Code Lyoko

Utilizzando i dati forniti da Franz Hopper, Jeremy e Aelita riescono a ricostruire Lyoko, nel quale ora è presente solo il quinto settore. Subito dopo, William viene devirtualizzato, e sembra perfettamente normale. Si presenta a scuola, per la gioia di Yumi e il disprezzo di Ulrich. Sissi decide di entrare a far parte del giornalino ufficiale del Kadic, entrando nella stanza di Aelita e intervistandola. Viene fermata da William, che rapisce Aelita e la porta nel quinto settore e in quello che era il Settore Deserto. Il suo intento è di gettare Aelita nel mare digitale, in modo che rimanga virtualizzata per sempre. William infatti è stato reso schiavo da XANA che lo controlla senza dover fare uso delle torri infatti quando Lyoko è stato distrutto XANA ha salvato William legandolo a sè rendendo permanente il suo controllo su di lui donandogli poteri enormi e pieno comando dei suoi mostri che William può usare come cavalcature e mezzo di trasporto.

Per compensare l'assenza di William, che è sotto il controllo di XANA, Jeremy mette a punto la progettazione di un nuovo equipaggiamento per i suoi amici e si prepara a ricreare il resto di Lyoko, ripristinando tutti i settori. Al fine di avere abbastanza tempo per fare questo, egli attiva una torre e la usa per creare un clone di se stesso, in modo che possa frequentare le lezioni al suo posto. Nel frattempo, l'assenza di William sta attirando l'attenzione, sia del direttore che del padre. Mentre il clone di Jeremy si trova fuori con Jim, William appare a Lyoko e cerca di mettere la torre sotto il controllo di XANA. Al fine di conservare il suo clone, Jeremy attira più forza ed energia dal quinto settore per mantenere la torre attiva. Alla fine l'energia si esaurisce, e la torre passa sotto il controllo di XANA. Mentre Odd cerca di fermare il clone di Jeremy, Aelita, Yumi e Ulrich vanno su Lyoko con nuovi abiti e armi e abilità molto più forti.

Chris Morales, batterista dei Subdigitals e nipote di Jim, va a far visita al Kadic per cercare un atto di apertura per il successivo concerto della band. Ognuno viene chiamato a provare, e Aelita risulta essere la persona che Chris sta cercando. Tuttavia, Chris non si rende conto di chi sia veramente Aelita, e un clone di XANA di lui complica solo le questioni, sequestra Aelita e la manda su Lyoko. Jim e Chris si impegnano personalmente nella ricerca di Aelita, e finiscono per combattere il clone, mentre il resto del gruppo cerca di disattivare la torre. Dopo che la minaccia è finita, Jeremy esegue un ritorno al passato, in modo che Jim e Chris non ricordino nulla. Dopo aver fatto ciò, egli fornisce personalmente a Chris alcuni demo CD di Aelita.

Alla scuola Kadic c'è una nuova sala ricreativa, e il clone di William è messo a capo di questa. Nel frattempo, Jeremy ha sviluppato un programma per far tornare indietro il vero William, che è intrappolato su Lyoko. Tuttavia, i malfunzionamenti del programma e bug nella torre consentono a XANA di prendere controllo di essa mentre Aelita non può disattivarla. Mentre il clone di William si scaglia contro il gruppo, il vero William è su Lyoko e cerca di mantenere la torre sotto il controllo di XANA. Jeremy riesce a riparare la torre in tempo in modo che Aelita possa disattivarla, ripristinando il clone sotto il suo comando. Viene effettuato un ritorno al passato per cancellare i ricordi indesiderati del comportamento di William a scuola, e il gruppo elegge Sissi come capo della sala ricreativa.

Il nuovo sommergibile virtuale, chiamato da Jeremy "sottomarino", è quasi completo. L'ultimo passo è un programma secondario che deve essere avviato entro le ore 16:00 del giorno successivo. Tuttavia, quando Aelita e Jeremy rimangono alzati fino a tardi per impostare il programma, vengono scoperti e viene data loro una punizione. Nel frattempo, William coglie l'occasione per attaccare la nave incompleta, costringendo Yumi ad avviare il supercomputer in assenza di Jeremy. Odd e Ulrich sono in grado di gestire la situazione, ma Jeremy e Aelita riescono a sgattaiolare fuori in tempo per aiutarli. Aelita respinge William con un attacco massiccio, consentendo a Jeremy di completare il sommergibile in tempo. È poi battezzato Skidbladnir, soprannominato "la Skid" da Odd, come la nave norvegese presente nei racconti che Waldo Schaeffer leggeva ad Aelita quando era piccola.

La banda riesce a convincere Jeremy a far testare loro la Skid. Durante questa prova, si presentano alcuni bug nel sistema di navigazione, lasciando il gruppo bloccato nel mare digitale. Jeremy corre nella sua stanza per andare a prendere i programmi di backup, ma dimentica che è la giornata delle prove antincendio e si imbatte in diversi insegnanti, alla fine è costretto a scalare il tetto per raggiungere la sua stanza. Nel frattempo, la Skid s'imbatte in un altro Lyoko e viene attaccata da due mostri simili ad anguille. Jeremy è in grado di riparare il sistema di navigazione e portare i suoi amici a casa, dopodiché ipotizza che la replica di Lyoko sia stata creata da XANA sulla base dei ricordi che aveva rubato ad Aelita nell'ultimo episodio della seconda stagione. Jeremy si chiede come abbia intenzione di usarla.

Jeremy decide di insegnare a Odd, Ulrich e Yumi come utilizzare il supercomputer in caso lui o Aelita non abbiano la possibilità di farlo, dato che sono gli obiettivi preferiti di XANA. Durante la lezione, Jeremy è attaccato da uno dei cloni polimorfi inviati da XANA, lasciando gli altri soli ad operare con il supercomputer senza aiuto. Aelita è al provino finale con i Subdigitals, in competizione con altri due candidati, e quindi non può essere contattata. A peggiorare le cose, il clone va a cercarla dopo aver affrontato Jeremy. Utilizzando quello che hanno imparato da Jeremy, gli altri sono in grado di salvare Aelita e disattivare la torre senza il suo aiuto. Aelita è anche scelta come vincitrice dell'audizione.

Il gruppo si reca in una delle repliche di Lyoko create da XANA nel mare digitale. Una discussione tra Aelita e Odd porta inavvertitamente Nicolas e Hervé nella fabbrica, dove Jeremy è costretto a distrarli mentre il gruppo esplora la replica del Settore Foresta. Sulla Replika, William ed una coppia di Megatanks arrivano a distruggere la Skid, la cui distruzione taglia il gruppo fuori dalla supercomputer. Odd e Aelita rifiutano di lavorare insieme appena arrivati, ma alla fine risolvono le loro differenze e portano giù William. Jeremy ipotizza che un altro supercomputer stia controllando la Replika, e al fine di sbarazzarsi di esso dovrà trovare un modo per materializzare i suoi amici alla posizione del supercomputer.

Il gruppo si rivolge a Jim per allenarsi in modo da essere meglio preparati a combattere contro XANA. Tuttavia, le cose vanno male quando XANA possiede un cinghiale con il quale cerca di attaccarli, costringendoli a mettere in pratica la loro formazione per evitarlo. Inoltre, XANA invia William e un gruppo di Mante ad attaccare il nucleo di Lyoko. Jeremy rimane indietro per aiutare Jim, mentre gli altri respingono l'attacco. Jeremy rischia la vita per salvare Jim quando entrambi incontrano il loro attaccante in una grotta, e Aelita disattiva la torre in tempo per salvarli entrambi.

Quando una cometa passa vicino alla Terra, XANA usa un satellite militare attrezzato con un laser per dividerla in pezzi, e far cadere la maggior parte di essi sulla fabbrica. Aelita, Odd e Ulrich stanno esplorando il mare digitale, e XANA li intrappola con un firewall per impedire loro di fermare l'attacco. Nel frattempo, Yumi è bloccata a scuola e, quando viene informata dell'attacco, lavora per evacuare la scuola. Jeremy dice a Yumi di collegare il suo computer portatile ad un'antenna, di sfruttare il satellite militare e distruggere la cometa, e lei lo fa con l'aiuto di Hiroki e Johnny. Tuttavia, XANA gli impedisce di completare l'impresa. Incapace di fermare l'attacco, Aelita si accorge che XANA è più interessato a prenderla come prigioniera che al supercomputer, e si fa devirtualizzare. Dopo aver indovinato, osserva come XANA distrugge la cometa e interrompe l'attacco di sua iniziativa.

Jeremy, Aelita, Ulrich e Odd vanno con il resto della loro classe di scienze in gita su un'isola nel mezzo di un lago vicino per studiare la vita vegetale acquatica. Yumi, non essendo parte della classe, resta per preparare due importanti esami. I timori di Jeremy circa un attacco di XANA in un momento così poco opportuno si realizzano, quando XANA crea un mostro di sabbia che attacca chiunque si avvicini alla riva. Yumi è costretta ad andare su Lyoko da sola. Combatte William, e durante la loro lotta riesce a raggiungere la sua vera personalità. Mentre XANA riesce presto a riprendere il controllo di William, Yumi viene salvata da Aelita, che è arrivata al laboratorio utilizzando la bicicletta di Sissi. Aelita è in grado di disattivare la torre e Yumi sostiene che un giorno potranno riportare William a casa. Un ritorno al passato salva la classe dalla folgorazione.

Hiroki ruba il diario di Yumi e Ulrich lo trova. Nel frattempo, in un nuovo tentativo di liberare William dalle grinfie di XANA, Jeremy crea un programma per trovare William nel mare digitale. Quando carica il programma per la Skid, il sonar si rivela buggato, costringendo il gruppo a tornare su Lyoko. Quando i Kongre interrompono il loro ritorno, Yumi viene bloccata, e si perde nel mare digitale. Il tentativo di XANA di sfruttare questo allarma Jeremy, che dirige i suoi amici da Yumi. Dopo aver combattuto i Kongre e William, che ha la sua nave per viaggiare nel Mare Digitale, tornano sulla Terra. Per aiutare Hiroki a chiedere scusa a sua sorella maggiore, Ulrich restituisce segretamente il diario.

Jeremy ha perfezionato il suo processo di "teletrasporto", che gli permette di mandare i suoi amici nell'esatta posizione in cui si trova il supercomputer di XANA nel mondo reale per distruggerlo. Lo utilizza prima su Odd e Aelita, per inviarli al laboratorio nella foresta contenente il supercomputer. Durante l'esplorazione, essi scoprono che XANA sta costruendo ragni cibernetici con l'aiuto di un team di scienziati posseduti da lui stesso. Prima di poter distruggere il supercomputer, però, William riesce a interrompere il loro collegamento con il mondo reale, riportandoli a Lyoko nel bel mezzo della loro missione. Intanto, Yumi è arrabbiata con Ulrich perché ha dimenticato il suo quindicesimo compleanno, così Odd promette di comprare un regalo a Yumi per lui, perché Ulrich è in detenzione e non può uscire.

Non essendo riusciti a distruggere il supercomputer di XANA nel precedente episodio, il gruppo si propone di finire il lavoro. Nel frattempo, siccome Odd continua a vantarsi, Ulrich lo sfida a non farlo per 24 ore. Tuttavia, le circostanze lo mettono costantemente sotto i riflettori: alla fine sconfigge William da solo e distrugge il supercomputer nel mondo reale. Odd si convince che essere un millantatore è qualcosa di cui essere orgogliosi.

Odd cerca di portare Kiwi su Lyoko, ma finisce per assorbirlo dentro di sé. Come risultato, Odd lentamente comincia ad assumere le caratteristiche di un cane, come ad esempio una maggiore sensibilità all'odore. Mentre Jeremy lavora per separare Odd e Kiwi, XANA possiede una gang di motociclisti per attaccare Yumi. Quando Ulrich e Aelita arrivano su Lyoko, si trovano a confrontarsi con William e tre Tarantule. Jeremy riesce a dividere Odd e Kiwi mentre Aelita disattiva la torre.

Jeremy ha sviluppato un programma per rendere il clone di William più intelligente, ma la curva di apprendimento è ancora problematica, in quanto cerca di gettare un bicchiere in aria da una forchetta imitando Odd. Milly e Tamiya, dopo aver origliato la conversazione del gruppo circa il clone, decidono di parlare con lui personalmente. Il clone rivela tutto a loro, poiché non gli è mai stato detto di mantenere il segreto, e le porta anche alla fabbrica. Nel frattempo, Jeremy prevede una missione per la prossima Replika, una copia del Settore Deserto. Durante il viaggio, William esce da uno scanner e cerca di distruggere il supercomputer. Con l'aiuto di Milly, Tamiya, e del clone di William, viene sconfitto, e un ritorno al passato mantiene Milly e Tamiya all'oscuro del supercomputer.

È tempo di vacanza al Kadic e ognuno è diretto a casa. Aelita, tuttavia, non ha una casa dove andare. Mentre veglia su Lyoko, riceve un messaggio da Franz Hopper, che ha costruito una bolla di simulazione della loro casa di montagna a Lyoko. Sebbene felice di vedere suo padre, Aelita scopre rapidamente che l'intera cosa è un trucco di XANA: suo padre è solo un'illusione nella bolla di simulazione su Lyoko. William la sta aspettando per buttarla nel mare digitale. Tuttavia, lei fugge, e William la segue. Il resto del gruppo, essendo stato in grado di contattare Aelita, la segue su Lyoko, ma non riescono a bloccare William, che riesce a farla cadere nel mare digitale. Quando sembra che Aelita sia davvero finita, viene sollevata dal mare dal vero Franz Hopper, che si è manifestato come una bolla blu galleggiante con un'aura rosa. Dopo averla riportata su Lyoko, ritorna nel mare digitale.

Dopo che Odd rompe uno specchio, viene preso di mira dalla sfortuna, anche su Lyoko. Un bug nel suo avatar virtuale si diffonde a Yumi e Aelita, causando pause fastidiose e devirtualizzazione immotivata nella copia del Settore Deserto. Nel frattempo, presso il supercomputer della Replika, XANA materializza alcuni Kankrelats nel mondo reale per fermare Ulrich e Yumi. Nonostante il bug, la loro missione per distruggere la Replika di XANA ha successo. Poco dopo, la fortuna di Odd ritorna.

Jeremy vince un concorso per volare su un jet da combattimento armato, a cui Odd l'aveva fatto iscrivere. Tuttavia, poco prima del decollo, XANA possiede il jet e lo invia per distruggere la fabbrica e uccidere Jeremy. Intanto, Aelita, Odd, Ulrich e Yumi continuano a lottare contro William, che li devirtualizza uno ad uno nel suo tentativo di gettare Aelita nel mare digitale. Ulrich fa un combattimento diretto contro William e intanto Aelita disattiva la torre. Poco prima della distruzione della fabbrica viene lanciato un ritorno al passato, e Odd ha la possibilità di viaggiare nel jet presentandosi col nome di Jeremy.

Quando Brynja Heringsdötir, l'amica di penna di Sissi, arriva alla scuola dall'Islanda, tutti i ragazzi vanno in deliquio per lei, facendo ingelosire Sissi. Quando Brynga si interessa a Odd, egli finisce per mostrarle il supercomputer. Mentre è lì, causa problemi con il computer, creando un glitch in un programma che Jeremy stava installando: ogni virtualizzazione avviene nel settore sbagliato e la materializzazione risulta impossibile. Questo diventa ancora più problematico quando Aelita è da sola su Lyoko e deve combattere William. Quando è costretto a scegliere tra i suoi amici e il suo nuovo interesse amoroso, Odd rimane inizialmente con lei, ma poi decide che i suoi amici sono più importanti. A Brynja non è stato detto nulla circa la finalità del supercomputer, né sembra che lei ne sia interessata, quindi i ragazzi non hanno bisogno di effettuare un ritorno al passato prima che Brynja lasci la scuola.

Odd è costretto a tenere Kiwi nella fabbrica perché si comporta molto male con tutti i membri del gruppo. XANA prende possesso del robot Kiwi Due creato da Jeremy, trasformandolo in un esercito di cani da attacco autoreplicanti. I cani attaccano Yumi e Ulrich, oltre a tanti altri bambini, durante la lezione di Pencak Silat di Jim. Alla fine, Aelita disattiva la torre e un ritorno al passato cancella il ricordo dell'incidente. Il gruppo decide che il Kiwi reale non è poi così male, dopo tutto.

A causa di un controllo a sorpresa del dormitorio, Odd deve convincere Yumi a tenere Kiwi a casa sua. Jeremy, nel frattempo, ha individuato la successiva Replika, una copia del quinto settore. Il supercomputer è situato su una stazione spaziale di nuova costruzione in orbita intorno alla Terra. Mentre Odd e Yumi cercano di disattivarlo, Aelita e Ulrich devono proteggere la Skid, che rischia di essere distrutta. Inoltre, il supercomputer è custodito da un trio di sfere galleggianti appuntite che possono fondere il metallo. Alla fine, Odd disabilita il supercomputer rompendo alcuni tubi di raffreddamento nella camera e danneggiandolo utilizzando l'acqua. Per tutto il tempo, il padre di Yumi, Takeo, si è divertito con Kiwi, e Odd e Yumi sono molto sorpresi.

Patrick Belpois, cugino di Jeremy, si iscrive al Kadic. Jeremy non è del tutto felice, dal momento che Patrick è "super cool" rispetto a lui. Scoperta un'altra Replika, Jeremy e i suoi amici hanno in programma una missione per distruggerla, e lasciano Sissi con Patrick. Lei cerca di convincerlo a lasciare che Hervé frughi negli archivi informatici di Jeremy. Hervé scopre i documenti falsi di Aelita e il programma della Skid in esecuzione, e i suoi sforzi per decifrare i documenti di Jeremy inavvertitamente riducono il potere della Skid. Inoltre, XANA possiede Hervé e Sissi, che causano ancora più danni. Jeremy, nel frattempo, deduce che è il suo computer che ha causato il danno, e torna a scuola, cercando di fermarli insieme a Patrick. Una volta che l'attacco è terminato, Jeremy e Aelita eseguono un ritorno al passato per rimediare al danno causato. La seconda volta, Jeremy apprezza di più suo cugino, dal momento che i due hanno collaborato bene insieme.

Il primo concerto di Aelita con i Subdigitals sta per iniziare, ma la paura del palcoscenico di Aelita minaccia di avere la meglio su di lei. Odd, nel frattempo, deve trovare un biglietto in più, così da poter portare una ragazza con lui. Quando il concerto inizia, c'è un attacco di XANA, che possiede Sophia per rapire Aelita. Egli possiede anche Milly e Tamiya per avere ulteriore aiuto. Mentre Ulrich combatte le due giornaliste, gli altri lavorano per disattivare la torre, il tutto mentre si sente in sottofondo la musica dei Subdigitals. Una volta che la minaccia è finita, Jeremy attiva un ritorno al passato in modo che Aelita non perda il concerto.

Aelita trova una foto di se stessa con Franz Hopper presso l'Hermitage, con una equazione matematica sullo sfondo. Jeremy scopre che il programma è una funzione di ripristino di Lyoko, qualcosa di non essenziale, ma comunque utile. Nel frattempo, Odd, nel tentativo di impressionare una ragazza nella fotografia di classe, inavvertitamente invia la foto di Aelita e Hopper a Sissi, che a sua volta la mostra al padre. Quando vengono convocati dal preside per avere delle spiegazioni su quella foto, Jeremy fa notare che Aelita avrebbe ventidue anni se fosse la persona della foto. I due vengono condannati alla detenzione in biblioteca prima di qualsiasi discussione ulteriore. Intanto, il preside è posseduto da XANA. Egli porta Aelita su Lyoko, dove lo Scyphozoa sta aspettando. Lo Scyphozoa prende possesso di lei e cerca di costringerla a dirigersi verso il mare digitale per buttarcisi dentro, ma Ulrich e Yumi arrivano per impedirle di farlo.

Odd presenta uno dei suoi film, ma è infelice perché i suoi genitori stanno arrivando. Secondo lui, non hanno mai trovato un difetto in ciò che fa, fatto che trova fastidioso perché non viene trattato come un normale adolescente. XANA attacca, utilizzando l'antenna della scuola per diffondere un virus a tutti coloro che rispondono al telefono, facendoli diventare suoi schiavi. Tutti, tranne i guerrieri Lyoko e Sissi, che ha il cellulare rotto, vengono colpiti. Mentre Odd e Sissi si occupano della gente posseduta, i guerrieri Lyoko disattivano la torre nel Settore Montagna. Una volta lanciato il ritorno al passato, Odd proietta il suo video, che mostra tutti i momenti divertenti alla Kadic, con Sissi presentata sotto una luce positiva, come ringraziamento per la sua assistenza di poco prima.

Quando un'immagine imbarazzante di Yumi viene stampata sul giornale del Kadic, lei crede che venga da Odd. Lui riesce a fare in modo che Ulrich si prenda la colpa, però questo causa tensioni tra lui e Yumi. Mettendo da parte questo, Jeremy imposta una missione per la prossima Replika, una copia del Settore Ghiaccio. Il supercomputer si trova in Siberia, dove XANA cresce cervelli per uno scopo sconosciuto. Odd e Yumi vengono inviati nel mondo reale per distruggerlo, solo che si trovano di fronte a William. Quando tenta di disattivare la torre, Aelita si rende conto che i dati che sta generando potrebbero essere utilizzati per liberare William. Dopo aver scaricato i dati necessari e invalidato William, tutto sembra essere impostato per distruggere la Replika. Tuttavia, XANA attinge forza dalle sue numerose Replike per creare un nuovo mostro: il Kolosso, una creatura simile a un enorme fuoco elementare con una spada per mano.

Jeremy prevede di progettare un sistema multi-agente per sconfiggere XANA, che hanno enormemente sottovalutato. Il sistema, tuttavia, è ancora in fase di sviluppo. Jeremy, intanto, ha capito come liberare William da XANA, ma ha bisogno di eseguire il suo programma direttamente dal supercomputer della Replika del Settore Ghiaccio. Nel frattempo, i genitori di William vanno a trovare il loro figlio, e lo strano comportamento del suo clone li insospettisce. Nella Replika, William e due Mante arrivano per cercare di bloccare la traduzione. Tuttavia, le Mante vengono rapidamente distrette da Yumi e Ulrich. William salta poi nel vuoto digitale e torna con il Kolosso. Jeremy utilizza alcuni nuovi trucchi per fermare il Kolosso, permettendo ad Aelita e Odd di raggiungere il supercomputer senza preoccupazione. Ad aspettarli nella stanza del supercomputer, però, c'è un esercito di droni robotici che complica le cose e de-traduce Odd.

Con la Skid distrutta e un'enorme quantità di Replike di XANA ingestibili, Jeremy continua a lavorare al suo sistema multi-agente. Nel frattempo, Aelita ha degli incubi, nei quali vede suo padre mentre viene ucciso da XANA. Jeremy viene contattato da Franz Hopper, che organizza un incontro su Lyoko. William vuole aiutarli, ma tutti tranne Aelita sono un po' preoccupati e non sanno se fidarsi di nuovo di lui. William è quindi lasciato in laboratorio con Jeremy. Dopo l'incontro, Franz trasmette i dati necessari per completare il sistema multi-agente di Jeremy. Tuttavia, XANA non è disposto a rinunciare senza lottare: attivando una torre possiede William, ancora una volta invia il Kolosso per affrontare Franz. Yumi si devirtualizza volentieri per combattere William mentre gli altri proteggono Franz. Una volta che Franz ha terminato la trasmissione dei dati, Aelita e Odd si recano nel quinto settore per finire il programma.

Avendo completato la loro missione, i membri del gruppo hanno alle spalle tutti i loro bei ricordi di Lyoko. Sissi, nel frattempo, posiziona un dispositivo di tracciamento su Ulrich, al fine di scoprire il loro segreto. Quando arriva il momento di spegnere il supercomputer, tutti (tranne Yumi) non sono disposti ad andare fino in fondo: Aelita è ancora speranzosa di salvare suo padre in qualche modo, Jeremy non vuole spegnere il computer per paura di perdere i suoi amici, mentre a Odd e Ulrich piaceva essere eroi. Mentre meditano sulle loro missioni appassionate su Lyoko, Sissi trova il laboratorio, e apre il video-diario di Jeremy, che rivela tutte le loro avventure. Quando Sissi cerca disperatamente di spiegare tutto a suo padre, lui crede che sua figlia non stia bene, e la manda in infermeria. Un ritorno al passato risolve questo problema. Ulrich ferma Sissi mentre cerca di mettere il dispositivo di tracciamento su di lui, e il quintetto la invita a diventare un membro del gruppo.