso ospedale quando il piccolo Jack contrae il raffreddore.

J.D. ha capito che mentre Cox parla con lui nei corridoi può tranquillamente fare altre cose per qualche secondo perché lui non se ne accorge; Carla sostituisce un infermiere di chirurgia così può passare più tempo con Turk. Quest'ultimo non è molto felice, tra l'altro lo imbarazza mentre lavora così le trova qualcos'altro da fare, lei ci rimane male: in seguito Turk si rende conto che quando fece l'operazione con lei, è stato bravo, così si precipita da lei per chiederle di tornare a lavorare con lui, anche se gli scappa la parola "irritante" mentre fa un esempio che riguarda lei, quest'ultima capisce e se la prende. Tuttavia torna a lavorare con lui, ma la cosa sembra non finire qui. Le cose tra Elliott e Sean non vanno bene perché quest'ultimo capisce che tra lei e J.D. c'è un legame che tra lui ed Elliott non c'è, in più le dice che deve partire, quindi pensano di lasciarsi. Nel frattempo l'inserviente e l'amico "Palla di lardo" si arrovellano il cervello tutto il giorno per risolvere un indovinello di J.D., alla fine vanno da lui con la soluzione ma è sbagliata, scoprono che la soluzione è idiota tanto quanto l'indovinello, all'inserviente questa cosa non va giù, così si vendica distruggendo la bici di J.D. facendogli un indovinello molto simile. Nel frattempo Cox e la moglie assumono una baby sitter e Cox viene promosso "direttore sanitario" grazie alla moglie; nel frattempo J.D. Scopre che Elliott è Sean si stanno lasciando, lei però corre da lui fuori dall'autobus per dirgli che una relazione a distanza può funzionare, ma lui se ne va. Una sera J.D. Vede Elliott dalla finestra che piange, entra in casa sua con dei fiori per dirle che è ancora innamorato di lei, però si scopre che Sean non è partito, è lì con lei e lei stava piangendo dalla gioia perché il ragazzo ha accettato di stare insieme a distanza. J.D. Imbarazzato lascia i fiori e se ne va.

J.D. decide di chiamare il fratello perché vuole distrarsi per via della sua infatuazione non ricambiata di Elliott; ben presto però si rende conto che Dan è ancora fastidioso e non lo sta aiutando per niente, quindi gli consiglia di andarsene. Quasi tutti i lavoratori dell'ospedale fanno un secondo lavoro: Elliott rivela di lavorare anche come veterinaria, Turk al reparto mammografia; Carla però non è contenta di ciò.

J.D. Continua ad essere ossessionato da Elliott e, paradossalmente, si ritrovano a stare parecchio tempo insieme; nel frattempo il fratello di Carla viene a trovarla, in passato Turk lo aveva scambiato per un autista perché bianco e indossava il gilet... Perciò il fratello odia Turk da quel momento, inoltre parla solo spagnolo, quindi può insultarlo quanto vuole: alla fine però si scopre che parla inglese ma Carla non lo sa, quindi una sera lo provoca davanti a Carla, lui reagisce (dicendo qualcosa in inglese, appunto) e gli tira un pugno; nel frattempo J.D. Conosce una ragazza che, inizialmente cerca di evitare perché ancora innamorato di Elliott, ben presto però si accorge che hanno un sacco di cose in comune (come il famoso monologo interiore), J.D. Si decise a chiederle di uscire, anche se alla fine si scopre che lei non è altri che la sorella della moglie di Cox...

Nonostante la shoccante scoperta che la ragazza è la sorella della moglie di Cox, lei e J.D. Finiscono a letto insieme, Cox lo scopre e la prende malissimo, non farà altro che perseguitarlo ancor più di prima; il dottor Kelso si perfora accidentalmente le orecchie con uno stetoscopio, passerà il resto della giornata senza sentire nulla... Quando i colleghi lo scoprono, possono finalmente insultarlo con un sorriso in faccia, cosicché lui li scambi per complimenti; Elliott e Carla diventano sempre più amiche di prima, tuttavia dopo un intervento Elliott la tratta male per via della sua superiorità, Carla ovviamente la prende male ma alla fine si riappacificano; l'inserviente chiede a Kelso di annunciare le novità col microfono, il quale, ancora sordo, causa diversi problemi; per vendicarsi, Cox organizza un appuntamento a 4 con lui, sua moglie, J.D. e la ragazza al Luna Park, sapendo che J.D. Vomita ogni volta che ci va: la ruota panoramica si ferma e si capisce che J.D. vomita sulle scarpe della ragazza... Lei la prende malissimo, la prende ancora peggio quando gli dice che è innamorata e lui cambia subito argomento; nel frattempo J.D. Scopre la "teoria dei 15 secondi", ovvero il tempo esatto in cui Cox si interessa dei suoi pazienti... Cox e J.D. Usano questa tecnica con una nuova paziente, ben presto scoprono però che lei si trova lì perché si è lasciata col fidanzato e ha tentato il suicidio... Lo scoprono un po' tardi ma giusto in tempo per beccarla prima che lasci l'ospedale.

Cox per fare impressione a Turk fa un canestro ma si fa male alla schiena, Carla lo nota e lo mette alla prova facendo cadere il cartellino, Cox ce la fa ma la sera, proprio quando la moglie decide di avere un rapporto sessuale con lui come vuole lui, si fa ancora più male alla schiena, il giorno dopo lui e Carla rifletteranno sul fatto che sanno invecchiando; J.D. Continua a pensare a Elliott, tra l'altro i due fanno a gara a chi avrà per primo il paziente da operare; intorno alla puntata si crea un mistero sull'identità dell'inserviente, si dice sia inglese, si dice che sia tedesco e che il suo vero nome sia Klaus... Addirittura J.D. Lo riconosce nel Fuggitivo.

Elliott fa una visita ginecologica a una paziente facendola godere, Elliott si rende conto che il sesso la imbarazza e i colleghi la prenderanno in giro per tutta la giornata; le cose tra Cox e la moglie non vanno bene ma a fine puntata affideranno il figlio a J.D. E avranno rapporti sessuali, dimenticandosi dei loro problemi per qualche istante; Carla decide di non avere un rapporto sessuale con Turk per i restanti sei mesi prima del loro matrimonio, Turk la prende malissimo; per tutta la puntata si mette in evidenza il fatto che Carla sia una saputella che si fa sempre gli affari degli altri, i colleghi le evidenziano il fatto che è impossibile prenderla in giro per via del suo carattere; alla fine, proprio quando Turk accetta di non avere un rapporto sessuale con lei fino al matrimonio, lei cambia repentinamente idea, facendo felice Turk; Elliott alla fine cerca di superare l'imbarazzo riguardo al sesso; per tutta la puntata J.D. Si rende conto che l'inserviente non sa più come offenderlo, quindi prende di mira Turk.

J.D. Riflette sulla routine ospedaliera, ovvero Kelso che tratta male il suo braccio destro, Turk che discute con Carla avendola vinta lei... Ma quando Cox arriva al lavoro felice, sembra che tutto intorno sembra andare meglio, si crea un'aura di felicità generale; J.D. Nei suoi sogni ad occhi aperti comincia ad essere ossessionato di questo nano che spunta fuori e lo prende a pugni nei testicoli, fino a quando si presenta per davvero in ospedale; Cox comincia a prendere di mira Turk cominciando ad apprezzare J.D.; alla fine della puntata dirà a Carla cosa pensa di Turk, ovvero che è un idiota ma poteva trovare di peggio, Carla apprezzerà questa affermazione; J.D. Comincia a essere ossessionato dalla sua relazione con la ragazza, ha paura che la loro relazione diventi qualcosa di serio; Carla e Elliott provano ad assumere un gigolò per una paziente destinata a morire vergine, ma vengono arrestate. La paziente infine ha un rapporto sessuale con Ted.

Cox ha iniziato a vedersi con uno psicologo e riflette sul fatto che sta diventando più buono; J.D. Continua a pensare a come lasciare la sua ragazza, un giorno glielo sta per dire al telefono ma chiude la comunicazione (almeno, crede di chiudere la comunicazione, infatti a fine puntata si scopre che l'ha lasciata aperta) per interessarsi subito ai problemi di Elliott, la quale teme che la prendano in giro per il suo look. A fine puntata si scopre che quello con cui stava parlando Cox non era uno psicologo, ma non era altri che suo figlio piccolo; a un certo punto la moglie di Cox viene a dire a J,D, che la sua ragazza l'ha lasciato, a quel punto J.D. Improvvisamente si comporta come se gli dispiacesse, vuole sapere a tutti i costi perché lo ha lasciato... A fine puntata si scopre appunto che la comunicazione fu rimasta aperta mentre J,D. Si interessava ai problemi di Elliott, al che la ragazza capisce che J.D. È ancora innamorato di Elliott, così lo lascia definitivamente... J.D. È contento ma finge di essere deluso.

Tutti al Sacro Cuore sono in ansia per l'arrivo del medico e chirurgo Kevin Casey. L'uomo, pur avendo due specializzazioni (medicina e chirurgia), è affetto da disturbi ossessivo-compulsivi. Il dottor Cox affida a J.D. un caso complicato che il giovane non sa curare e per questo Cox lo incoraggia parlandogli del suo punto debole: le malattie dismetaboliche. Negli stessi istanti, il dottor Kelso cerca di far scappare uno stormo di uccelli che si è appollaiato sulla sua macchina. Appena questi si gira, Ted per dispetto butta sull'auto del mangime per uccelli e gli animali ritornano. J.D. sta pensando seriamente di non considerare più il dottor Cox come suo mentore e di sostituirlo con il dottor Casey. Il "superdottore" sembra infatti un uomo tenace che non si fa fermare dalla sua malattia. Il dottor Casey riesce a fare un'operazione chirurgica meglio di qualsiasi altro chirurgo dell'ospedale e anche Turk ne rimane affascinato. Il dottor Cox propone una sfida a Casey: gli specializzandi dovranno sottoporre loro dei quesiti medici e il primo che non saprà rispondere perderà. J.D. approfitta della situazione per fare al dottor Cox una domanda sulle malattie dismetaboliche al quale il medico non sa rispondere. Cox è seccato per aver perso credibilità di fronte agli specializzandi. Casey si lascia scappare una frase su chi segue sempre il dottor Cox come un cane e J.D. ne rimane offeso. Anche Turk è rimasto deluso nel vedere la bravura e rapidità dell'intervento del medico e nel capire di non essere il miglior chirurgo. J.D., Cox e Turk sono arrabbiati con Casey ma, quando lo vanno a trovare per dirglielo in faccia, vedono che la sua patologia gli sta imponendo di lavarsi continuamente le mani dopo un intervento. Questo fa sì che i tre capiscano che i loro problemi di inadeguatezza sono minimi se confrontati con i problemi del "superdottore".

Kelso non riesce a capire da dove provengano gli strani rumori che si sentono continuamente all'interno della struttura ospedaliera. J.D. scopre che l'Inserviente ha costruito un gabinetto sul tetto ed è convinto che l'utilizzo del wc permetta di avere straordinarie rivelazioni. Così l'uomo fa promettere a J.D. di non farne parola con nessuno. Intanto Cox e Carla sono arrabbiati perché Kelso ha chiuso un reparto dell'ospedale per risparmiare. Quando Kelso chiede di trovare un posto letto per il suo giardiniere Ector, i due decidono di trasformare il suo ufficio in una stanza per i degenti. Turk intanto chiede a J.D. di fargli da testimone per il suo matrimonio. Casey nel frattempo cerca con tutte le forze di sedersi sul gabinetto ma non ci riesce a causa dei suoi disturbi ossessivo-compulsivi. Rientrando a casa, J.D. trova un messaggio sulla segreteria: il fratello di Turk conferma di poter partecipare al matrimonio e di poter fare da testimone allo sposo. Il ragazzo rimane quindi molto deluso. La mattina seguente J.D. non sa se chiedere a Turk delle spiegazioni; per chiarirsi le idee va a sedersi sul gabinetto sul tetto e lì capisce che deve parlare all'amico. L'Inserviente però non è felice perché ora tutto il Sacro Cuore conosce il suo gabinetto e tutti fanno la coda per sedercisi sopra. Elliot invece non riesce più a fare un'intubazione ad un paziente e cerca qualcuno che la possa aiutare. J.D. va a parlare con Turk e scopre che quest'ultimo aveva chiesto a suo fratello di fare da testimone solo perché sapeva che non sarebbe potuto venire. Kelso, sfinito dalla presenza di Ector nel suo ufficio, decide di riaprire l'ala dell'ospedale. Tutti sono stati aiutati dal gabinetto, tranne Elliot. Questa va nello spogliatoio e trova un foglio di carta igienica con sopra scritto "Seguimi". Elliot lo segue per tutto l'ospedale fino ad arrivare al gabinetto sul tetto dove trova una foto di Casey che ha fatto diventare realtà il suo sogno di sedersi sul gabinetto. Elliot decide a sua volta di sedersi e proprio in quegli istanti trova il coraggio che aveva perso. Va infatti da un paziente e riesce ad intubarlo. Purtroppo scopre anche che Casey è stato richiamato dal suo vecchio ospedale e che non lo rivedrà più.

Jack, il figlio di Cox, sta per compiere un anno e, per celebrare il suo primo compleanno, Jordan invita tutta la sua famiglia, compreso Ben, suo fratello malato di leucemia e migliore amico di Cox che negli ultimi due anni ha saltato i controlli sulla sua malattia. I due infatti stanno tutto il giorno a parlare. Turk intanto è arrabbiato con Carla perché quest'ultima non vuole prendere il suo cognome dopo il matrimonio. Elliot invece ha un problema al piede e vorrebbe sottoporsi ad un'operazione chirurgica. Carla per sbaglio dice a Turk di odiare il suo neo sotto il naso ed entrambi fanno un patto: se Turk si farà rimuovere il neo, Carla prenderà il cognome del marito. Turk comunque non vuole sottoporsi all'intervento ma alla fine cede alla volontà di Carla. Quest'ultima per tutto il tempo ha parlato a Kelso di questa situazione malgrado quest'ultimo ribadisse di non volerla ascoltare. In un inatteso momento di empatia e dolcezza, Kelso le fa capire che anche il più insopportabile difetto della persona che ama potrebbe mancarle terribilmente nel momento in cui venisse a mancare. Carla si rende conto di non volere che suo marito si faccia togliere il neo e poco dopo gli dà un bacio proprio su di esso, per fargli capire che non le dà più fastidio. Al suo posto si fa operare Elliot al piede. È pomeriggio e sembra che Cox stia andando al compleanno del figlio, quando J.D. lo fa ragionare e questi capisce di non essere al compleanno ma al funerale di Ben, in realtà morto poco dopo averlo visto quella mattina (Cox ha parlato tutto il tempo da solo immaginando che lui fosse ancora vivo). Tutto il Sacro Cuore è presente al funerale.

Il dottor Cox non riesce a superare la morte di Ben, mentre Jordan sembra aver trovato il modo di accettare la situazione. Questa ha chiamato a casa sua 2 sue amiche che Cox odia profondamente. Kelso intanto, all'ospedale, ha deciso di far tenere a Carla un convegno contro le molestie sessuali. Ci dovrà andare solo chi riceverà più di 3 lamentele da qualcuno. Todd ne riceve 37 ed è il primo ad andare al convegno. Subito dopo arriva anche Kelso che ne ha ricevute 5. Così Carla, ogni pomeriggio, deve tenere lezioni a Kelso e Todd. J.D. intanto è andato dalle due amiche di Jordan per dir loro che se non se ne vanno Cox si sentirà sempre più male. Le due infatti se ne vanno, ma offese e Cox ben presto lo scopre. Il mattino dopo incontra J.D. e dopo avergli fatto capire di non dover intromettersi nella sua vita, scopre di aver ricevuto anche lui 4 lamentele per molestie da J.D. per aver usato con lui nomignoli femminili. Così è anch'esso costretto ad andare alle lezioni di Carla. In una di queste capisce però che le amiche di Jordan non erano lì per nulla, ma aiutavano proprio la loro amica a superare il dolore della morte del fratello. Cox va quindi dalla sua ex moglie per essere la sua spalla su cui piangere e consolarsi a vicenda per il lutto.

L'episodio mostra la stessa giornata ma vissuta in due modi differenti, ovvero se una farfalla si fosse posata su una donna o su un uomo. In ognuno dei due casi ci saranno una serie di reazioni a catena che porterà i due esiti della giornata in modo opposto. Nel primo caso Turk cerca freneticamente la sua bandana portafortuna per operare un paziente, ma non riesce a trovarla. Elliot non trova il cagnolino di pezza perso da una sua paziente (una bambina di 10 anni) in ospedale. J.D. fa per un giorno da padrone a Cox e riesce a guarire una paziente. Nel secondo caso Turk riesce a trovare la sua bandana. Elliot, grazie a Carla e all'Inserviente, riesce a trovare il cagnolino di pezza perso e Cox rimane il primario di J.D. Alla fine della giornata tutto è cambiato, ma il paziente di J.D. muore in entrambi i casi. Alla fine J.D. capisce che non occorrono oggetti per credere in noi stessi, ma solo coraggio.

L'inserviente decide di convincere J.D. e Turk che per l'ospedale si aggiri suo fratello gemello baffuto e adotterà molti stratagemmi per continuare lo scherzo, malgrado J.D. e Turk non ci caschino neanche per un secondo. Elliott per tutta la puntata stipulerà una sfida col dottor Cox, una sfida "della ragione", visto che c'è un paziente che, secondo il dottor Cox, si finge malato solo perché è un tossico che cerca la dose. Elliott infatti è convinta che stia davvero male e per tutta la puntata cercherà di dimostrare a Cox che ha ragione, ma alla fine scoprirà che il paziente era davvero un tossicodipendente a caccia di antidolorifici. Turk e Carla stanno affrontando il periodo pre-matrimonio e stanno iniziando a riflettere su quello che non potranno più fare da sposati: Turk non potrà mai più fissare il sedere di una bella ragazza e Carla non potrà mai più uscire con qualcuno che le piace. In ospedale si ripresenta una vecchia conoscenza di Carla, di cui lei era innamorata e la invita a cena. Carla accetta perché vuole dimostrare a se stessa di aver superato quel sentimento e J.D., preoccupato per Turk, non sa se dirglielo o no, perciò cerca di cambiare discorso ogni volta che incontra l'amico. Carla all'appuntamento non prova nessuna emozione e rinnova la convinzione di amare solo Turk, concedendogli infine di guardare il sedere di una bella ragazza senza ingelosirsi.

In ospedale arriva il nuovo primario di chirurgia, una donna sexy che fa impazzire tutti, che cercano di impressionarla. Turk, per fare colpo su di lei, si distrae e accidentalmente buca un'arteria di un paziente, poco dopo si scoprirà che la carriera da pianista del paziente è rovinata per sempre per colpa di Turk, visto che l'arteria coinvolgeva il braccio destro, inizialmente Turk non glielo dirà ma a fine puntata, spronato da Carla, confesserà tutto. Turk nel frattempo deve spedire gli inviti al matrimonio, inizialmente non lo fa e per tutta la giornata avrà costantemente la voce pensiero e i sogni ad occhi aperti come J.D., ma dopo aver confessato al giovane il suo errore spedisce gli inviti. J.D. sostituisce Elliott per fare il pagliaccio con i bambini di un reparto, poco dopo si unirà anche l'inserviente, la cosa non gli farà piacere. Elliott nel frattempo ha problemi con Sean per la solita storia d'amore a distanza. La paziente della giovane è una donna molto avvenente e sposata con un uomo decisamente poco affascinante e goffo, così Elliot le domanda come mai abbia scelto un uomo del genere. Quest'ultima rivela che suo marito, malgrado sia brutto e un po' imbranato, sia sempre stato lì nel momento del bisogno e che questa è la cosa più importante in una storia d'amore. Così a fine puntata Elliott farà l'amore con J.D. perché ha capito che lui è sempre presente per lei. Sean si presenta poco dopo a casa loro ed Elliot, come se niente fosse, torna da lui, ferendo molto J.D.

J.D. è molto ferito per il fatto che Elliot si sia rimessa con Sean un attimo dopo aver fatto l'amore con lui come nulla fosse. Carla e Turk nel frattempo sono sempre più innamorati e iniziano a fare tutto insieme, iniziando a consigliare J.D. sul da farsi. L'inserviente ha dei problemi con la porta di servizio visto che ogni mattina la trova sfondata, questa cosa lo spinge a chiedere di farsi cambiare lavoro come guardia della sicurezza e Kelso glielo concede, così attua uno stratagemma per scoprire che esce dal retro ogni sera facendo scattare l'allarme. Il responsabile è proprio Kelso, che lo fa per arrivare prima a casa e gli dice che se proverà ad impedirglielo gli toglierà il posto. L'inserviente, però, la volta seguente glielo impedirà "placcandolo". J.D. la stessa mattina incontra la sua ex Danni e, per vendicarsi di Elliott, si rimetterà con lei. Danni, però, rivela che la prima volta che stavano insieme si fingeva buona per piacergli, ma che in realtà è una ragazza molto scapestrata e disinibita, cosa che spinge J.D. a non sopportarla. In realtà Danni pensa la stessa cosa di lui e comprendono conto che preferiscono stare con una persona che li odi anziché stare da soli. Sean chiede a J.D. se tra lui ed Elliot sia successo qualcosa in sua assenza e J.D. nega, venendo ringraziato da Elliot.

J.D. e Danni si lasciano senza alcun rimpianto. J.D. continua a soffrire perché è innamorato di Elliot e decide di parlarne proprio con Danni perché, malgrado non si sopportino, lei è sempre stata in grado di capirlo. La ragazza gli dice che lui vuole sempre e solo ciò che non può avere e che Elliot non fa eccezione. Carla inizia a essere preoccupatissima perché il giorno del matrimonio si avvicina e Turk le consiglia di eliminare qualche invitato ma ciò gli si rivolterà contro. Sean e Elliot decidono di andare a vivere insieme, ma quando J.D. le rivela i suoi sentimenti lei decide di lasciare il ragazzo per stare con l'amico. J.D. però capisce che Danni aveva ragione.

J.D. pensa di non amare davvero Elliot e chiede consiglio a Danni. Manca un solo giorno al matrimonio e Marco, il fratello di Carla, arriva in città. Turk e il futuro cognato non hanno un buon rapporto, ma nonostante ciò Marco si offre di scrivergli le promesse di matrimonio come vorrebbe Carla. Jordan decide di non litigare più con Cox per non influenzare negativamente il figlio Jack, ma il dottore sopporta la situazione e cerca di scaricare la sua irritabilità su altri. J.D. si rende conto che Elliot è perfetta per lui, ma che nonostante ciò non lo ama e questo lo fa impazzire. Cox, dopo molte provocazioni, spinge Jordan a tornare a litigare perché le liti sono comunque un aspetto passionale del loro rapporto, ma stabiliscono entrambi di evitarle in presenza del loro bambino. Alla cena della vigilia delle nozze, Turk legge a Carla la promessa di matrimonio, ma tutti capiscono che è stata copiata da Harry, ti presento Sally..., il film preferito di Marco. Carla si arrabbia con Turk che, parlando con J.D., trova le parole giuste per esprimere il suo amore per la moglie e così parla a Carla col cuore, rendendola felice. Subito dopo J.D. dice ad Elliot che non la ama e quest'ultima, dopo un primo momento di sbigottimento, lo colpisce buttandolo a terra per la rabbia.

Il giorno del matrimonio di Turk e Carla è finalmente arrivato, ma molte sono le cose che sembrano destinate ad andare male. Elliot è furiosa con J.D.per averle spezzato il cuore, ormai gli rivolge la parola solo per insultarlo. Turk decide di lavorare la mattina e di presentarsi alla cerimonia appena in tempo in modo da accumulare due giorni in più per la luna di miele, ma durante l'intervento sorgono delle complicazioni (non gravi) che lo obbligano a tardare e, una volta arrivato, si accorge di aver sbagliato chiesa e la cerimonia va a monte. Carla è furibonda, ma alla fine lo perdonerà e riusciranno a sposarsi grazie a un prete ricoverato al Sacro Cuore. Nel frattempo J.D., nella speranza di convincere Elliot a tornare amici, va da Sean, trovandolo disperato dal dolore, e lo convince a presentarsi dalla sua ex al matrimonio. J.D. è convinto così di aver risolto il problema, ma Elliot gli dice che non ha intenzione di rimettersi con Sean, perché se lo avesse davvero amato non lo avrebbe lasciato per lui. Sean riesce comunque a consolarsi con una botta e via con Danni, mentre Elliot dice a J.D. che non può fare niente per farsi perdonare.

Due settimane dopo il matrimonio di Turk e Carla, i rapporti tra J.D. ed Elliot non sono dei migliori e per entrambi è l'ultima settimana come assistenti. Inoltre al Sacro Cuore è arrivata l'attraente quanto distratta nuova psicologa, Molly Clock (Heather Graham), che diventerà, dopo qualche difficoltà, molto amica con Elliot. Dopo l'esplosione dell'auto Malik, Turk compra 3 scooter: uno verde per sé, uno rosa per Carla e uno blu per J.D. ma Carla non soddisfatta convincerà poi Turk ad acquistare una Mini Cooper Cabrio anche se J.D. terrà comunque il suo scooter a cui darà nome Sasha.

Sia J.D. che Elliot sono candidati per diventare supervisore e lo diventeranno entrambi venendo però costretti a dividersi un unico ufficio. Nel frattempo il figlio di un benefattore dell'ospedale viene ricoverato a causa di una lampadina nel retto e il suo caso passa di medico in medico senza però trovare una soluzione concreta. Solo grazie all'aiuto dell'inserviente, il Dr. Cox e Turk riescono a trovare il rimedio migliore, di cui si prenderà però i meriti il Dr. Kelso.

Il Dr. Cox e Jordan vengono a sapere da Ted che il loro divorzio non è valido perché hanno firmato dei documenti sbagliati. Intanto J.D. passa il tempo a regalare soldi (per dimostrare che come supervisore guadagna di più) e con il suo nuovo gioco, ovvero "insassare" le persone. L'inserviente però vuole precisare che il dottor Dorian è solo il co-supervisore e ben presto la voce si sparge per tutto l'ospedale.

J.D. chiede al Dr. Cox di fare un discorso di incoraggiamento ai suoi specializzandi, ma in realtà li terrorizza dicendo loro che ben presto uccideranno qualcuno dei propri pazienti. J.D. impressionato da questo evita in tutti modi di prestare cure ai suoi pazienti per evitare così di ucciderli accidentalmente. Intanto Elliot cerca di ottenere il permesso per installare una valvola cardiaca ad un suo paziente tossicodipendente, mentre Carla per fare una sorpresa a Turk porta il cane impagliato Rowdy a lavare, ma lo perde riportandolo a casa. L'aiuterà l'Inserviente sostituendo Rowdy con Steven, pressoché identico. Alla fine della giornata J.D. viene richiamato da Cox che gli spiega che l'aver paura di uccidere qualcuno è normale ma che non bisogna dargli troppo peso. Grazie all'incoraggiamento ritorna a curare i pazienti come ha sempre fatto. Elliot ha ottenuto dalla commissione sanitaria il permesso per impiantare la valvola al suo paziente, a patto che questo venga 3 volte a settimana all'ospedale per disintossicarsi dalla droga. Questo però dopo una settimana non si fa più vivo ed Elliot capisce che non verrà mai.

J.D. e Turk hanno un nuovo passatempo: registrare i loro pensieri con un registratore tascabile. Elliot invece trova in Molly un esempio da seguire e decide di affrontare il Dr. Cox pagandone però le conseguenze.

Alla porta di J.D. bussa il fratello Dan con in mano una torta: loro padre è morto. Dopo il funerale, Dan decide di rimanere vicino a J.D. anche se in realtà è proprio lui ad avere bisogno di una mano. Al Sacro Cuore l'inserviente cerca di convincere il Dr. Kelso ad averlo autorizzato a noleggiare una gru. Il Dr. Cox cerca di evitare J.D. ad ogni costo ma prende in custodia tutti i suoi pazienti. Turk invece continua ad accusare strani sintomi e su consiglio di Molly fa una visita di controllo: si scopre così che Turk è affetto da diabete, cosa che cerca di tenere nascosta a Carla.

Dopo tre settimane dalla morte del padre Dan è ancora in città e comincia a frequentarsi con Elliot e J.D. non è molto contento di ciò. Il Dr. Cox vuole far capire alla dottoressa Clock che non tutti sono buoni. Carla rifiuta il posto di supervisore amministrativo offertole da Kelso per stare vicino al marito, però Turk in cambio di una seconda possibilità per la moglie si offre per disinfestare la soffitta di Kelso da un pipistrello. Nonostante questo Carla rifiuta una seconda volta il posto. Cox e Kelso si alleano per cercare di far capire a Molly che il mondo non è sempre fatto di gentilezze e amore, ma alla fine i due non ci riescono e vanno a scusarsi con la stessa Molly per i loro scherzi demoralizzanti. Questa però aveva già capito tutto e va al matrimonio di sua madre, cosa che non poteva fare, dato che Kelso glielo aveva proibito. Cox e Kelso si accorgono quindi di essere stati colpiti anche loro dalla gentilezza e per questo se ne vanno arrabbiati.

La dottoressa Molly Clock deve trasferirsi a Milwaukee e Elliot decide di organizzare una festa d'addio alla fine della quale J.D. e Molly si baciano. Il Dr. Cox è l'unico dell'ospedale a non aver fatto le 24 ore di volontariato e decide di rimediare facendo due turni in ambulanza come paramedico in compagnia della logorroica Denise Lemmon. J.D. ha solo un'occasione per far sesso con Molly prima che parta per sempre, ma l'unico modo è avere l'approvazione di Elliot. Dopo un piccolo incidente con lo scooter Sasha, l'inserviente si offre di accompagnare J.D. a casa di Molly, ma in realtà lo abbandona in mezzo al deserto. Arrivano in soccorso Turk e Carla che dopo un litigio lascia il marito in compagnia del migliore amico. Entrambi si mettono a correre verso la meta tanto ambita da J.D. ma una volta arrivati scoprono che sul foglietto di approvazione scritto da Elliot c'è scritto "Ora siamo pari", e Molly, dopo averlo letto, parte col suo taxi.

Al Sacro Cuore tutti sono in tensione per l'arrivo dell'ispettrice sanitaria e avvocato Neena Broderick, che ogni anno mette sempre più in difficoltà i medici nel lavorare. Elliot si accorge che Doug è così sbadato che se lo vedesse Neena questa lo farebbe licenziare. Elliot lo porta quindi in obitorio per nasconderlo e lì Doug le chiede se crede che lui possa mai diventare un bravo medico. Elliot però non sa cosa rispondere, se dire la verità, ovvero che non lo sarà mai, o dire una bugia. J.D. e il Dr. Cox intanto si occupano di un paziente che è anche il padre di Neena e J.D. finisce per innamorarsi dell'avvocatessa. Turk nel frattempo si deve occupare di uno dei pazienti che si sono più rivisti nella serie: Harvey Corman, ipocondriaco. Questo arriva in ospedale per fare delle analisi di routine, ma accusa Turk di non essere stato gentile con lui. Alla fine il padre di Neena viene salvato grazie ad un'operazione e Doug riesce a trovare il posto adatto per lui: l'obitorio. Sembra infatti che riesca a trovare facilmente le cause di un decesso. J.D. è arrivato a casa e Neena lo chiama dicendogli se volesse venire in camera da letto e nello stesso momento parte la segreteria telefonica del telefono, è Turk che dice che Harvey lo ha denunciato e che sarà Neena il suo avvocato difensore e chiede se lui potesse venire a consolarlo. J.D. non sapendo scegliere se andare da Neena o risponderà a Turk, decide di cancellare il messaggio di segreteria e di andare dalla sua nuova fidanzata.

J.D. e Neena ora sono fidanzati e Turk non è felice della cosa, dato che Neena è l'avvocato che ha assunto un suo paziente per farlo licenziare. Turk dice quindi a J.D. che deve lasciare Neena e J.D. pensa tutto il giorno sul modo in cui farlo. Intanto in ospedale è arrivato uno dei più ricchi uomini del paese, il signor Summers, che vuole fare una donazione consistente all'ospedale. Il suo medico curante è Elliot e quando va a visitarlo questo vuole vedere il suo medico, credendo che Elliot sia solo un'infermiera. Questa allora per continuare a visitarlo senza intoppi chiede all'Inserviente se può impersonare il Dr. Elliot Reid davanti a Summers. Nel frattempo J.D., Neena, Turk, Carla, Kelso e Ted sono in sala congresso per la sentenza giudiziaria. Ted sviene dalla tensione e Carla scopre che l'unico motivo per cui il signor Corman ha denunciato Turk è per fare quattro chiacchiere con qualcuno. Carla quindi spaventa Harvey e questo ritira la denuncia. Jordan intanto è tornata in ospedale e J.D. le chiede se può lasciare Neena al posto suo. Jordan spaventa Neena al punto che questa se ne va dall'ospedale. Alla fine Elliot dice a Summers che era lei il vero dr. Reid davanti al Dr. Cox, per fargli capire che non è più la giovane insicura di un tempo.

In ospedale arriva un cantante bisognoso di un rene e l'unico a poterglielo fornire è il figlio. J.D. si diverte con il suo nuovo libretto per gli appunti che ha per copertina un unicorno. J.D. va a trovare il figlio del cantante per spiegargli le condizioni del padre e riesce a trovarlo, ora conduce un eliporto abbandonato e si chiama Murray. J.D. lo porta all'ospedale lì si scopre che i due sono compatibili, ma che in realtà Gregory, il padre, non è il padre biologico di Murray. Gregory lo ha sempre saputo e non lo ha mai detto a Murray per non fargli sapere che il reale padre era un delinquente drogato. Murray, per questa bugia, non vuole più donare il suo rene. Ma alla fine capisce che il vero padre è chi ti cresce e quindi fa l'operazione per il trapianto.

Durante un pranzo, J.D. chiede a tutto lo staff del Sacro Cuore di dire il loro momento migliore che abbiano mai vissuto. Tutti se ne vanno per non voler dirlo. Pian piano vengono fatti vedere tutti i momenti migliori di ognuno e si capisce che sono tutte cose banali e senza una vera importanza. All'ospedale arriva un uomo con il figlio di 10 anni. L'uomo sta bene e J.D. gli promette che uscirà di lì entro Natale, ovvero entro 2 giorni. Il Dr. Cox gli fa subito capire che non può fare promesse, e infatti l'uomo sviene e va in arresto cardiaco. Il figlio viene portato in giro per l'ospedale da Elliot. Turk intanto è sotto pressione perché in questi periodi le famiglie dei pazienti possono assistere alle operazioni chirurgiche e Turk non sopporta di essere fissato. Come se non bastasse, l'uomo in cura da J.D. non ha l'assicurazione sanitaria e Kelso dice che appena si sarà stabilizzato lo dovranno lasciare fuori dall'ospedale. Nessuno capisce ancora cos'abbia il signor Milligan, il paziente di J.D. Quest'ultimo allora ripassa tutti i libri e scopre la cura senza bisogno di nessuno e cura il paziente. Cox rimane positivamente impressionato da questo. Il ragazzo intanto ha incontrato Kelso e i due si sono messi a chiacchierare, tanto che lo stesso Kelso lo ha preso in simpatia e ha deciso di pagare lui stesso l'assicurazione al padre. Alla fine arriva Natale e Milligan e il figlio escono dall'ospedale, in modo che J.D. mantenga la promessa. Inoltre ogni persona dello staff ora ha cambiato il suo momento migliore. Tutti hanno aiutato il signor Milligan e tutti sono felici di averlo fatto. Ogni loro momento migliore nuovo è quindi collegato a lui. Di J.D. quello di averlo curato da solo e di aver mantenuto una promessa, di Cox quello di aver visto J.D. farlo senza aiuto, di Kelso quello di aver aiutato un bisognoso, per Carla è essere stata ascoltata in un parere medico dagli altri, per Turk di aver operato Milligan e per Elliot quello di aver aiutato il ragazzo a superare lo stress.

J.D. in ospedale viene soprannominato "Il re delle diagnosi", perché le diagnosi sono il suo punto forte. Mentre Elliot viene definita "La regina delle emergenze", dato che le emergenze e le decisioni veloci sono il suo forte. Ma quando Elliot comincia a diventare brava quanto J.D. nelle diagnosi, questo prova in tutti i modi a rialzare la sua immagine. Nel frattempo Turk fa scommettere tutti (Carla, Laverne, J.D., Elliot e altri) sul suo diabete e su quanto sia alto. Ma quando in sala operatoria amputa un piede ad un uomo e chiede come mai ha dovuto farlo, scopre che l'uomo aveva il diabete. Da questo momento Turk prende la sua malattia sul serio e proibisce agli altri di scommetterci. Alla fine Elliot si dimostra brava quanto J.D. a trovare diagnosi, anche le più rare, e J.D. si dimostra bravo quanto Elliot nelle emergenze, dato che ha capito il metodo migliore per poterle fare.

In ospedale arrivano due irlandesi, uno dei due ferito e svenuto e il secondo sostiene di essere il fratello (interpretato dalla guest star Colin Farrell) Billy. Questo riesce ben presto a farsi amare da tutte le donne dall'ospedale grazie alla sua simpatia e al suo fascino, e in una conversazione con J.D. e Turk gli consiglia di godersi la vita, viaggiare, parlare a sconosciuti. Intanto Elliot e Carla finiscono per litigare perché entrambe inventano una scusa per evitare una serata da passare insieme, mentre il Dr.Cox si sottopone a una vasectomia senza dirlo a Jordan, che verrà messa al corrente da Kelso, ma non ne darà peso. Billy confessa che in realtà il paziente di Turk e J.D. non è suo fratello, ma l'uomo che egli ha colpito nella rissa la sera precedente. Turk e J.D. non sanno se denunciare il fatto, ma alla fine decidono di farlo. La polizia arriva al Sacro Cuore e arresta Billy. Ma il giorno dopo, ugualmente, Billy torna in ospedale per stare vicino all'uomo da lui colpito. Quando però il paziente si risveglia, Billy va via e dice a J.D. e Turk che non serba rancore, ma che comunque anziché chiamare la polizia sarebbero dovuti andare a parlare direttamente con lui. Elliot e Carla finiranno per fare pace, e Cox, che aveva subito la ripicca di Jordan che aveva iscritto Jack a danza, finirà prima per "ripristinare" tutto e poi per ri-sottoporsi alla vasectomia dopo aver chiarito i problemi con Jordan. Tutta la puntata è arricchita da Jerry, un paziente sofferente di una sindrome per la quale si crede un morto che cammina.

Ad un bar J.D. incontra Kylie, una barista. Lui ne rimane subito innamorato. Il giorno dopo Kylie si presenta all'ospedale con il fidanzato e J.D. scopre che questo ha la gonorrea ma l'uomo non vuole dirlo a Kylie e J.D. vorrebbe invece dirglielo, in modo che la ragazza non contragga la malattia, ma ciò violerebbe il segreto professionale e il Giuramento di Ippocrate. Quindi J.D. è costretto a tacere. Nel frattempo Cox è di turno anche di notte all'ospedale e la stessa sera c'è una partita di basket tra Lakers contro Heat e dice a tutti i lavoratori che chiunque dirà qualcosa sulla partita verrà punito dal lui stesso. L'Inserviente decide allora di fargliela pagare per le offese subite da Cox e quindi scrive il conteggio finale e prima di mostrarlo a Cox gli dice tutto. Cox, pur di non sapere il punteggio, baratta con 3 cene e il permesso di usare la sua poltrona massaggiante il silenzio dell'inserviente. Cox chiede allora a Kelso di registrare la partita e di vederla più avanti e Kelso accetta. Alla fine Cox mette la videocassetta con la partita registrata nel televisore ma ancora prima che la partita cominci appare un video dove Kelso rivela il punteggio finale della partita, tutto questo per vendicarsi di uno scherzo fatto da Cox ai danni di Kelso in precedenza. Nel frattempo Kylie ha scoperto la malattia del suo fidanzato e per questo lo lascia e J.D. e lei si fidanzano.

J.D. esce con Kylie di sera e per sbaglio investe un vagabondo ferendogli la mano. J.D. è quindi costretto a portarlo all'ospedale per farlo medicare, lì controlla un suo paziente e i sintomi sembrano indicare che abbia la SARS, una malattia contagiosa. Tutto il reparto viene bloccato e messo in quarantena con all'interno J.D., Kylie, il vagabondo, Elliot, Cox, Kelso, l'Inserviente, la sorella di Jordan, Turk, Carla, Laverne, il Todd, Ted e Doug. E durante questa lunga notte si sviluppano le storie dei personaggi a due a due: Kelso e l'Inserviente. L'inserviente riesce a tirare un pezzo di cotone dentro ad un barattolo. Kelso lo sfida a rifarlo, giocando a soldi (lascia o raddoppia, se uno lascia paga ma ad ogni tiro sbagliato i soldi raddoppiano). L'inserviente accetta ma continua a perdere, fino ad arrivare alla quota di 700 $ da dare a Kelso. Turk e Cox. I due si parlano e si confrontano con le loro paure e le loro difficoltà. Doug e Ted. I due passano tutto il tempo a picchiarsi per una storia d'amore con la sorella di Jordan nata l'anno precedente. J.D. e Kylie. J.D. paga il vagabondo per imitare un infarto e far vedere a Kylie quanto è bravo a fare il medico. Laverne inoltre ha preso una torta per il suo compleanno e Kelso gli e la ruba per la fama. Alla fine al paziente viene diagnosticata un'altra malattia che non è contagiosa e la quarantena viene indetta. L'Inserviente prova un ultimo tiro con il rischio di arrivare a dare 8000 $ a Kelso, ma fortunatamente fa centro e se ne va soddisfatto. Alla fine J.D. confida a Kylie il suo inganno con il vagabondo e questa lo perdona. Tutti i personaggi se ne vanno dal reparto dopo quasi 12 ore di quarantena.

La televisione dice che un'epidemia di Escherichia coli è tornata e che tutte le persone che hanno mangiato molta carne possono essere contagiate. Il Sacro Cuore è quindi letteralmente invaso da centinaia di persone che vogliono controllare se sono malate. Tra queste J.D. scopre che c'è uno sceneggiatore televisivo della serie Cheers, la sua serie tv preferita, e decide di portarlo in ambulatorio per mostrarlo a Turk. I due infatti sono felicissimi. Nel frattempo Kelso sfida Cox a far quadrare i bilanci dell'ospedale, in quanto Kelso propone di licenziare qualcuno e Cox si oppone. Cox quindi passa tutta la giornata a controllare i guadagni. J.D. intanto sogna come potrebbe essere la sua vita se fosse una sit-com. In questa serie televisiva, anche se ambientata in ospedale, è possibile fare tutto. Tanto che viene indetto un concorso con un premio in soldi che farà quadrare il bilancio ospedaliero. Kenny (Clay Aiken), un giovane ragazzo appena assunto, riesce a vincere il concorso e quindi riesce a far sì che nessuno venga licenziato. Sempre nella serie immaginaria, lo sceneggiatore di Cheers non ha niente e torna a casa. Nella realtà invece succede l'opposto. Cox scopre che per far quadrare il bilancio deve licenziare Kenny e lo fa. Mentre allo sceneggiatore viene diagnosticato un tumore ai polmoni. A quest'ultimo viene però un attacco cardiaco ed Elliot prova a rianimarlo, ma senza successo e l'uomo muore.

Carla e Turk mandano via di casa J.D. perché vogliono avere un po' di spazio tutto per loro. J.D. comincia quindi a chiedere a tutti un posto per dormire; dormirà con Ted, con il Todd e solo alla fine chiede a Kylie se lo può ospitare. Questa però è ancora titubante e decide di non farlo dormire a casa sua. Intanto al Sacro Cuore è arrivato un caro amico d'infanzia di Cox con suo figlio Nathan. Cox fa di tutto per far sembrare intelligente e bravo suo figlio Jack, ma non ci riesce. Nathan invece, anche se ha appena 1 anno, fa delle costruzioni di Lego grandi, belle e dai colori compatti. Cox comincia a sospettare quindi che sia autistico, ne ha la conferma quando neppure chiamando il bambino questo si gira e dal fatto che non guarda mai nessuno negli occhi. Turk e Carla nel frattempo si sono resi conto che senza J.D. sono tristi e per questo lo richiamano a casa loro. Quindi, capiscono che la loro relazione non è così salda come credevano. Alla fine Cox spiega al suo amico dei problemi di Nathan e l'uomo porta il figlio in cura da un dottore del Sacro Cuore.

All'ospedale si ripresenta la Dr.essa Molly Clock, anche se per un solo paziente. Carla è arrabbiata con Turk perché questo si risente con una sua ex-fidanzata per telefono tutti i giorni. Intanto l'Inserviente scommette contro Cox che riuscirà ad ottenere un appuntamento con Elliot, il furgone dell'Inserviente per la Porsche di Cox. L'Inserviente spiega subito ad Elliot la scommessa e i due si presentano davanti al Dr. Cox come se fossero due fidanzati. Cox quindi dà le chiavi della sua Porsche all'Inserviente, ma quest'ultimo escogita un piano per ottenere un vero appuntamento con Elliot: le dice infatti che Cox non gli ha dato le chiavi della sua macchina perché vuole vederli uscire insieme fuori dall'ospedale, cosa non vera. È sera e J.D. è al bar insieme a Molly, J.D. deve decidere se baciare Molly, ma decide di non rompere il fidanzamento con Kylie e torna a casa dalla sua fidanzata, lasciandosi però sfuggire alcune parole di troppo sul suo appuntamento al bar. Kylie, credendo di essere stata tradita, caccia via J.D., che torna a casa affranto. Elliot e l'Inserviente intanto passano una cena in un ristorante nell'attesa falsa che arrivi Cox a guardarli. Carla nel frattempo dice a Turk quanto sia importante per lei che lui e la sua ex non si sentano più, e Turk afferma che non si sentiranno mai più perché le ha detto che era sposato. Carla tuttavia è ancora più arrabbiata, perché ha scoperto che Turk aveva mentito alla sua ex. Passa la notte e sorge il mattino. Cox dice all'Inserviente di avergli dato le chiavi dell'auto già il giorno precedente ed Elliot capisce che era una bugia quella dell'appuntamento con Cox. Elliot si arrabbia, ma dura poco perché l'Inserviente le rivela che lei è l'unica di tutto l'ospedale a trattarlo come una persona normale anziché con superiorità e che fingere anche solo per una volta di stare con lei lo ha fatto sentire bene. Elliot comprende le sue ragioni e lo perdona immediatamente, così i due si separano in amicizia. Il Dr. Cox, che prende le chiavi del furgone dell'Inserviente, piazza alcune cariche esplosive all'interno di questo e lo fa partire a tutta velocità contro il muro dell'ospedale. Il furgone si schianta e dopo un attimo esplode; Cox è felicissimo per la vendetta, mentre l'Inserviente e il suo "Club dei Cervelloni" se ne vanno rattristati.

Turk e Carla sono in crisi con il loro matrimonio e vanno ogni settimana da uno psicologo per capire e affrontare i loro problemi. Kelso fa notare a Cox che con i pazienti è troppo duro e che prende in giro tutti, facendo arrivare così svariate lamentele all'ospedale. Cox sfida allora Kelso a prendere in cura un paziente, cosa che Kelso non fa mai, e vedere se riuscirà a rimanere calmo con esso. Kelso prende in cura la prima paziente che trova, una ventenne obesa che vuole fare un'operazione chirurgica rischiosa per diminuire di peso. Questa, usando un cellulare e internet, scopre tutte le informazioni su Kelso. Quest'ultimo cerca comunque di convincerla a non sottoporsi all'intervento ma seguire una dieta prescritta dal dietologo dell'ospedale. La giovane rifiuta. Arriva al punto da chiudersi all'interno della stanza e non far entrare nemmeno i dottori. J.D. ed Elliot provano a tirare su il morale rispettivamente di Turk e Carla andando al bar, andando al luna park o mangiando torte. Elliot e Carla vanno al cimitero della città per vedere la tomba della madre di Carla ed Elliot cade all'interno di una tomba vuota alta 2 metri. Il becchino non c'è e nessuno riesce a tirarla su, quindi rimane lì per tutta la notte. Carla e Turk dovevano vedersi la mattina per parlare, ma Turk non si presenta e rivela a J.D. di essere stanco delle difficoltà che deve affrontare per far funzionare il matrimonio, che invece dovrebbe essere semplice. Kelso parla con Cox, rammaricandosi dei tempi passati, quando era rispettato e benvoluti da tutti solo per la propria professione, tanto da fare conquiste facilmente, da non pagare multe e neanche il barbiere. Alla fine Kelso riesce ad entrare nella camera della paziente a farle cambiare idea dicendole che lei vuole farsi operare perché ha paura di fallire nel caso dovesse provare la dieta, per poi spiegarle che la vita fa paura e che non esistono rimedi miracolosi, poiché le cose che contano si ottengono solo attraverso il proprio impegno; il discorso è sentito anche da Turk, che ne rimane colpito e va da Carla a scusarsi e i due fanno la pace, anche se Carla non si sente ancora pronta a tornare a casa da lui. Kelso va da un barbiere, si fa tagliare i capelli e al momento di pagare fugge via, inseguito dal parrucchiere.

J.D. e Carla vanno insieme al bar per cercare di divertirsi. Lì si ubriacano e tornano a casa di Elliot, dove i due si baciano. La mattina dopo si risvegliano e scoprono ciò che è accaduto e lo dicono ad Elliot. Tutti promettono che non lo diranno a Turk. I 3 vanno quindi al lavoro in ospedale e lì J.D. cerca di nascondersi da Turk, per questo va nell'ufficio di Ted, un posto insospettabile. Elliot intanto ha un paziente in cura che, anche essendo sano, ha preso delle pillole contro la disfunzione erettile. Elliot vede che Kelso che si mette a ridere del paziente davanti allo stesso per via dell'accaduto. Elliot gli spiega quindi che non bisogna ridere dei problemi altrui, ma quando scopre cos'è successo prima che l'uomo arrivi in ospedale, anch'essa scoppia a ridere e si sentirà in colpa. Turk e Carla intanto decidono di far tornare J.D. a casa loro. Alla fine della giornata Elliot si scusa col signore per aver riso per il suo problema ma che se uno non scherza prima di tutto sui suoi problemi non potrà mai sopportare gli scherzi degli altri. Il paziente così racconta la verità ai suoi amici, ridendoci lui stesso, così che qualunque presa in giro non possa ferirlo poiché lui stesso la trova divertente. Durante la sera, a casa di Turk e Carla tutti sono felici. Ma Carla ammette di aver baciato J.D. la mattina prima e Turk è sgomento.

Dopo che Turk ha scoperto il bacio tra J.D. e Carla, inizialmente dice che la cosa non gli dà fastidio, ma alla fine si rende conto di non sopportarlo e decide di dover dare la colpa ad uno solo e all'altro dare la pena del silenzio, ovvero non rivolgergli la parola per alcuni mesi. J.D. e Carla quindi cercando di fargli capire che è stata colpa dell'altro e alla fine Turk crede che la colpa sia stata di Carla e le darà la pena del silenzio. Nel frattempo Cox spaventa una ragazza affetta da epilessia ed Elliot lo rimprovera. Jordan intanto si riempie la faccia di botulino dopo che il ragazzo vicino di casa la chiama "signora" mentre lei era vestita in modo sexy e questo le blocca ogni espressione facciale. Intanto l'Inserviente riesce a farsi regalare da Kelso una nuova uniforme azzurra. Ma appena indossata nessuno ha più paura di lui, anzi, gli altri lo rispettano. E questo all'Inserviente non piace. Quando deve decidere se tenere l'uniforme grigia che lo fa temere da tutti e diventare gentile con quella blu decide di tenere quella grigia e non modificare la sua natura. Più tardi Elliot parla con la sua paziente e la tranquillizza e, quando Cox le domanda come abbia fatto a capire il problema, Elliot gli spiega che ogni donna al mondo è insicura riguardo qualcosa e che ciò che vogliono è solo un po' di comprensione. Alla fine J.D. si sente in colpa per aver dato la colpa a Carla e convince Turk che è colpa sua perché non si è comportato da buon marito e quindi non può giudicare Carla. Turk lo capisce e perdona entrambi. Cox, avendo imparato la lezione di Elliot, rinuncia alla premiazione a sua favore di un premio come medico per restare a casa con Jordan a guardare un film e mangiare una pizza, rendendo felice la moglie. L'Inserviente indossa ancora la tuta blu nel parco dell'ospedale e decine di uccellini gli stanno vicino amichevolmente.

Al Sacro Cuore arriva un'anziana signora che si era sentita male a casa sua. Insieme a lei c'è il suo vicino di casa Jake che l'ha vista svenuta sulle scale. La donna, che non ha famiglia, chiede a Jake il suo parere se dovesse morire in pace o sottoporsi ad altri interventi. Jake le dice che dovrebbe morire in pace, dato che ha 92 anni. La donna lo ascolta e rifiuta i farmaci dei medici, morendo così lentamente. All'ospedale però si presenta suo fratello, cosa che all'inizio la donna aveva negato di avere, che dice di denunciare Jake e tutto l'ospedale. J.D. consiglia a Jake di chiarire il fatto con la donna, ma sfortunatamente questa è andata in coma, ed è quindi ad un passo dalla morte. Il fratello non vuole sentire ragioni per cui dovrebbe parlare con Jake. Quest'ultimo gira per l'ospedale e conosce tutti i protagonisti e notando che nessuno lì dentro è normale. Elliot si innamora di lui ma non vuole chiedergli di uscire per la paura. Per questo chiede aiuto a Cox e quest'ultimo decide di aiutarla. Turk e Carla intanto vanno in terapia di coppia e cercano di risolvere i loro problemi. Alla fine della giornata Jake parla al fratello dell'anziana donna e gli spiega che era stata lei a dirgli che voleva morire e lo fa ragionare. L'uomo rimane colpito dal discorso e capisce che Jake non sta mentendo, per questo ritira la denuncia e rimane a vegliare su sua sorella. Elliot chiede a Jake di uscire e questo accetta. J.D. capisce che in tutti c'è un minimo di umanità, persino in Cox che ha aiutato Elliot, per questo motivo va in autostrada ad aiutare una donna che ha una gomma forata, sfortunatamente la gomma della ruota della sua macchina si stacca e J.D. scappa con il suo scooter.

Cox fa notare a Turk che sono entrambi egocentrici allo stesso modo e, quando Carla e Jordan gli fanno notare che è vero, ne rimane sconvolto. Davanti ad un bar un uomo si sente male e non respira, dato che un pezzo di cibo gli si è incastrato in gola, e Turk lo salva con una tracheotomia. Cox lo vede salvare l'uomo e i due fanno una scommessa: Turk scommette che non dirà a nessuno del suo salvataggio, mentre Cox scommette che l'ego di Turk avrà il sopravvento su di lui. In ospedale Cox comincia a dire a tutti che in realtà è stato lui a salvare l'uomo e Turk non sa se dire la verità a tutti o lasciar credere agli altri che sia stato Cox il salvatore. Kelso intanto in ospedale sequestra uno scooter a quattro ruote e gira per tutto l'ospedale con questo. L'Inserviente se ne accorge perché le sue gomme sporcano tutti i reparti dell'intera struttura, ma Kelso continua ad andare comodamente in giro. L'Inserviente allora, per vendetta, ruba lo scooter, lo ridipinge e lo fa diventare una macchina pulitrice e va in giro per l'ospedale pulendolo. Kelso ovviamente capisce l'inganno, ma non ha le prove che la macchina sia il suo scooter. Elliot intanto fa progressi con la sua relazione con Jake. Alla fine Turk dice a tutti la verità, ovvero che è stato lui e non Cox a salvare l'uomo. Cox gli spiega allora che l'ego non è una cattiva cosa, anzi, è uno dei motivi principali per cui ogni medico fa il suo mestiere correttamente, dal momento che la fiducia estrema in se stessi rassicura anche i pazienti di essere in buone mani e al tempo stesso permette a chirurghi e medici di concentrarsi senza farsi sfiorare dai dubbi. Infine, l'Inserviente e Kelso sono sul tetto dell'ospedale. È stata costruita una rampa su cui viene posato lo scooter acceso, se l'Inserviente lo prende la sfida tra i due ricomincia, se lo scooter cade si frantumerà e i due non si dovranno più sfidare. L'Inserviente non lo prende e lo scooter cade sulla macchina di Kelso, sfondandola completamente. Kelso capisce quindi che l'Inserviente gli ha spostato la macchina apposta. J.D. e Turk riprendono lo scooter e girovagano per l'ospedale divertendosi.

J.D., Turk e Carla discutono e J.D. decide che andrà a vivere in un altro appartamento e Turk, con una frase ironica, lo ferisce profondamente, senza accorgersene. J.D. si sente offeso dalla frase e non gli rivolge più la parola, tanto che fa diventare suo amico Hooch, un chirurgo dell'ospedale che tutti prendono in giro perché molto nervoso (anche se sono loro i primi a cercare di farlo innervosire). Elliot ha ricevuto un'offerta di lavoro più una borsa di studio da parte di un altro ospedale e sta riflettendo se sia il caso di andare a lavorare da un'altra parte. Nel frattempo Kelso chiede a Jordan se vuole lavorare in ospedale come contabile e Jordan accetta, cosa che al contrario Cox non vuole perché l'ex moglie è già troppo appiccicosa. J.D. e Turk sono sempre più distaccati e ormai non si rivolgono più la parola. Carla non è per niente felice che Elliot se ne vada dal Sacro Cuore e cerca di convincerla che è una cattiva idea, anche se senza successo. Elliot difatti se ne va senza aver prima salutato nessuno. J.D. e Turk, la sera dopo, si incontrano sul tetto dell'ospedale per discutere e chiarirsi e si scusano reciprocamente ed entrambi capiscono che dal giorno dopo tutto sarebbe stato diverso, dato che Carla ha deciso che vuole un bambino e costringe Turk a metterla incinta. J.D. va quindi a vivere in un altro appartamento con Raudy. E si scopre che in realtà la lacrima che aveva sulla guancia è una goccia d'acqua caduta dal soffitto, segno di una perdita. Un momento più tardi infatti il tetto crolla e una vasca da bagno con dentro una donna e il fidanzato cadono nell'appartamento di J.D. J.D. pensa che i cambiamenti siano sempre negativi e che tocca a noi tirare fuori il meglio di loro.

J.D. trasloca momentaneamente in hotel perché il suo nuovo appartamento ha il soffitto sfondato. Turk però non accetta che il suo miglior amico sia costretto a vivere in un albergo e lo invita a dormire a casa sua, ma all'insaputa di Carla. J.D. è ora diventato medico di ruolo come il dottor Cox e quindi deve istruire a sua volta degli specializzandi. Elliot cerca invece di ambientarsi nel nuovo ospedale dove ha ottenuto una borsa di studio e comincia a fare amicizia con infermiere e dottoresse. Turk nel frattempo cerca di convincere Carla a non avere un bambino perché crede che sia ancora troppo presto, ma Carla non gli dà ascolto. Elliot non conosce ancora bene il nuovo ospedale e non sa dove si trovano le cose, ma non volendo sfigurare ruba quello che le serve dal Sacro Cuore. Cox dà cinque carte "Man" ("Uomo") a J.D. e se ne riprende una ogni volta che quest'ultimo si comporta come una donna. J.D. perde presto tutti e cinque i foglietti, ma alla fine della giornata riesce a salvare un paziente infrangendo le regole e se ne prende la responsabilità, guadagnandosi la stima di Cox. Kelso invece è frustrato perché ha scoperto che J.D. si è alleato con Cox ed è arrabbiato con Elliot che, dopo essere stata formata come medico al Sacro Cuore, lo ha abbandonato.

Grazie all'Inserviente, J.D. scopre che nessuno ride alle sue battute a parte i suoi specializzandi che, però, stanno solo cercando di compiacerlo. Elliot intanto sta ancora cercando di ambientarsi nel nuovo ospedale e non vuole che Carla passi a trovarla sul luogo di lavoro. Al Sacro Cuore arriva Sam Thompson, un tossicodipendente famoso tra i medici per la sua capacità di imbrogliare le persone convincendole a dargli dei soldi. Jordan non lo conosce ancora e, impietosita dal suo racconto, gli dà dei soldi. Cox non cerca di fermarla perché vuole impartirle una lezione. J.D. fa capire ai suoi specializzandi che non devono per forza ridere alle sue battute e che per lui è più importante essere rispettato. Carla si reca nell'ospedale di Elliot a sua insaputa e racconta una vicenda imbarazzante accaduta all'amica. Elliot si arrabbia con lei perché le nuove colleghe iniziano per questo a deriderla. Come se non bastasse, le viene comunicata la revoca della borsa di studio appena ottenuta: ora non ha più un lavoro né al Sacro Cuore né al nuovo ospedale. Cox spiega a Jordan chi è in realtà Sam, dato che questo si ripresenta il giorno seguente al Sacro Cuore ammanettato. Le spiega inoltre che quello di farsi abbindolare dai tossicodipendenti è una sorta di rito di iniziazione per i nuovi arrivati in ospedale. Elliot nel frattempo inizia a cercare un nuovo lavoro.

J.D. sta per compiere 30 anni e si ricorda della "lista di cose da fare prima dei 30 anni" scritta insieme a Turk quando andavano al college. Nessuna delle cose presenti in elenco è mai stata realizzata. Cox, leggendola, gli consiglia di fare una gara di triathlon. La gara si tiene il giorno del compleanno di J.D. e quindi, se vuole poter cancellare almeno quel punto dalla lista, deve tagliare il traguardo prima delle 18.41, ora della sua nascita. Anche Doug e Ted partecipano alla competizione. Una paziente che deve fare un'appendicectomia chiede a Turk di operarla non sotto anestesia ma sotto ipnosi. Cox gli consiglia di non farlo, Carla invece sostiene il diritto della donna di scegliere il metodo che preferisce. Alla fine Turk opta per le modalità richieste dalla paziente. Per l'occasione arriva al Sacro Cuore anche una troupe televisiva che riprenderà in diretta l'operazione. Il giorno della gara, J.D. affronta la prima prova (50 miglia a nuoto nell'oceano). Non avendo pensato di portarsi una muta, J.D. rischia quasi il congelamento. Nel frattempo Turk inizia l'operazione e la paziente sembra reagire bene all'ipnosi. Nel pomeriggio J.D. passa alla seconda disciplina e scopre ben presto che non sa andare su una bici da corsa. Intanto l'operazione di Turk continua, ma la paziente si risveglia e si mette ad urlare di dolore. J.D. affronta l'ultima disciplina (20 chilometri di corsa) e mentre sta correndo scopre che tutti gli altri atleti hanno già terminato la gara. Insieme ad Elliot continua la sua corsa fino a quasi svenire. Elliot lo sorreggerà quindi fino al traguardo, dove giungono due minuti prima dell'ora prefissata. Elliot e Jake per alcuni motivi di comunicazione rompono. Kelso dà il permesso a Turk di pubblicare un articolo sull'intervento anche se non riuscito. Alla fine J.D. decide di trasferirsi da Elliot, ma i due convivono come amici.

J.D. deve presentare il dottor Kelso durante la cerimonia per la consegna di un premio da parte della Associazione Medici Americani e deve quindi trovare qualcosa di positivo sul dottor Kelso da poter dire nel suo discorso. Intanto, scopre dall'Inserviente dell'esistenza di un misterioso gioco chiamato "Palla ballerina", che tutti tranne lui sembrano conoscere. Nel frattempo Elliot, pur di lavorare, si è trasferita all'ambulatorio pubblico. Cox chiede a Kelso di introdurre il signor Morrison, affetto da un tumore al cervello, in un programma di sperimentazione di un nuovo farmaco. Stranamente Kelso acconsente senza problemi, così J.D. riesce finalmente a trovare un fatto positivo da dire su Kelso. Poco dopo Cox e J.D. scoprono però che il signor Morrison non è stato inserito nella sperimentazione, mentre è stato ammesso il ricco signor Franks. Alla fine della giornata l'Inserviente propone a J.D. una partita di palla ballerina, questo acconsente ma scopre presto che si tratta di una trappola. Si ritrova infatti al centro del piazzale dell'ospedale e tutto intorno gli altri dipendenti cominciano a lanciargli addosso delle palline da tennis. Al momento della premiazione J.D. non sa cosa dire, ma quando inizia a parlare fa appena in tempo a dire il nome del dottor Kelso che questi ha già preso il suo posto al microfono. J.D. comincia dunque a pensare a ciò che avrebbe detto nel discorso. Elliot invece riesce a farsi ridare il posto al Sacro Cuore ricattando il dottor Kelso.

Al Sacro Cuore arriva Paige, la sorella di Cox, che ha una grande fede verso il Cristianesimo, cosa che fa innervosire Cox. Jordan è riuscita a convincere Cox a lasciare battezzare il loro figlio Jack e ha invitato Paige al battesimo. Nel frattempo l'Inserviente e J.D. diventano finalmente amici, o così sembra. L'Inserviente chiede infatti aiuto a J.D. per un trasloco in una casa piena di oggetti di arte asiatica, che l'Inserviente spaccia per sua. Presto però i reali proprietari dell'abitazione arrivano e scoprono J.D., che preso dal panico fugge portando con sé una statua di Buddha. Nel frattempo Cox continua ad essere sempre più ostile verso Paige, che è riuscita a convincere un'intera famiglia che le condizioni del loro famigliare in cura stiano migliorando grazie alle preghiere. Cox, che è ateo, è molto contrariato dalla cosa. Alla fine J.D. restituisce il Buddha ai legittimi proprietari e Jack viene battezzato in chiesa sotto lo sguardo felice di Cox, che, dopo aver incontrato J.D. al bar ed essersi sfogato, ha accettato serenamente che suo figlio fosse battezzato. La stessa sera Paige, con una scommessa, riesce a convincere Cox a far sposare suo figlio in chiesa, dopodiché se ne va in taxi.

J.D. dice ai suoi specializzandi che in ospedale c'è un veterano del Vietnam e che devono prestargli tutte le cure possibili. Carla, come ogni anno, cerca di convincere i dipendenti dell'ospedale a fare una foto che ritragga tutto lo staff del Sacro Cuore, anche se non ci è mai riuscita. Tutti infatti trovano delle scuse per non partecipare. Intanto J.D. ha in cura una paziente che sta per morire e crede che lei sia pronta per farlo. A causa di questo malinteso la donna sceglie come suo medico curante il dottor Cox. L'Inserviente intanto ha rubato una vasca fisioterapica e l'ha piazzata sul tetto dell'ospedale e passa le sue giornate in ammollo a fare scherzi alle persone. Carla riesce finalmente a convincere lo staff a fare la foto, ma quando tutti si mettono in posa la foto viene rovinata dall'Inserviente, che dal tetto riflette i raggi del sole verso la macchina fotografica con uno specchietto. Carla capisce che lo ha fatto solo perché non è stato invitato anche lui, quindi lo invita a prendere parte e tutti rifanno la foto di gruppo. J.D. si va a scusare con la sua ex-paziente e i due si chiariscono. Poi rivela a Cox che in realtà il veterano del Vietnam non era altro che un barbone e Cox si infuria per essere stato imbrogliato.

J.D. ha un giorno libero che inizialmente passa a casa nella vasca da bagno. Viene più tardi chiamato da Keith per un'emergenza e arriva in ospedale, dove scopre che non è altro che uno scherzo fattogli dal dottor Cox. J.D. cerca di andarsene ma viene trattenuto da Kelso che gli chiede di preparare l'orario degli assistenti per il mese seguente. Carla intanto è sempre più impaurita dal ruolo che potrebbe avere quando sarà mamma e chiede consigli. Elliot è invece terrorizzata perché deve tenere una lezione sull'endocrinologia e crede di non sapere nulla sull'argomento. Turk intanto cerca di convincere i genitori di un paziente in coma a staccare la spina per poter eseguire il trapianto del cuore su un altro paziente. J.D. nota che tutti vogliono qualcosa: lui vuole tornare a casa, Turk vuole il cuore del paziente da trapiantare, Elliot cerca l'intelligenza per la riunione e Carla cerca il coraggio per essere madre. Più tardi Turk parla con il padre del ragazzo e riesce a convincerlo a staccare la spina. Scopre però che il ragazzo era già un donatore di organi e che non serviva l'autorizzazione del padre per il prelievo. Quindi il cuore da trapiantare era già disponibile. Elliot, anche senza aver ripassato nulla, si rende conto grazie a J.D. di riuscire a ricordare tutto quello che ha studiato. Carla intanto capisce, grazie a Cox, che quando avrà un figlio troverà il coraggio che già possiede, anche se non se ne accorge. J.D. riesce poi finalmente a liberarsi da ogni impiccio e a tornare a casa sua come avrebbe voluto fare da tutto il giorno.

J.D., Carla, Elliot e Turk vengono chiamati da Kelso e Cox per un'udienza della cassazione dell'ospedale per la morte del signor Foster, un paziente dell'ospedale morto per cause sconosciute. Ognuno racconta la storia che ha vissuto nel giorno in cui il signor Foster era ricoverato in ospedale: J.D. aveva in cura un paziente che non lo ha ringraziato per l'opera prestata. Il medico decide quindi di andare a cercarlo per farsi ringraziare. Turk e J.D. arrivano all'abitazione dell'uomo e scoprono che nella sua villa ci sono diversi esemplari di struzzi ammaestrati e i due si rifugiano su un albero per non farsi ferire. Più tardi i due cercano di uscire ma vengono portati in casa dagli struzzi. Lì J.D. scopre che l'uomo è un netturbino e mai nessuno lo ringrazia per il suo lavoro: per questo motivo neanche lui ringrazia gli altri. J.D. allora, per farsi perdonare, va ad aspettare tutti i netturbini del quartiere per ringraziarli del lavoro che fanno, per questo motivo non torna in ospedale. Turk riprende l'auto ma rimane bloccato nel traffico e non riesce rientrare in ospedale. Elliot all'inizio della giornata ha baciato un uomo sposato. La moglie li ha scoperti ed è furiosa perché Elliot ha fatto tradire suo marito. Quindi la insegue per tutto l'ospedale e la lega fuori dall'ospedale con del nastro adesivo. Elliot quindi non può curare nessuno. Carla, l'Inserviente e tutti i medici sono rimasti tutto il giorno davanti alla TV ad aspettare un'estrazione milionaria perché tutti avevano acquistato un sacco di biglietti della lotteria. Nessuno ha però vinto e nessuno era a curare i propri pazienti. Nel frattempo il signor Foster era senza nessun medico responsabile e ha avuto un collasso con conseguente arresto cardiaco ed è quindi morto. Kelso non sa a chi dare la colpa, ma Doug entra nella sala e dice a tutti che il colpevole è il radiologo che non ha notato un aneurisma nel cervello del signor Foster. Tutti gli altri medici vengono quindi scagionati, ma il dottor Cox ricorda freddamente loro che sono solo stati fortunati e che se anche nessuno di loro ha causato la morte di Foster, tutti lo hanno trascurato mentre era in ospedale.

Grazie ad una vecchia paziente, la signora Nickols, J.D. conosce Julie, una ragazza sbadata ma affascinante. I due si innamorano subito e si fidanzano. Per cercare di far funzionare questa storia, Elliot dà tantissimi consigli a J.D. e questo, rispettandoli, riesce difatti a mantenere stabile la relazione. Turk intanto è stato reclutato dall'Inserviente, da Ted e da Lloyd per formare una air band. Kelso però non sopporta le air band e quindi le vieta severamente in tutto l'ospedale. L'Inserviente consiglia a Turk di andare a scusarsi con Kelso. Turk va a scusarsi e le air band sono di nuovo ammesse. J.D. nel frattempo continua a fare progressi con Julie, tanto da comprare duemila metri quadrati di terreno su cui costruire una casa, cosa che gli era stata sconsigliata da Elliot.

La relazione tra J.D. e Julie comincia a diventare instabile per un motivo: Julie non ride mai ed al posto delle risate dice: "quant'è divertente", cosa che J.D. detesta. Turk ed Elliot aiutano J.D. a non perdere Julie per motivi stupidi e lo incoraggiano a presentare Julie alle persone a cui lui tiene. J.D. accetta e presenta Julie al dottor Cox, a Turk, ad Elliot e a Carla. Carla, Elliot, Julie e Jordan vanno al bar e dopo aver bevuto diversi bicchieri di super alcolici diventano grandi amiche. Carla nonostante l'allegria, continua a pensare alle difficoltà che ci saranno quando diventerà madre ed è seriamente spaventata dal futuro. J.D. e Julie, comunque, rompono il fidanzamento per un motivo: Julie non vuole avere figli e non vuole sposarsi, cosa che invece J.D. desidera. J.D. si sente ora molto solo, ma grazie ad Elliot la solitudine comincia a diminuire.

J.D. è ancora un po' triste per via della relazione finita con Julie e gli amici gli consigliano di trovarsi un trastullo, ovvero una fidanzata momentanea con cui stare. J.D. non vuole farlo, mentre Elliot decide di trasformare Keith, uno degli specializzandi di J.D., nel suo trastullo personale. J.D. considera Keith la sua nemesi, in quanto rispecchia tutto l'opposto di cui è lui. Infatti, appena può, cerca di metterlo in ridicolo davanti a tutti gli altri specializzandi. Elliot però si è quasi innamorata di Keith, tanto che si mette contro J.D. ogni giorno. Carla chiede a Turk di convincere Kelso ad aprire una palestra dove possano entrare anche le donne. Turk all'inizio vuole farlo, ma Cox lo convince a non agire. Cox e l'Inserviente si incontrano nel bar fuori dall'ospedale casualmente e fanno amicizia. Ogni giorno dopo il lavoro si incontrano e chiacchierano e ogni notte vanno a casa di J.D. (che riescono ad aprire con delle chiavi rubate) e gli fanno degli scherzi. J.D. intanto continua a mettere in imbarazzo Keith, tanto da arrivare a rubare un cadavere dall'obitorio per far credere che Keith abbia ucciso un uomo. Ma il trucco non funziona. Cox nota che in ospedale l'Inserviente lo prende in giro, quando è davanti agli altri inservienti. Al bar i due si chiariscono e l'Inserviente dice che non gli vuole parlare in ospedale per una questione di soldi avuti illegalmente. Cox comunque non accetta questo fatto. Alla fine tutti i protagonisti si ritrovano in uno stesso ascensore, compresi J.D. ed Elliot che discutono verbalmente sui trastulli. Tutti gridano contro gli altri, finché non vengono chiamati tutti quanti contemporaneamente in una stanza. La signora Wilk, una paziente a cui era stato indotto il coma, si era risvegliata in perfetta salute, segno che quasi certamente sarebbe sopravvissuta alla malattia che da tempo la affliggeva. Davanti a questa buona notizia tutti fanno pace. Viene aperta una palestra femminile nell'ospedale, Cox e l'Inserviente saranno amici solo fuori dall'ospedale ed Elliot continuerà ad avere il suo trastullo.

J.D. non sopporta più Keith e cerca di farlo licenziare. Elliot invece si è innamorata realmente di Keith e i due si sono fidanzati. Al Sacro Cuore un uccello di nome Sanchez addomesticato dall'Inserviente, si aggira e crea scompiglio, tanto che lo stesso Kelso deve costringere l'Inserviente a farlo uccidere, cosa che però l'Inserviente non farà. Questo dovrebbe essere l'ultimo giorno di ricovero della signora Wilk, una paziente che tutti conoscevano. J.D. intanto cerca un modo per licenziare Keith e dice a tutti gli specializzandi che il primo di loro che commetterà un errore su un paziente otterrà due settimane di non lavoro senza paga, una specie di espulsione dall'ospedale per due settimane. Il primo a commettere un errore però non è Keith ma "Cavolo", lo specializzando preferito da J.D. Quest'ultimo sarà quindi costretto a mandarlo via per due settimane. J.D. però lo fa subito tornare operativo come medico con le sue scuse. Più tardi va a parlare con Cox e capisce che "Cavolo" non è portato per fare il medico e che bisogna spiegarglielo, per non fargli fare degli errori mortali. "Cavolo" quindi viene licenziato. Mancano poche ore prima che la signora Wilk se ne vada, questa incontra Cavolo prima che se ne vada. "Cavolo" poco prima aveva toccato un guanto medico infetto e nel momento in cui la signora Wilk e lui si sono stretti la mano i batteri hanno attaccato la donna. L'ultima inquadratura mostra la paziente attraverso speciali raggi che fanno vedere i batteri e la signora Wilk è completamente colorata, segno che ha appena preso un'infezione mortale.

La signora Wilk viene nuovamente ricoverata per un'infezione e ormai non è possibile fare più nulla per salvarla. Tutti i medici del Sacro Cuore sono profondamente rattristati da questo evento. A curare la signora Wilk arriva uno psicologo, Hendrick, che Cox e J.D. iniziano a odiare subito. Hendrick spiega alla signora Wilk che passerà i cinque stadi del cordoglio: rifiuto, rabbia, patteggiamento, depressione e accettazione. J.D. e Cox somatizzeranno la situazione a tal punto da subire lo stesso percorso psicologico. Inizialmente i due costruiscono una spiaggia sopra l'ospedale con tanto di sabbia e ombrelloni per far sentire a proprio agio la signora Wilk. Cercano quindi di convincersi che la paziente non morirà e cercano una cura. Stanno attraversando il primo stadio: rifiuto. Nel frattempo Ted viene investito in bicicletta dall'auto di Kelso, che cerca di corromperlo con due biglietti per una partita, al fine di non essere denunciato alla polizia. L'Inserviente però incoraggia Ted ad approfittare della situazione e a richiedere di più. Hendrick intanto ha fatto spazientire Cox e J.D., tanto che i due si recano ad una sua seduta per sfogarsi. I due passano così al secondo stadio: rabbia. Ted nel frattempo si è lasciato convincere da Kelso a non denunciarlo in cambio del suo busto più sette pomeriggi domenicali di vacanza all'anno. Cox e J.D. cominciano a pensare che farebbero di tutto per far riprendere la signora Wilk. Stanno attraversando il terzo stadio: patteggiamento. La signora Wilk perde la vita, Cox e J.D. sono emotivamente distrutti: stanno passando lo stadio della depressione. Infatti, quando la signora Wilk va in fibrillazione, non viene rianimata, secondo il suo volere. Alla fine Cox e J.D. non potranno fare altro che conservare il ricordo e accettare la situazione.

Il dottor Cox scopre che una rivista lo ha definito "miglior medico della città" e per questo non riesce più a contenere il proprio ego. Carla intanto non riesce a rimanere incinta nonostante gli sforzi e decide di mandare Turk a fare un esame per controllare di non essere sterile. Più tardi una vecchia amica di Kelso viene ricoverata e ovviamente tocca a Cox occuparsene. J.D. e Turk giocano con delle radioline a forma di orologio e per un equivoco fanno scoprire a diverse persone della presunta sterilità di Turk, tanto che quest'ultimo per rabbia getterà la sua radiolina in un cassonetto. J.D. questo però non lo sa. L'Inserviente trova la radiolina, scopre a cosa serve e decide di sfruttare la situazione per fare a J.D. alcuni scherzi. Elliot e Keith intanto fanno progressi con la loro relazione e J.D. cerca di accettare la presenza di Keith. Alla fine Turk risulta essere sano e la paziente di Cox viene dimessa dall'ospedale. J.D. usa la radiolina per ingannare l'Inserviente e fa in modo che rimanga chiuso dentro a una cella frigorifera sigillata dall'esterno, senza che possa uscire sino all'indomani. Si scopre così che J.D. aveva già capito il piano dell'Inserviente e lo aveva sfruttato a proprio favore.

J.D. racconta a Turk e Cox del fatto che lui per i suoi pazienti fa sempre quel "miglio in più" per soddisfarli in alcune richieste e metterli a loro agio. Turk segue il suo consiglio e va a cercare dei fumetti per un suo paziente. Cox ha in cura un attore teatrale che vuole che lo aiuti a provare le battute per uno spettacolo, ma Cox ovviamente si rifiuta di farlo. J.D. invece ha in cura una ragazza malata di leucemia che dovrà sottoporsi alla chemioterapia e contatta tutti i suoi parenti per venirla a trovare. J.D. promette a tutti che ogni cosa che dovrà fare la ragazza verrà fatta anche da tutti loro assieme per solidarietà. Ben presto però scopre che tutti i parenti della paziente si sono fatti radere i capelli perché lei li avrebbe persi a causa della chemioterapia. J.D., pur di non farsi rasare, scappa. Cox lo cerca per vedere se è veramente sempre disposto a fare il suo miglio in più. Alla fine Cox e J.D. ne parlano, ma Cox non riesce a convincerlo e J.D. si fa rasare i capelli, continuando a proclamare la sua fede nel miglio in più. Turk è riuscito a trovare i fumetti per il suo paziente e questo gliene è grato. Anche Turk capisce che è utile percorrere il miglio in più. Persino Cox rimane colpito da questo fatto, va quindi dal suo paziente, attore teatrale, e insieme a lui prova lo spettacolo teatrale.

Carla fa un test di gravidanza, che sembra risultare negativo, lo butta quindi nel cestino e si allontana. Turk legge sulla scatola del test che sono necessari tre minuti per sapere il risultato, mentre loro avevano atteso solamente per un minuto. Turk raccoglie quindi il test e questo risulta essere positivo. Carla è finalmente incinta. Turk è felicissimo e lo dice a tutto l'ospedale. J.D. gli consiglia di fare una grandissima sorpresa a Carla, che ancora non lo sa. I due riuniscono così fuori dall'ospedale gran parte dello staff del Sacro Cuore e prendono delle colombe e delle torte per festeggiarla. Turk e Carla stanno per uscire e trovare la sorpresa, ma Carla dice al marito che non vorrebbe assolutamente perdere l'opportunità di dire agli altri di essere incinta per godersi la loro reazione. Turk chiama subito J.D. per dirgli di annullare la sorpresa. I due amici organizzano così un piano per far scoprire a Carla di essere incinta da sola, coinvolgendo anche Cox, Kelso ed Elliot. Alla fine Carla scopre di essere incinta, ma quando lo dice a J.D. questo si lascia sfuggire una frase di troppo e fa capire a Carla che in realtà tutti gli altri lo sapevano già. Nonostante questo Carla non si arrabbia e lei, Turk e J.D. vanno al bar a festeggiare con tutti i loro amici.

Baxter, il cane di Kelso, è morto e Kelso è talmente triste da non riuscire più a smettere di piangere. Chiama quindi Carla per sostituirlo, dato che non vuole mostrarsi vulnerabile di fronte al resto dallo staff ospedaliero. Carla accetta ed è così costretta a passare tutta la giornata a rispondere negativamente alle richieste di medici, infermiere e inservienti. J.D. intanto convince Turk ad uscire insieme a lui per una sera, anche se è anche l'unica sera in cui Turk potrebbe stare a casa da solo. Turk risente molto di questo, anche per il fatto che non riesce a compilare tutti i moduli sui suoi pazienti, cosa che normalmente fa proprio il giovedì sera. J.D. e Turk cominciano ad uscire assieme ogni giovedì per andare al bar tutta la notte. Turk pensa di non poter più continuare così e vorrebbe dirlo a J.D., ma alla fine preferisce lavorare di più piuttosto che deludere un amico.

J.D. ha comprato un nuovo vestito italiano e va in giro per l'ospedale a mettersi in mostra. Inaspettatamente arriva a stare da lui suo fratello Dan, ancora innamorato di Elliot e ignaro del fatto che lei è ora fidanzata con Keith. Dan comincia quindi a tartassare di domande J.D. per sapere come sta Elliot e sia Elliot che J.D. dovranno mentirgli per non deluderlo, anche per il fatto che J.D. gli ha mentito molte volte via telefono dicendogli che Elliot è ancora pazza di lui. Cox e Kelso scherzano entrambi sui propri figli (Kelso su Harrison e Cox su Jack), fin quando Cox non scherza anche sul figlio di Kelso e a quest'ultimo la frase detta da Cox non fa piacere. Per giunta decide di punirlo e manda Cox a lavorare insieme a Ted su alcune cause legali. Carla e Turk cercano di dare un nome al bambino e decidono che se sarà femmina si chiamerà Angie. Purtroppo J.D. dà lo stesso nome ad un topo regalato al reparto di pediatria e così Carla non vuole più dare a sua figlia il nome di un topo. Più tardi il topo morirà e Carla si rasserenerà. Alla fine della giornata, Cox si reca nell'ufficio di Kelso e gli chiede scusa per ciò che ha detto su Harrison. Kelso accetta le sue scuse e comincia a parlargli del figlio. J.D. decide di dire la verità al fratello Dan, che va via dal Sacro Cuore con il nuovo vestito di J.D.

Turk ha sempre più paura di affrontare la realtà, e il fatto che quando nascerà il bambino di Carla il suo stile di vita cambierà radicalmente da quello attuale. Elliot invece tratta male gli assistenti, comandandoli a bacchetta e punendoli severamente per ogni sbaglio che fanno, lamentandosi che neanche lei aveva avuto dei trattamenti garbati da parte di Cox. Litiga inoltre con Carla, la quale aveva protetto una degli assistenti di Elliot che aveva sbagliato con una dose da somministrare. È Cox, alla fine, ad aprirle gli occhi e farle capire che era stata proprio Carla ad aiutarla quando lei era solo un'assistente. L'Inserviente, invece, viene chiamato in causa per un'emergenza con un paziente: Carla gli chiede di bloccargli le gambe mentre cerca di sistemare la situazione. Lui ne fa vanto in tutto l'ospedale, raccontandola a qualsiasi persona incontri, finché non sente un medico dire ad una infermiera che lui in realtà non fa la differenza. Ci rimane molto male e per sfogarsi va a tenere compagnia ad un paziente che non può parlare, perché potrebbe farlo solo tramite un computer grazie ad uno speciale macchinario ma il computer è rotto. A fine puntata Cox dà un PC nuovo al paziente, che esordisce con un "grazie". Cox pensa che fosse per lui, visto che gli ha reso il PC, ma il paziente lo smentisce dicendo: "non stavo parlando con lei", guardando l'Inserviente. Il quale capisce di fare davvero la differenza.

Cox dà il consenso per effettuare un trapianto di organi su tre pazienti ricoverati, uno dei quali è un suo amico, Dave Brentford. Gli organi provengono da Jill, una ragazza già precedentemente ricoverata al Sacro Cuore per un tentativo di suicidio. J.D. crede che la morte di Jill sia colpa sua, non essendosi accorto che la ragazza era entrata nuovamente in crisi. Si scopre però poi che la ragazza non si è suicidata, ma è morta di rabbia. Parte così una corsa contro il tempo per salvare tutti i pazienti trapiantati che sono stati infettati. Nonostante gli sforzi, muoiono tutti e tre, compreso l'amico di Cox, Dave, che avrebbe anche potuto attendere il trapianto per un altro mese. Proprio Cox, che aveva aiutato J.D. a non caricarsi sulle sue spalle la responsabilità della morte di Jill, si sente responsabile per la morte dei pazienti e si dispera.

Il dottor Cox è ancora molto scosso dalle morti dei tre pazienti avuti in cura nei giorni precedenti e cade in un tunnel di depressione ed alcol, che lo porterà ad isolarsi da tutti e a mancare addirittura dall'ospedale. J.D. e gli altri trovano allora il modo di stargli vicino, andando a turno a trovarlo a casa sua per fargli compagnia. Tutti rispettano il proprio impegno, tranne J.D., che ammetterà di non averlo fatto per paura. Ad un certo punto anche J.D. si decide però ad andare dal dottor Cox per convincerlo che senza di lui l'ospedale non è completo. Grazie al suo intervento, J.D. riesce a dissuadere Cox dall'idea di mollare tutto, facendo ritornare la situazione alla normalità.

J.D. ha la sensazione che all'ospedale alcuni eventi si ripetano più volte e che quindi ci sia la possibilità di commettere gli stessi errori. Il dottor Cox ritorna in ospedale dopo aver reagito alla crisi successiva alla morte di tre suoi pazienti. Al suo arrivo riceve un benvenuto a sorpresa dal personale organizzato da J.D. Tutti pensano che il dottor Cox sia rimasto lo stesso sia caratterialmente sia professionalmente ma non appena esita a dare ad Elliot un'indicazione su come trattare un paziente che hanno in comune, la Signora Goldstein, la convinzione comincia a vacillare e tutti iniziano a preoccuparsi. Cox confida più tardi ad Elliot che teme di aver perso il suo infallibile istinto di medico. Elliot stessa scoprirà più tardi che, in realtà, il dottor Cox l'ha ingannata e che aveva già dato all'infermiera Roberts le indicazioni per curare la Signora Goldstein. Cox spiegherà che era semplicemente preoccupato che le persone, dopo quanto accaduto, lo avrebbero percepito diversamente così ha finto per vedere se le sue impressioni erano esatte. Nel frattempo Turk ha più libertà nel gestire la propria vita rispetto a Carla che, essendo incinta, deve prestare più attenzione a ciò che fa. Turk sembra non curarsi della gravidanza della moglie e degli impedimenti che quest'ultima deve subire. Carla si risente e proibisce a Turk di fare tutto quello che lei non è momentaneamente in grado di compiere. Turk però, dopo un breve periodo in cui acconsente alla richiesta di Carla, reagisce e, nonostante le minacce della moglie, beve una birra presa dal frigo. Carla gli dà uno schiaffo ma poco dopo avverte un forte dolore alla pancia. I due allora si precipitano in ospedale dove risulta che il dolore era solamente un normale dolore da gravidanza. Quando ritornano a casa Carla spiega a Turk che sarebbe bello se lui fosse un poco più coinvolto nella gravidanza. Lui si trova d'accordo e decide di assecondare Carla.

J.D. stringe amicizia con l'urologa dell'ospedale, la dottoressa Kimberly Briggs. Inizialmente pensa che lei sia un nuovo membro del Sacro Cuore , ma scoprirà poco dopo che in realtà lei lavora all'ospedale fin da quando lui ha iniziato. La ragione per la quale non l'aveva mai vista è che lei era sposata ed esponeva la sua fede con orgoglio. J.D. non fa mai caso e non presta alcuna attenzione alle donne sposate con la fede e per questo motivo fino a quel momento lei gli era stata del tutto indifferente. J.D. chiede un consulto medico a Kim per il Signor Peters, un suo paziente che ha un carcinoma renale. Più tardi scoprirà anche che Kim è divorziata e decide, pertanto, così di provare e chiedere di uscire alla sua nuova amica. Nel frattempo Elliot sta considerando l'ipotesi di lasciare Keith, perché intende stare con qualcuno che sia forte caratterialmente e non venga sopraffatto da tutti come invece fa lo specializzando. Elliot, però, si renderà conto che anche Keith sa difendersi e soprattutto sa prendere le difese della sua ragazza nel momento in cui questi rimprovera Carla per essersi rivolta sgarbatamente ad Elliot. Il modo in cui Keith ha avuto il coraggio di parlare a Carla suscita l'ammirazione e il rispetto di Turk. Quando Elliot vede che in realtà Keith ha una spina dorsale decide di rimanere con lui. L'Inserviente e il dottor Kelso iniziano una piccola guerra personale dopo che l'Inserviente stesso ha rubato dei soldi dalla casa del primario, dove era andato su richiesta di quest'ultimo. Kelso si vendica fracassando il parabrezza del furgoncino dell'Inserviente. Questi furbescamente però aveva ripreso il vandalismo di Kelso con una telecamera. Kelso acconsente quindi ad una tregua e, per evitare continue rappresaglie dell'Inserviente, è d'accordo ad annunciare all'altoparlante che l'Inserviente è uno degli uomini più brillanti da lui conosciuti.

J.D. chiede a Kim un appuntamento e lei accetta. Lui è preoccupato perché non ha idea di dove portarla e teme di non fare una bella impressione se la sua scelta si rivelasse sbagliata. Decide così di chiedere un consiglio ad Elliot. J.D. sembra aver fatto la scelta giusta quando decide di andare a cavallo in spiaggia ma la scelta, apparentemente felice, si rivelerà molto dolorosa per lui quando sarà costretto a cavalcare senza sella. Dopo la loro cavalcata romantica sulla spiaggia J.D. prova così tanto dolore che Kim, essendo un'urologa, è costretta ad esaminare i suoi testicoli doloranti. Più tardi all'appartamento di Elliot, J.D. e Kim stanno quasi per darsi il loro primo bacio quando Elliot interviene e li interrompe. Nel frattempo, la pancia di Carla sta crescendo e tutti sono ansiosi per la futura nascita del bambino. Elliot, molto entusiasta della gravidanza dell'amica, organizza nella mensa una festa per il bambino di Carla e Turk. Jordan e il dottor Cox regalano alla coppia tutti i vestiti e i giochi che Jack non usa più ma, poco dopo, saranno costretti a riprenderseli perché Jordan scoprirà di essere nuovamente incinta. La novità è particolarmente dura da digerire per Jordan e Cox poiché entrambi non avevano intenzione di avere un nuovo figlio e anche perché Jack stava finalmente diventando un po' più grande e i due speravano, così, di poter far tornare le loro vite alla normalità. I due, però, accetteranno la nuova gravidanza e decideranno di tenere il bambino. J.D. riesce a chiedere a Kim un altro appuntamento e passeranno l'intera nottata sul terrazzo di J.D. Infine due settimane dopo quel appuntamento, quando J.D. si presenta a casa di Kim con un mazzo di fiori, lei gli comunica che è incinta.

J.D. si rende conto che sta per diventare padre; il dottor Cox è preoccupato all'idea che la sua rabbia influenzerà i suoi figli; Carla e Turk si organizzano per l'imminente arrivo del loro neonato; Elliot si sente tagliata fuori, in quanto è l'unica senza figli; l'inserviente medita se ha buttato via la sua vita. J.D., il dottor Cox e l'inserviente hanno a che fare con pazienti che sono ritratti dall'attore che interpreta il rispettivo personaggio (Zach Braff, John C. McGinley e Neil Flynn), come se si guardassero allo specchio. La paziente di J.D. è Ms. Zeebee (il cognome del personaggio è costituito dalle iniziali dell'attore interprete); il paziente del dottor Cox è "il signor Slydell" (come un personaggio di un suo precedente ruolo); il degente che stringe l'amicizia con l'inserviente si chiama O'Neil (come il nome di battesimo dell'attore): mentre l'inserviente tormenta J.D., il signor O'Neil è tormentato dalla mancata laurea in legge (in inglese "Juris Doctorate", abbreviato in J.D.). Alla fine dell'episodio, le facce dei pazienti si trasformano nelle facce dei personaggi principali correlati, rivelando loro la correlazione. Alla fine, Turk aiuta l'inserviente a giocare uno scherzo a J.D. trasformandolo in una bandiera.

Carla deve partorire e viene quindi ricoverata in ospedale. Turk e J.D. sono pronti per festeggiare l'evento con una banda musicale. J.D. e Kim intanto devono decidere se tenere o meno il bambino. Alla fine chiederanno consiglio a Jordan e decideranno di tenerlo. Turk rimane per sbaglio intrappolato nella macchina del ghiaccio, in quanto sarebbe servito a Carla per raffreddare la sua bibita. Per questo motivo non riuscirà a stare vicino a Carla fino al momento del parto, quando riuscirà a togliere la mano incastrata ed andare in sala operatoria e vedere nascere sua figlia. Isabella "Izzie" Turk è nata e tutto il Sacro Cuore fa le congratulazioni alla neo-mamma Carla e al neo-papà Turk.

Al Sacro Cuore viene aperta una caffetteria. Elliot ha in cura un altro dottore, il dr. Turner, che preferisce fare un intervento rischioso piuttosto che far uso di medicinali. Carla intanto decide di prendersi un anno di ferie dal lavoro per stare con sua figlia Izzie e Turk non è per nulla felice di questa decisione. Alla fine il dr. Turner chiede a Elliot se vuole diventare un medico privato invece che lavorare sempre come comune medico al Sacro Cuore. Elliot accetta il nuovo lavoro. Kim informa J.D. che le è stato appena offerto un lavoro a Takoma, Washington.

Al Sacro Cuore una donna viene ricoverata perché deve partorire, inspiegabilmente il marito è di colore arancione. Cox inizia quindi a cercare di capire perché questo accada, in quanto non c'è nulla che se ingerito o usato sulla pelle possa far diventare questa di colore arancione. Cox nota che l'uomo beve spessissimo succo di pomodoro e altrettanto spesso mangia delle carote. Elliot intanto è arrabbiata con Turk e quest'ultimo non riesce a capirne il motivo. L'Inserviente nel frattempo si è dato alla verniciatura e vernicia diverse stanze nell'ospedale. Sarà proprio la sua vernice a far capire a Cox come mai il suo paziente è arancione: il bere tantissimo succo di pomodoro può far diventare rossi, mentre una persona che mangia tantissime carote diventa gialla. Una persona invece che assume grandi dosi di entrambe le cose diventerà arancione, in quanto se si mischia il colore rosso con il colore giallo si ottiene l'arancione. Cox scoprirà anche il motivo dell'arrabbiatura di Elliot: Turk la stessa mattina le aveva detto che non sarebbe cambiato nulla dopo che lei fosse diventata una dottoressa privata. Elliot si è infuriata in quanto il nuovo lavoro che ha scelto è meglio del precedente, sia a livello monetario e retributivo, sia a livello lavorativo, in quanto si lavora meno per guadagnare di più. L'unico mistero che Cox non riuscirà a risolvere è quello di chi piange sempre ogni sera. Ogni notte si sentono dei lamenti nell'ospedale e nessuno ha mai capito chi fosse: era in realtà Carla, in preda alla depressione post-partum.

Elliot è diventata ricca e può permettersi di tutto e di questo J.D. è felicissimo. Cox e l'Inserviente intanto decidono di cooperare al fine di trovare una stanza dell'ospedale libera in cui potersi rilassare senza nessun altro. L'Inserviente trova la stanza di un uomo morto lussuosissima. Cox decide allora di tenere nascosta la morte del paziente a Kelso, al fine di poter usufruire senza problemi della stanza. I due "amici" si chiudono dentro alla stanza e guardano partite di football, bevono birre e dormono. Cox però dopo alcune stravaganze dell'Inserviente decide di andarsene. L'Inserviente decide allora di murare la porta di entrata e di rimanere chiuso dentro alla stanza per sempre, o almeno finché c'è cibo. Cox è dubbioso dopo il fatto che, tornando alla loro stanza, la porta non ci fosse più ma che all'interno si sentisse della musica, che altro non era che la musica prodotta dallo stereo acceso dall'Inserviente. J.D. e Cox intanto si sono schierati contro Elliot per il fatto che per loro il medico privato è un medico "traditore" che sfrutta solo per soldi le sue conoscenze. Alla fine però J.D. confesserà che la sua non è altro che invidia. Cox alla fine dell'episodio scala l'intero edificio con un piccone ed entra nella stanza dell'Inserviente dalla finestra per decidere cosa farne. Kelso però sfonda il muro con una motosega e rimprovera il medico e l'Inserviente per ciò che hanno fatto.

Una paziente ha un aneurisma cerebrale e, per questo motivo, sente tutte le persone esprimersi cantando come in un musical.

L'episodio è raccontato tramite il punto di vista di Kelso. Al Sacro Cuore arriva un ex-militare ferito in Iraq di nome Dancer. Kelso lo prende in simpatia e i loro discorsi sulla guerra e i politici fanno nascere una vera e propria rivalità tra tutto l'ospedale che si divide in due gruppi: democratici e repubblicani. Cox e Turk sono entrambi democratici e diventano quasi amici, mentre Elliot e Keith sono repubblicani. Tra le due "coppie" continuano a nascere battibecchi per tutto il giorno. Kelso passa invece la giornata con il soldato Dancer e rivede in lui gli anni che aveva passato da giovane in guerra. Kelso si accorge alla fine che se vuole far funzionare l'ospedale e tenere sotto controllo i medici deve fare la parte del cattivo, come spiegatogli anche dallo stesso Dancer. Kelso infatti zittisce tutti con delle minacce e ognuno inizia ad odiarlo, mentre lo stesso Kelso capisce che è bloccato in una situazione irreversibile e che dovrà sempre fingersi ciò che non è: cattivo.

Kim sta per fare la sua prima ecografia, inizialmente J.D. pensa di non andarci poiché è molto impegnato nel cercarsi un nuovo appartamento, però, poi capisce quanto sia importante e decide di andarci. Carla, Elliot, Keith decidono di accompagnarlo e grazie a Ted useranno il nuovo camper del dottor Kelso, dove si è nascosto l'inserviente. Intanto tramite un'ecografia si scopre che il bambino che aspetta Jordan dovrà essere operato ancora prima di nascere. J.D. arriva all'ospedale dove lavora Kim, ma lei gli dice che ha subito un aborto e che ha ricevuto un'offerta di lavoro permanente nel nuovo ospedale; così J.D e Kim si lasciano da buoni amici. Alla fine della puntata si vedrà però Kim fare l'ecografia, scoprendo quindi che ciò che ha raccontato a J.D. era una bugia. Nel frattempo l'operazione del figlio di Jordan e Cox va bene, e si scopre che sarà una bambina.

Senza casa e ormai single, J.D., spinto dalla disperazione, decide di chiedere un consulto medico. Intanto il dottor Kelso raduna i medici e gli impone "in ogni luogo e in ogni tempo" di mentire ai pazienti, evitando loro preoccupazioni e all'ospedale inutili cause. Turk, invece, occupatosi di J.D. tutta la settimana e succube di un suo assistente, chiede a Carla ed Elliot di occuparsene. L'inserviente stuzzica J.D. nonostante la distanza...

Turk accompagna JD a vedere un appartamento e, a causa di un'imprudenza, Turk si rompe il braccio. Non potendo operare con il gesso, Turk viene obbligato dal dottor Kelso di dover fare da assistente medico al dottor Cox, ma da subito ha problemi ad integrarsi per la poca conoscenza delle patologie e delle loro cure e perciò viene escluso dal dottor Cox. Intanto Elliot chiede a Keith di andare a vivere con lei, e JD che ha in cura Brian Dancer, il soldato, conosce la fisioterapista Ann Chase, la quale aiuterà Brian a renderlo capace di scrivere il proprio nome entro un mese. Con il passare del mese Elliot, grazie all'aiuto di Carla, cerca di andare incontro a Keith per avere una convivenza pacifica, cosa ritenuta complicata a causa delle regole ferree della stessa, Turk per studiare medicina si farà aiutare da Carla in modo da farsi notare dal dottor Cox e JD, che inizialmente finge di uscire con la fisioterapista per dar forza a Brian in un momento difficile per lui, viene respinto veramente dalla stessa quando le chiede davvero di uscire e questo gli fa capire che sta superando la fase depressiva dovuta ai problemi avuti in quel periodo.

Durante il turno di notte c'è poco movimento dentro il Sacro Cuore, dove l'ultimo paziente arrivato è un uomo con seri danni fisici causati da un tentativo di suicidio. JD, Elliot, Turk e Carla stanno di guardia a quell'uomo e, nel frattempo, ripercorrono tutti i vari momenti vissuti dentro l'ospedale dal loro arrivo.

Brian Dancer, il soldato ricoverato, viene dimesso dalla clinica del Sacro Cuore ma poco dopo viene ritrovato svenuto nel suo letto, facendo credere ai medici che abbia provato a suicidarsi. Una volta sveglio si scopre il perché del gesto: non è stata accettata la sua richiesta di rientrare nell'esercito. Nonostante tutti vogliono aiutarlo, lui non accetta il loro aiuto dicendo che non riesce a fidarsi di persone che non riescono ad essere sinceri l'uno con l'altro. Ma alla fine, maggiormente grazie all'aiuto di Elliot, riesce a reagire e andare via dall'ospedale.

Kelso ha un'amica con cui si ritrova su una panchina al parco, Maggie Suarez, che ha problemi di salute. Kelso decide così di portarla al Sacro Cuore, dove si scopre che la donna non ha l'assicurazione sanitaria. Grazie alla collaborazione dello staff dell'ospedale Maggie riesce tuttavia ad essere ricoverata evitando che Kelso scopra la verità su Maggie. Intanto un ex-paziente tossicodipendente di Elliot, Sam, è il nuovo terapista di gruppo al Sacro Cuore, e ciò rallegra Elliot, convinta che le persone possano cambiare. Cox sostiene invece che le persone siano sempre le stesse di sempre, anche quando Sam racconta che ormai si è disintossicato. L'Inserviente nel frattempo ricatta Carla con strambe richieste visto che 2 anni prima aveva smarrito Rowdy e lo aveva sostituito con Stephen, un cane impagliato identico a Rowdy, ma lei non gli dà corda. Kelso si indigna nello scoprire che gran parte delle spese del Sacro Cuore sono per camici (Scrubs in inglese), i quali vengono rubati di continuo da tutto lo staff. Decide quindi di far indossare a tutti dei camici scuri monocolore per ripicca. Carla scopre però che Rowdy è come un fratello per Turk, e pur di riaverlo dall'Inserviente acconsente alle sue richieste. Escogita poi un piano con Laverne per recuperare Rowdy all'insaputa dell'Inserviente. Mentre Kelso è al parco incontra nuovamente Maggie, le cui condizioni sanitarie non sono migliorate. Kelso, sconvolto, scopre che l'amica non è assicurata e ritorna furioso in ospedale. Cox riesce a far confessare Sam che in realtà non si è disintossicato, ma che anzi si è circondato di tossici per avere più facilmente le dosi. Nonostante ciò, Cox lascia credere ad Elliot ciò di cui è convinta per non farle perdere la fiducia nelle persone. Carla confessa a J.D. e Turk della storia di Rowdy, ma essi non sembrano arrabbiarsi. Kelso intanto fa ritornare i camici colorati in ospedale, convinto da Turk.

Al Sacro Cuore arriva un bambino gravemente ferito, ciò da modo a Cox e Laverne di creare un lungo dibattito sulla religione e il destino. Laverne sostiene che l'intera vita sia solo una prova, che ogni cosa che capiti al mondo è destinata ad accadere e che c'è sempre un motivo per ogni cosa che accade. Cox invece sostiene l'esatto opposto. Nel frattempo Carla ha assunto una nuova tata (Mircea Monroe) per sua figlia Isabella, ma Turk si trova in grande imbarazzo dato che ne è fisicamente attratto. Proprio per questo l'intero reparto di chirurgia finisce per guardare le telecamere di sicurezza della casa di Turk in cui è ben visibile la nuova tata, e Carla appena lo scopre si infuria. Elliot nel mentre si fa aiutare dall'Inserviente per portare ad una paziente il suo cagnolino perso qualche giorno prima. L'episodio si conclude con Cox sgomento che, dopo essere rientrato in ospedale per il turno di notte, viene informato del fatto che Laverne ha avuto un grave incidente d'auto ed è entrata in coma da diverse ore dopo la loro discussione.

Dopo l'entrata in coma di Laverne, quasi tutti vanno a salutarla pensando non abbia più speranze tranne Carla. Nel frattempo, Jordan partorisce e si aspetta la visita dei suoi amici, ma il dottor Cox non vuole dire in giro questa bella notizia per non collegare la nascita della figlia con la morte di Laverne e, perciò, farà di tutto per non spargere la voce. Alla fine anche Carla capisce che deve salutare la sua amica prima che sia troppo tardi e, dopo averla salutata, Laverne passa a miglior vita.

Dopo il funerale di Laverne, la vita nel Sacro Cuore riparte con la solita routine e questo a Carla non va giù. Keith decide di voler lasciare Elliot perché non vede che lei ricambia l'amore che prova lui. Il dottor Cox cerca di stare un po' in pace ma tutti cercano il suo aiuto. JD e Turk hanno in cura un bambino non udente, il quale secondo le analisi non ha nulla di grave e, in più, si trova in un'età in cui può essere curata la sordità ma il padre, anche lui non udente, non vuole. Grazie a un permesso della madre, il bambino viene operato e i due dottori capiscono che il padre vuole il meglio per il figlio, ma sentiva un legame forte con il figlio grazie alla sordità. Alla fine Carla assimila il lutto e Elliot confessa il suo amore a Keith.

Questa volta si seguono le storie di Ted, Jordan e il Todd. Ted cercherà di aiutare le infermiere, Jordan, che prima mette i bastoni tra le ruote a Elliot e Keith, cercherà di sistemare il danno fatto e Todd dovrà convincere Turk a non litigare con il primario del reparto di Chirurgia Estetica.

Keith va via per qualche giorno e JD prende l'occasione per passare un po' di tempo con Elliot, cosa che i due amici fanno sempre più raramente, ma lei declina l'offerta dicendo di avere un altro impegno. Ma in ospedale arriva Melody, un'amica di Elliot del college, e Elliot decide di uscire con lei e JD ci resta male e quella sera, a causa di un malinteso, fa infuriare Melody con l'amica. Una volta chiarite, JD chiede scusa a Elliot e le spiega che gli dispiaceva il loro allontanamento da amici, ed Elliot gli promette che ci saranno altri momenti per loro. Il dottor Cox e Turk si sballottano il fattorino Lloyd, ricoverato per un dolore, dal reparto di medicina al reparto di chirurgia creando una sfida tra i due. Infine si scopre che Keith era andato via per andare dal padre di Elliot per chiedere il permesso di sposare la figlia e, inginocchiandosi, le chiede di sposarlo davanti alle facce sbalordite di JD e Melody.

Sfortunatamente l'anello di fidanzamento non entra al dito di Elliot e lei, a richiesta di Keith, decide di fargli rifare la proposta come ha sempre sognato che fosse, in modo da dargli tempo per allargare l'anello. Intanto Turk chiede alla moglie di fare sesso ma lei dice di non essere ancora pronta, e Carla ed Elliot scoprono che i valori delle analisi di due anziani sono compatibili e non sanno cosa abbiano, ma il dottor Cox e il dottor Kelso capiscono subito che possa essere una malattia venerea, cosa che sorprende molti dello staff medico e mostrando un tabù sul "sesso tra anziani". Alla fine JD dopo tanti tentativi si rassegna con Melody, che voleva andare non oltre la pomiciata, Carla accetta la richiesta del marito, e Elliot riceve la proposta così come la sognava e JD capisce che al posto di Keith voleva esserci lui.

Il fidanzamento tra Keith ed Elliot è pubblico e, per non pensare ad Elliot, JD parte per un convegno a Phoenix con Turk dove incontra Kim e scopre che aveva mentito sull'aborto e facendo imbestialire JD. Intanto al Sacro Cuore l'inserviente fa la parte del primario dell'ospedale, causa l'assenza del dottor Kelso, spendendo soldi per delle attrezzature ed Elliot organizza il matrimonio obbligando il dottor Cox ad essere presente alla cerimonia, dandogli il permesso di usare un macchinario della clinica privata per cui lavora, ma lui le rovina il momento felice facendole capire che forse ha detto di sì alla proposta di Keith perché era l'unica persona dentro l'ospedale con cui poteva avere una storia. Ma dopo una sfuriata di Jordan, il dottor Cox rassicura Elliot che Keith riuscirà a stare con lei senza problemi ma comincia lo stesso ad avere dei dubbi sul matrimonio. JD ancora infuriato decide di non aspettare Kim e ripartire per l'ospedale, dove ritrova la stessa Kim, che gli chiede il perché non l'abbia aspettata, ed Elliot, che gli chiede se per lui è giusto che sposi Keith.

J.D. apprende che il bambino di Kim è un ragazzo, ma non è sicuro se possa mai fidarsi di lei abbastanza per stare con lei. Ma poi Turk e Cox insegnano a J.D. una lezione sulla paternità. Nel frattempo, Carla dovrebbe pianificare la festa di addio al nubilato di Elliot, ma Elliot continua a prendere il sopravvento.

J.D. e Kim si trasferiscono insieme mentre Elliot e Keith continuano a pianificare il loro matrimonio, ma mentre ciascuno di loro compie grandi passi nella propria vita, J.D. ed Elliot iniziano a farsi prendere dal panico e si chiedono se davvero appartengono ai loro rispettivi partner. Janitor e la sua nuova fiducia nel cervello cercano di rendere Keith un marito migliore. Nel frattempo, il dottor Cox continua ad essere arrabbiato perché J.D. è il padrino di sua figlia.

JD ed Elliot si stanno per baciare ma, quando JD riapre gli occhi, si accorge che lei si è alzata e riflette sul fatto che sposare Keith non sia la cosa giusta. Elliot lascia il suo fidanzato. Successivamente, in preda ai sensi di colpa, torna con lui. Keith crede che le cose tra loro si siano risistemate ma Elliot, più consapevole delle sue scelte, lo lascia una seconda volta. L'inserviente presenta la sua fidanzata a JD. Questi non può fare a meno di pensare alle parole di Turk, convinto che l'amico non provi reali sentimenti per Kim e che l'unico legame che li unisce è il bambino.

Kim arriva all'ospedale con le doglie ed esprime a JD il suo amore. JD dice a Kim che spera in futuro di poter ricambiare il suo sentimento ma, in questo momento, non riesce a provare lo stesso. Kim chiede a JD se l'unico motivo per cui stanno ancora insieme è il loro bambino, e lui, non riuscendo a mentirle, dice di non riuscire a risponderle. Kim allora caccia JD dalla sala parto, dicendo che tra loro è tutto finito. La figlia del dottor Cox ha bisogno di un'iniezione: il padre però si rifiuta di fargliela in prima persona perché non vuole che in futuro la figlia possa identificarlo con un'immagine dolorosa. Arrivato in ospedale, non riesce a darsi pace perché non trova una persona che ritenga in grado di fare una buona iniezione. Turk è ossessionato da un videogame e finché non lo finirà non si sentirà in grado di pensare alla figlia. Carla decide di aiutarlo a portare a termine il gioco. All'ospedale arriva una nuova infermiera, Shirley, che assomiglia moltissimo a Laverne ma solo JD se ne accorge. JD decide di tornare in sala parto anche contro la volontà di Kim perché vuole stare vicino sia a lei che al bambino. Dopo la sua nascita, Kim ringrazia JD per essere tornato in sala parto, ma conferma che la loro relazione è finita.

Dopo la nascita del piccolo Sam, tutti dicono a JD che lui ha paura di crescere e, quando suo fratello Dan viene a fargli visita dicendogli che deve crescere, JD non vuol accettare il fatto che Dan sia diventato più maturo di lui. Dan gli regala inoltre una monovolume che JD non vuol accettare per dimostrare di non aver bisogno dell'aiuto del fratello maggiore. Nel frattempo l'inserviente decide di diventare "ispettore ambientale" dell'ospedale dopo che Ted gli ha mostrato il film Una scomoda verità ma, dopo solo 36 ore, si arrende.

L'inserviente fa notare a JD che lui usa dei soprannomi per tutto il personale dell'ospedale perché non sa quali siano i loro veri nomi. I due fanno una scommessa: se JD non imparerà i nomi di tutto il personale dovrà fare il lavoro dell'inserviente per un giorno intero, mentre se vincerà l'inserviente farà veramente il suo lavoro per un giorno intero. Carla parla in spagnolo a Izzy per paura che le sue tradizioni latine vadano perse mentre Turk si accorge di non conoscere le sue radici. La famiglia del dottor Cox va via per un breve periodo e lui si rende conto che è solo e che ha bisogno che qualcuno gli stia vicino. Arriva addirittura a sostenere di essere diventato amico di JD pur di non mostrare ad Elliot che si sente solo. JD indovina tutti i nomi delle foto del personale ma l'ultima è quella dell'inserviente e nessuno conosce il suo vero nome.

Nel giorno del compleanno di Kelso, Elliot prova in tutti i modi a scoprirne la vera età per potergli organizzare una festa, ma nessuno sa qual è. Grazie all'aiuto dell'inserviente scopre che ha 65 anni. Il presidente della commissione ricorda a Kelso che alla sua età deve lasciare il posto di primario per andare in pensione. Il dottor Cox avrà problemi con i genitori di un suo paziente di 11 anni con la leucemia al quale loro non vogliono comunicare di cosa è malato.

ll dottor Kelso iscrive il Sacro Cuore su "RateYourDoc.org" un sito nel quale i pazienti possono votare il loro dottore preferito. Il dottor Cox e Turk faranno di tutto per far perdere il primo posto a JD; Carla prova ad immaginare perché la fidanzata dell'inserviente è innamorata di lui. Nel frattempo Elliot ha in cura una paziente affetta da SLA che tenta di andare in overdose di farmaci per potersi suicidare.

Nell'anniversario del loro primo appuntamento Carla e Turk vogliono farsi il regalo perfetto. Turk decide di imparare lo spagnolo ma, dopo la "colacena" (colazione+cena) che gli prepara Carla, pensa che il suo regalo non sia sufficientemente adatto. Non le rivela di aver imparato lo spagnolo e le promette un regalo in una gioielleria. Nel frattempo si rende conto dei vantaggi che gli porta conoscere lo spagnolo senza che Carla lo sappia. Il Dottor Cox decide di lasciare a dieta Kelso buttandogli via tutto il cibo. JD farà di tutto perché il suo paziente possa partecipare alla cerimonia del suo diploma.

Carla rivela che Turk ha un solo testicolo allora lui cerca di dimostrare la sua virilità battendo a wrestling tutti gli altri chirurghi e poi anche JD. L'inserviente crea un giornale nel quale inserisce in prima pagina la sconfitta di JD contro Turk; in seguito, per vendicarsi del dottor Cox che gli dà dello stupido, scriverà un articolo con una finta intervista nella quale il dottor Cox rivela di sentirsi solo e di aver bisogno di esser continuamente abbracciato. JD inizia a pensare a come lo vedrà il figlio in futuro e, per questo motivo, sfida di nuovo Turk. Questa volta riesce a batterlo con una gomitata e poi fugge. Fino a quando i due non trovano un compromesso ispirandosi a Rocky. Elliot si accorge che il Dr. Kelso ha bisogno del suo aiuto per evitare il pensionamento.

Per far addormentare suo figlio Jack, il dottor Cox gli racconta una giornata tipica dell'ospedale trasformata in favola, che vede protagonisti il personale del Sacro Cuore trasformato in personaggi fantastici: nel villaggio Sacro Cuore ci sono una principessa (Elliot), l'idiota del villaggio (JD), e la strega a due teste Turla (Turk e Carla). Il gruppo cerca di sconfiggere un mostro che alberga nell'anima della dama di compagnia assieme al cavaliere Parsifal Cox tentando di sfuggire al malvagio Lord Oslek che vuole rinchiuderli nelle segrete; inoltre ci sono anche un gigante (l'inserviente), un mostro gobbo (Ted), la fatina Toddy (Todd) e le ninfe della foresta (due specializzandi). Il gruppo riuscirà a sconfiggere il mostro dopo aver trovato l'Anello d'Oro. Nella realtà ospedaliera, questa storia altro non è che la cura verso una paziente con un male inspiegabile da parte del gruppo. Si crede quindi che la malattia sia debellata, ma alla fine Cox dice a Jordan: "Diciamo che, beh, è così che la racconto". Questo fa intuire che alla fine la paziente sia realmente morta per la malattia.

Il dottor Cox non riesce a capire di cosa sia affetto un suo paziente e JD e Turk cercano di ridurre l'autostima del dottor Cox. Carla ed Elliot fanno di tutto per convincere il presidente della commissione a non far andare in pensione Kelso. Quest'ultimo passa tutta la giornata a parlare con uno specializzando di ciò che è stato per lui il Sacro Cuore. Cox intanto affida un campione delle urine del suo paziente a J.D. che, dopo aver parlato con Turk, lo dimentica sulla ringhiera dell'ingresso. Le urine esposte al sole diventano viola. Dopo aver fatto una ricerca con Google, i due scoprono che il paziente è affetto da porfiria acuta intermittente e trovano il modo di rinfacciarlo al dottor Cox. I rappresentanti riescono a convincere la commissione a ritirare la richieste di dimissioni ma con grande sorpresa Kelso decide di concludere egualmente la sua carriera con un sorriso stampato in volto.

Il dottor Cox è il nuovo primario provvisorio del Sacro Cuore dopo che Kelso ha deciso di andarsene in pensione, ed è ora sommerso da mille problemi, ma adora il suo nuovo titolo. La figlia di Cox, Jennifer, intanto, è costretta a un'operazione allo shunt cardiaco e quindi Perry non ha il tempo di fare altro. JD e Elliot prendono un appuntamento con un vecchio paziente di Elliot che deve ricevere un rimborso da parte dell'azienda farmaceutica Plomox, nell'attesa fanno uno scherzo ad un fast food e l'impiegato viene poi rapito. Ted, grazie all'inserviente, finalmente capisce che è ora di iniziare a pensare con la propria testa. L'inserviente decide inoltre di spostare nell'ex-ufficio di Kelso la sede del suo "Club dei Cervelloni" (BrainTrust) ma il nuovo Ted comincia a dargli problemi e dopo un'insurrezione forma i "Cervelloni Bollenti" (BrainBounch) assieme al Todd e comincia una lite tra i due gruppi, JD assistendo allo scontro parla a Sammy chiedendosi cosa succederebbe se Ted e l'inserviente avessero un figlio loro e da lì nasce una sit-com nella testa di JD: i "Custodi Legali" (Legal Custodian). Turk, ancora ha problemi con il fatto di avere solo un testicolo e rischia di perdere anche l'altro a causa di una bottiglia di champagne, Carla, preoccupata dal fatto che Turk potesse rimanere per sempre senza testicoli, decide di avere un altro figlio, ma Turk non è dello stesso parere.

Il nuovo primario dell'ospedale è la dottoressa Taylor Maddox (Courteney Cox), considerata non solo molto sexy ma anche molto amichevole. J.D. è alle prese con nuovi specializzandi particolarmente problematici: Katie è un'arrampicatrice che utilizza ogni mezzo per prevaricare sugli altri, Denise è insensibile verso i pazienti ed Ed è interessato a tutto fuorché alla medicina e ai pazienti. I tirocinanti esasperano J.D. e lui decide di non voler più occuparsi della loro istruzione, lasciando questa incombenza all'assistente dalla voce stridula. Il Dr. Cox è convinto che il nuovo primario sia in realtà un'idiota, ma si rifiuta di parlare con la diretta interessata. Ad Elliot viene fatto notare invece che è un'egoista egocentrica, soprattutto per il modo in cui ha trattato Keith. Così, soprattutto su spinta di Carla, la ragazza chiarisce una volta per tutte con il suo ex. Cox convince J.D. a riprendere i suoi specializzandi e gli fa capire che è un suo preciso dovere insegnare ai nuovi medici, indipendentemente dai loro comportamenti. Cox parlerà con la Maddox, che si rivelerà essere esattamente quello che lui temeva: un'idiota attaccata ai soldi. Inoltre la Maddox licenzia l'inserviente dopo averlo visto fare uno dei suoi soliti scherzi a J.D. e al suo posto viene chiamato un vecchietto cordiale.

J.D. e Turk si preparano per la "Notte Bistecca", una speciale serata in cui ogni anno mangiano bistecca fino a star male. La dottoressa Maddox intanto ha conosciuto Jordan e le due, entrambe meschine, diventano subito amiche. J.D. cerca di spiegare a Denise che deve essere gentile e premurosa con i pazienti, e cerca di convincere Ed a smettere di inventare nuovi saluti che lo infastidiscono. Alla fine arriva sera e, poco prima di partire per andare al ristorante, l'attenzione di J.D. e Turk viene attratta da un malato: si chiama George ed è terminale. L'uomo chiede loro un'ultima birra, che gli vanno ad acquistare (assieme a dei razzi da segnalazione). L'uomo, dopo essersi gustato la birra, lascia andare i due dicendo che i suoi parenti stanno arrivando, così J.D. lo lascia alle "cure" di Denise, tuttavia si scopre immediatamente che questo è falso, così i due giovani medici tornano sui loro passi e, rinunciando alla loro "Notte Bistecca", passano la serata con George per tenergli compagnia. La riflessione principale di J.D. sta nel fatto che vorrebbe che il suo ultimo pensiero fosse sereno; e in effetti è proprio quello che succede a George che, prima di addormentarsi per l'ultima volta, si rende conto che la birra che ha bevuto era veramente buona. J.D. e Turk, in suo onore, vanno sul tetto dell'ospedale a bere birra e lanciare razzi in aria.

Tutti nell'ospedale sono alle prese con l'onnipresente dottoressa Maddox, che impedisce qualsiasi trucco per aggirare il sistema ed aiutare i pazienti senza assicurazione. Il dottor Cox ne fa una questione personale, tanto da coinvolgere anche l'inserviente per riuscire a farla licenziare. Alla fine, tutti si alleano contro la Maddox, ma diventa fondamentale l'intervento di Kelso per ottenere il suo licenziamento. Così Cox si ritrova a chiedergli scusa e ad ammettere che averlo come primario era meglio, perché era un nemico che conosceva. Dopo questa confessione, Kelso riesce a convincere il consiglio a cacciare la Maddox e, dopo questo avvenimento, i rapporti tra Kelso e Cox saranno molto più amichevoli. Nel frattempo, Carla sorprende la specializzanda Katie a prendersi il merito con Elliot per una cura che non ha eseguito veramente lei, allora le parla per farle capire quanto i suoi modi relazionali e lavorativi siano deleteri per lei. Alla fine, Katie inizierà a comportarsi in modo più umile.

Kelso si aggira ancora per la caffetteria a caccia di muffin (ha ancora la fornitura a vita), ma ora viene visto dal personale sotto una luce del tutto nuova: tutti si chiedono come mai passi tanto tempo in ospedale nonostante non lavori più lì. Così Kelso finge di dover partire con sua moglie, ma durante un'uscita per pranzo J.D. ed Elliot lo scovano nascosto in un'altra caffetteria. I due, che passano sempre più tempo insieme, cercano di aiutarlo con una comunione di intenti tale da fargli pensare che loro due stiano di nuovo insieme e quando Kelso esprime questa sua impressione, J.D. ed Elliot iniziano a ripensare al loro rapporto, ma in modo non molto sincero. Durante un vero e proprio confronto, i due esprimono i loro sentimenti a viso aperto, confessando di volersi ancora bene come un tempo ma di avere paura che le cose possano andare male di nuovo. Kelso fa loro capire che bisogna fare ciò che ci rende felici e affrontare le proprie paure ascoltando i sentimenti. Intanto alla luce del licenziamento di Maddox, l'Inserviente e Jimmy ("the overly touchy orderly", ovvero "l'inserviente maniaco del contatto fisico") sono stati riassunti. Ted è felice del ritorno dell'inserviente fino a quando lui lo costringe a fare il suo lavoro rivelandogli che in realtà è solo tornato all'ospedale, ma non è stato ancora riassunto. Tuttavia, con uno stratagemma, l'inserviente riesce nell'intento. Intanto il Dr. Cox e Turk continuano con i loro litigi: questa volta è Cox che confessa di non fidarsi dei chirurghi, dato che ogni volta che chiede un consulto assiste alla visita di Turk. Stranamente sarà Todd questa volta a far capire al Dr. Cox che se si fidasse un po' di Turk i loro dissidi finirebbero. Alla fine J.D. riflette su ciò che Kelso ha detto a lui ed Elliot, così decide di seguire il consiglio e capisce che per loro è giunto il momento di tornare insieme.

Ormai gli specializzandi sono rodati ed è ora di scegliersi i propri lacchè personali. Così J.D., Elliot e Cox si prendono rispettivamente Denise, Katie ed Ed. Ma le cose non vanno proprio come speravano e, in mezzo alle fantasie di J.D. sui Muppet, Cox si rende immediatamente conto di odiare Ed, anche se non capisce il perché e J.D. è impressionato dall'eccessiva mascolinità di Denise. Solo Elliot al principio sembrerà andare d'amore e d'accordo con Katie, poiché si rivede in lei quando aveva appena iniziato, ma alla fine scoprirà che la ragazza l'ha manipolata per tutto il tempo per essere ulteriormente avvantaggiata rispetto agli altri. Dopo aver consultato persino l'inserviente, Cox capisce che detesta Ed perché è pigro e non sprecherà mai un minuto di più dello stretto necessario. J.D. tenterà di insegnare a Denise la compassione per i pazienti fallendo miseramente. Tutti e tre i medici si ritroveranno quindi a osservare i propri terribili specializzandi sperando che quell'anno passi il più in fretta possibile.

J.D. ed Elliot sono tornati insieme. Il loro rapporto sembra più maturo e amano condividere le piccole cose. Però i due non hanno ancora fatto sesso perché entrambi vogliono che sia una cosa speciale. Così nel suo giorno libero, Elliot promette a J.D. che, quando tornerà a casa, passerà la notte più speciale della sua vita. Questa sua stessa dichiarazione la getta nel panico, poiché conosce talmente bene J.D. che non sa più cosa inventarsi per sorprenderlo. Così, dopo essersi sfogata lasciando un messaggio alla segreteria telefonica di Carla che è fuori città perché sua zia ha avuto un incidente, rincorre Turk per tutto l'ospedale nei suoi 'pantaloni da biscotto' per capire cosa può piacere a J.D. Dopo aver formulato delle ipotesi molto strampalate, Turk le rivela che il motivo per cui lui e Carla sono così affiatati a letto, è che non cercano ogni volta di renderlo speciale, solo di entrare in sintonia. Alla fine Elliot dà ascolto al suo amico e segue i consigli di Turk, aspettando J.D. a casa esattamente come l'ha lasciato: con i 'pantaloni da biscotto'. J.D., al lavoro, è alle prese con la freddezza di Denise verso i pazienti e tenta di spingerla nella direzione giusta facendole capire che ognuno in ospedale ha i suoi difetti e deve lavorare sodo per cambiarli. Al Dr. Cox viene offerto il posto di primario. Spaventato dalla descrizione del nuovo lavoro da parte di Kelso, Cox inizialmente rifiuta ma, su spinta dello stesso Kelso (minacciato da Jordan), accetterà. Kelso stesso rivela di averlo raccomandato e i due si chiedono se per disgrazia non stiano diventando amici.

Il Dr. Cox è ufficialmente il nuovo primario di medicina e subito si rende conto che sarà una vita di sacrifici. Inaspettatamente, Kelso gli dà le prime dritte e gli rivela il lato negativo della sua nuova professione: il primario è obbligato a seguire le regole e ad assumersi molte responsabilità. Cox non potrà più comportarsi come prima. J.D. cerca comunque la complicità di Cox, ma se la vede rifiutare e ne rimane sconvolto. Così è Kelso a farigli capire che ora i "protagonisti sono cambiati": adesso Cox è ciò che una volta era Kelso e J.D. è il nuovo Cox destinato a opporsi a lui per mantenere l'equilibrio tra regole e buonsenso all'interno dell'ospedale. J.D. istigherà Cox a violare le regole ogni volta che ce ne sarà veramente bisogno, e Cox lo odierà per questo. Intanto Carla cerca di istruire Elliot sul modo di trattare con le infermiere. Elliot, infatti, rispetta solamente Carla ma tratta male le altre infermiere dell'ospedale. Così l'amica le fa capire che anche lei sta subendo da quando è diventata amica di due dottori e moglie di un chirurgo; così Elliot afferra la lezione e riesce ad avvicinarsi al gruppo delle infermiere, facendo loro capire che la sua amicizia con Carla può essere un buon modo per appianare i problemi fra medici e infermiere una volta per tutte.

Ted, dopo il rifiuto del dottor Cox di far cantare la sua band in pediatria, decide di andare a verificare il motivo di persona. Lì incontra Stephanie Gooch, una suonatrice di ukulele che si occupa dell'intrattenimento dei bambini. Ted si innamora della donna, ma non riesce nemmeno a parlare in sua presenza. J.D. e l'Inserviente, in tregua momentanea, aiutano l'avvocato a trovare un po' di fiducia in se stesso. Alla fine Ted riuscirà a confessare i suoi sentimenti a Gooch e i due cominciano a uscire insieme. Il dottor Cox vuole gestire tutti i suoi impegni in prima persona, ma ben presto si accorge che il tempo ridotto che può dedicare alle varie attività diminuisce inevitabilmente la qualità delle sue prestazioni. Così Cox si rassegna a farsi aiutare: sarà Jordan a occuparsi dei figli, Carla a gestire le infermiere e J.D. a dargli una mano con i pazienti. Inoltre decide di licenziare Ed a causa della sua pigrizia esagerata.

J.D. si è preso una pausa dal suo lavoro in ospedale ed è a casa in vacanza, ma Elliot sente molto la sua mancanza e i due si telefonano di continuo. Ciò dà vita a momenti esilaranti, soprattutto quando J.D. le chiede di mettere il telefono nella tasca del Dottor Cox per fargli sentire la sua voce. Elliot sta curando un'anziana amica di Kelso che ha da poco perso il marito e rimane sconvolta quando la donna muore per una semplice polmonite; Kelso le fa capire che a volte ci si può lasciare andare dopo aver vissuto tanti anni insieme, e così Elliot va in paranoia perché si rende conto di essere diventata troppo dipendente da J.D. Carla annuncia di essere incinta. Turk vuole festeggiare, ma nessuno dà a Turk troppa soddisfazione perché si tratta del secondo figlio. Alla fine lui si rende conto di come questo non sia importante poiché l'unica cosa che conta è che un altro bambino sta venendo al mondo. Carla, invece, è alle prese con un dilemma morale quando Cox le fa notare che non si interessa più ai suoi pazienti come una volta.

J.D. e Turk decidono di mettere in scena il loro annuale show coinvolgendo i nuovi specializzandi, che non ne sono proprio entusiasti. I due cercano in tutti i modi di farsi riconoscere la giusta comicità, ma la cosa gli si ritorce contro quando Denise e Sunny si ritrovano a fare uno sketch su di loro e a ridicolizzare le loro manifestazioni d'affetto reciproco. Intanto Elliot cerca di dare una lezione a Denise quando si rende conto che la specializzanda non pensa a vivere la sua vita e a divertirsi, ma al contrario passa troppo tempo in ospedale. Carla è alle prese con l'inserviente, che l'ha scoperta in un imbarazzante momento: mentre si stava togliendo un pelo; l'infermiera capisce che la cosa migliore sia convincere l'inserviente che la cosa non è mai accaduta e che lui inizia ad avere delle allucinazioni.

J.D. fa alcune riflessioni sulle mani e su come queste siano "finestre" dei sentimenti. Jordan è innervosita dal fatto che Perry porti la fede da alcuni mesi, e lui cerca di farle capire che lo fa perché la cosa lo fa sentire bene; Turk è alle prese con un paziente che rischia di rimanere paralizzato dal collo in giù e così, per dare speranza al padre, decide di tentare una terapia molto discussa e sperimentale per ridargli l'uso delle gambe, mentre l'inserviente è preoccupato perché la sua fidanzata, Lady, non vuole tenergli la mano e così si è convinto che lo voglia lasciare. Le riflessioni finali di J.D. lo portano a capire che le mani e i loro gesti possono esprimere amore, accettazione e, in alcuni casi, anche speranza.

J.D. si rende conto che è passato molto tempo da quando lui era uno specializzando. Questo lo porta a chiedersi cosa possano pensare i ragazzi che segue adesso in qualità di medico di ruolo. Ognuno di loro dimostra, attraverso la voce dei propri pensieri, tutte le sfumature di sensazioni provate anche da lui agli inizi: la ricerca di attenzioni e riconoscimento per aver fatto bene il proprio lavoro, il bisogno di una guida ed anche l'importanza di prendersi le proprie responsabilità. Turk è geloso perché J.D. si trova improvvisamente al centro dell'attenzione: in ospedale, infatti, si rendono tutti conto che J.D. è l'unico che riesca a far ragionare il nuovo primario Cox e a ottenere ciò che serve per migliorare la struttura. I due litigano, ma poi vengono riportati alla realtà dai commenti del nuovo tirocinante di chirurgia. Denise, invece, cerca l'approvazione di Elliot quando vorrebbe far eseguire un intervento delicato a una paziente, ma lei all'inizio non vuole ascoltarla. Quando accetta di sottoporre la ragazza a una biopsia, l'esame dà torto a Denise e procura una cicatrice alla paziente. Sunny, invece, è sorpresa quando si rende conto che l'inserviente non vuole farle scherzi come fa con tutti gli altri tirocinanti e dottori; lui le rivela che probabilmente lei non reggerrebbe alle sue "torture". Nel finale, J.D. si ritrova a constatare che in ogni caso la cosa migliore per tutti è quella di essere se stessi e dare il meglio per riuscire nel proprio lavoro.

Elliot e Turk si trovano insieme a fare il turno di notte all'ospedale e devono occuparsi non solo dei pazienti, ma anche di tutti gli specializzandi. A ognuno dei ragazzi viene dato un incarico più o meno importante, e inizialmente tutti sembrano non riuscire a portarlo a termine. Nel frattempo ritorna in ospedale una paziente di Elliot che ha dei sintomi che portano la dottoressa a credere che sia anoressica, ma Elliot dovrà ricredersi quando scopre che è positiva al test dell'HIV. Durante la notte, i due amici si trovano a riflettere sul loro lavoro: Turk si rende conto di quanto gli piaccia fare il medico. Elliot, invece, gli rivela che non è sicura di voler fare il medico per tutta la vita.

L'inserviente invita tutti alle Bahamas per il suo "matrimonio" con Lady, dando ai colleghi dell'ospedale solo tre giorni di anticipo, convinto che nessuno andrà e che tutti si limiteranno a fargli i regali. Nel frattempo Elliot dice a J.D. che lo ama, J.D. risponde allo stesso modo, ma in modo non abbastanza romantico. Elliot, quindi, vuole che lui crei l'atmosfera giusta per dirglielo. Intanto Turk vorrebbe passare più tempo da solo con Carla, ma lei sembra pensare solo alla figlia e al bimbo in arrivo. J.D., sorpreso e commosso dall'invito dell'inserviente, convince tutti ad andare al suo matrimonio, ma quando il gruppo raggiunge le Bahamas, l'inserviente si arrabbia con lui per aver portato tutta quella gente. Dopo aver parlato con Elliot, Lady decide di sposarsi realmente e fare una bella cerimonia, cosa che porta l'inserviente a preparare una vendetta nei confronti di J.D. Intanto Cox e Jordan litigano perché lui lavora al computer anche durante la vacanza alle Bahamas. In realtà Perry ha sbrigato tutto il lavoro in precedenza e vuole solo punire Jordan per aver detto che durante la vacanza si sarebbe divertita ancora di più se non lo avesse avuto fra i piedi tutto il tempo. Kelso, invece, passa tutto il suo tempo al bar a bere Bahama Mama.

J.D. dice a Elliot che non le farà nessuna dichiarazione perché trova sciocca la sua ricerca continua della perfezione delle parole "ti amo"; Turk confessa a Carla che ormai si comporta solo da mamma e non più da moglie, ma lei non vuole saperne di lasciarsi andare e continua a telefonare a Isabella ogni volta che può. Jordan e Cox discutono perché lui le dice che non vuole più giocare ai coniugi che fingono di detestarsi quando invece loro due si amano. Le coppie continuano a litigare fino al momento della cerimonia, quando si rendono conto di quanto amano la persona che hanno accanto. Così Carla scende in spiaggia con Turk pronta a tornare anche una "moglie" oltre che una mamma, J.D. dice a Elliot quanto la ama in modo romantico (la ama più di Turk!), e Cox si concede un po' di svago con Jordan, la quale finalmente ammette che qualunque cosa faccia è più divertente se c'è anche Perry. Kelso, invece, rimane per tre giorni senza alzarsi dalla sedia di un bar e continua a bere drink.

Sean, ex ragazzo di Elliot, sta insieme a Kim. J.D. lo nomina "cugino di salsicciotto", in quanto entrambi hanno fatto sesso con la ragazza dell'altro. Intanto il dr. Cox sta cercando il nuovo primario di chirurgia e Turk, sollecitato da Carla, si fa avanti per ottenere quel posto. J.D. si sente minacciato dalla possibilità che il figlio non lo veda come un vero padre.

A J.D. viene offerta la possibilità di diventare direttore sanitario e fare carriera nell'Ospedale dove lavora Kim. Questo lo porterà ad ottenere uno stipendio più alto, un lavoro migliore e più tempo libero da passare con il figlio Sam. A malincuore decide quindi di abbandonare il Sacro Cuore. Le reazioni degli amici e dei colleghi sono molto differenti.

È l'ultimo giorno di J.D. al Sacro Cuore. La giornata rappresenta per lui un giorno speciale, ma così non sembra esser per la maggior parte dello staff. Gli unici che sono realmente dispiaciuti per la sua partenza sono Turk, Carla ed Elliot. Durante tutta la giornata J.D. cerca di farsi dare un abbraccio dal Dr. Cox e di scoprire il vero nome dell'Inserviente. Nel frattempo deve anche curare un'anziana donna affetta dalla Malattia di Huntington e suo figlio che non vuole scoprire se anche lui abbia la stessa malattia. J.D. non riesce a capire il motivo di rimanere all'oscuro di una cosa del genere. Solo alla fine capisce che finché uno non sa di essere condannato a morire può cambiare la sua vita, lui è l'artefice del suo destino. J.D. infatti capisce che non otterrà nulla senza pretenderlo. Così trae in inganno Cox e gli fa dire la verità: per Cox lui è il miglior medico che c'è nell'ospedale perché va oltre i suoi doveri principali e lo stima anche come persona. J.D. sente tutto e corre ad abbracciare Cox e questo per una volta non si ritrae ma accetta l'abbraccio. J.D. infine chiede all'Inserviente il suo vero nome e quest'ultimo gli dice di chiamarsi Glenn Matthews ingannandolo nuovamente (Anche se Lawrence afferma che si chiama così). J.D. se ne va quindi dall'ospedale con aria soddisfatta. Prima di lasciarlo però ha un'ultima fantasia in cui incontra tutti i personaggi che ha incontrato nell'ospedale e fuori. Da suo fratello Dan, il primo che incontra, fino a Hooch (medico nevrotico che J.D. e Turk hanno sempre preso in giro) che si trova proprio prima della porta d'uscita. J.D. oltrepassa questa porta e fuori immagina di vedere il suo futuro come se fosse un film proiettato su un telone al cinema. Si vedono J.D. ed Elliot che si sposano e che hanno il loro primo figlio. Si vedono J.D., Turk, Carla, Elliot, Cox, Jordan e i loro due figli insieme a fare il cenone di Natale e si scopre anche che J.D. e Cox sono diventati veramente amici e difatti si abbracciano. Sul telone si vede ciò che succederà ancora più in là nel tempo: Sam (il figlio di J.D.) e Isabella (la figlia di Turk) si sposano e questo fa svenire più volte J.D. dalla felicità. Il video finisce con Elliot e J.D. che abbracciano loro figlio. La fantasia di J.D. finisce e questo si accorge che in realtà nessuno è venuto a salutarlo adesso che è veramente andato via dall'ospedale. J.D. infine prende la sua auto e va a casa dalla sua futura moglie dicendo che forse, per una volta, le sue fantasie potrebbero avverarsi.

È l'ultimo giorno di J.D. al Sacro Cuore.

L'ospedale del Sacro Cuore è stato demolito per fare spazio all'università di medicina. J.D., che si è sposato con Elliot e che da lei aspetta un figlio, comincia ad insegnare alla facoltà insieme a Turk e al dottor Cox. Quest'ultimo, deluso dai nuovi allievi, sotto suggerimento di J.D. cerca uno studente in cui riporre tutte le sue speranze e trova questa figura di riferimento in Drew, specializzando molto più in gamba degli altri. Lucy, la nuova voce narrante, è intimorita da Cox e, con l'aiuto del dottor Dorian, riuscirà a mostrargli che non è una semplice piagnucolona. Cole è lo studente più irriverente, figlio dei proprietari dell'edificio, tratta con condiscendenza tutti i dottori dell'ospedale poiché sa che non può essere cacciato. Denise, fredda e distaccata, è la loro referente.

J.D. è geloso di Drew, il favorito del dottor Cox. Denise rifiuta le avance di Cole ed inizia una relazione non seria con Drew. J.D. farà da mentore a Lucy, disorientata per i primi giorni in ospedale e riuscirà a farle capire che a volte fidarsi troppo non è un bene, ma per fare ciò dovrà darle una lezione.

Drew delude la fiducia del dottor Cox perché, preso dal panico, fugge durante un'emergenza. J.D., prima felice che Perry non rivolga più tutte le sue attenzioni allo specializzando, capisce che lui è già un buon medico agli occhi di Cox, mentre è Drew quello che ha bisogno d'aiuto. Il medico convincerà quindi il dottor Cox a dargli una seconda possibilità. Lucy, che sa che il dottor Dorian dovrà presto andarsene, cerca un'altra figura di riferimento, provando con Denise. Questa, dovrà fronteggiare un caso che la costringerà ad essere meno fredda nei confronti dei pazienti.

J.D. e Turk non riescono ad accettare di stare invecchiando e perciò partecipano alla festa organizzata da Cole. Lo specializzando, però, insieme ai compagni, viene costretto a passare del tempo con dei malati terminali. Quando gli studenti decideranno di rimanere per la volontà e non come imposizione, rimarranno affascinati dalla vita dell'anziano signore assegnato loro.

All'università i ragazzi sono stati incaricati di dare dei giudizi ai loro professori e J.D., alla sua ultima settimana alla scuola di medicina, riesce ad arrivare al primo posto. Tuttavia, riceve un cattivo giudizio che lo accusa di essere un pessimo insegnante, attento solo a quello che pensano gli altri di lui. J.D. e Turk cercano lo studente che ha scritto quel commento, ma avranno una sorpresa. Lucy è preoccupata per l'esame del prelievo ma, con l'aiuto del dottor Dorian, ce la farà senza contare su nessuno. La storia di Denise e Drew comincia a diventare seria.

Turk è in crisi per la partenza di J.D. e fatica a trovare un nuovo migliore amico che possa sostituirlo. Lucy, esausta per gli eccessivi impegni, sia accademici che privati, vede in Elliot un nuovo mentore, una guida ed un esempio da seguire, ma una cocente delusione le insegnerà a prendersi più cura di se stessa e ad essere un po' più egoista. Cole, spaventato dall'imminente uscita di una newsletter riportante i giudizi degli studenti, si propone al dottor Cox per una serie di lavori extra. Cox, in accordo con Drew, gli riserva i pazienti peggiori e più problematici.

Alla Winston University è giunto il momento della cerimonia annuale del camice bianco, momento in cui ogni studente riceverà un camice bianco da laboratorio, simbolo del loro ingresso nel mondo della medicina. Tradizionalmente lo studente più meritevole viene premiato con la carica di oratore e la possibilità di tenere un breve discorso durante la cerimonia. Fra Drew e Cole si apre una lotta per questo privilegio, fra ricordi tristi che riaffiorano non mancheranno i colpi bassi. Prima della cerimonia il dottor Cox pone ad ogni studente una semplice domanda che però manda allo sbando una insicura Lucy: "Perché vuoi fare il dottore?".

All'interno della facoltà si sono formate delle coppie fisse, amici, colleghi o fidanzati. Coppie che funzionano a meraviglia, perfettamente complici in ogni loro diabolico piano, oppure coppie che scoppiano ma poi fanno la pace... seppur con qualche piccola rivincita.

Elliot e J.D. sono in piena crisi pre-parto. Lucy ha paura di fare pratica operatoria sul cadavere di un suo vecchio paziente. Jordan vuole costringere il dottor Cox a fare testamento.

Cox è furioso perché qualche studente ha copiato durante un importante esame, nel frattempo si trova ad affrontare un delicato caso con Turk. Il passato di Drew riaffiora e manda in crisi la sua relazione con Denise.

Il dottor Cox assegna ai vari gruppi di studio degli ipotetici casi medici da risolvere in 3 giorni, imponendo però a Drew di farsi da parte e non aiutare i suoi amici. Lucy decide di diventare la nuova leader del gruppo ma entrerà presto in conflitto con Treng. Il dottor Turk è geloso e invidioso di un chirurgo di fama internazionale arrivato di recente in ospedale. Sullo sfondo Cox e Kelso dispenseranno buoni consigli.

Kelso e Cole si trovano ad affrontare dei problemi di salute, Kelso rischia di vedersi ritirata permanentemente la patente per via dell'età mentre Drew si accorge che un neo di Cole potrebbe essere un melanoma e, quando Turk esegue una biopsia, conferma che lo studente abbia il cancro e quindi deve essere operato per rimuoverlo. Cole si comporta come al solito in modo spensierato mentre Lucy è preoccupata per lui. Cox aiuta Kelso a riavere la patente sottoscrivendo il suo buon stato di salute e, subito dopo, l'ex primario parla con Cole e lo incoraggia a non fare come faceva lui, cioè allontanare le persone a lui vicine per non mostrarsi debole. Cole ammette di essere spaventato e, prima di fare un intervento, ringrazia i suoi compagni con sincerità per la vicinanza. Drew viene rimbalzato fra le richieste di Cox e Denise, stufo della situazione impone ai due dottori di parlare fra loro, ma si alleeranno per rendere impossibile la vita degli altri studenti.

Gli studenti si preparano per la cerimonia del ringraziamento, nella quale si ringraziano i familiari ed i parenti dei cadaveri che hanno deciso di donare il loro corpo alla scienza. Lucy intenzionata a fare le cose in grande non trova nei compagni di studio l'appoggio sperato. Turk, invidioso del fatto che Cox abbia uno studente preferito come Drew, è alla ricerca di un suo pupillo da trasformare in un grande chirurgo. Sorprendentemente, quando Turk comunica a Cole del buon esito dell'operazione e degli esami che certificano che il suo cancro sia stato debellato, Cole rivela di considerarlo un segno del destino e decide di volere diventare un chirurgo. Cox è lieto della notizia sia perché sa che la cosa infastidisca Turk sia perché sia convinto che la sua stessa personalità lo renda un chirurgo ideale. Nonostante i tentativi di Turk di dissuaderlo affidandogli incarichi assurdi, Cole non si perde d'animo, dimostrando che la sua scelta non è un capriccio ma un desiderio reale, così Turk decide di prenderlo sotto la propria ala. Denise è intenzionata a rendere la sua storia con Drew un qualcosa di veramente serio.